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株式会社薬研社

ID: J00475
ID: J00475
ユーロフィンジェノミクス / ユーロフィンジェノミクス

次世代シーケンス 16S メタゲノム解析:細菌 16S-rRNA アンプリコン解析

複数の微生物が混在するサンプル中の微生物の種類と割合を解析します。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > 16S-rRNA アンプリコン解析(細菌叢解析)

サービスについて

特長

細菌16S-rRNA アンプリコン解析[細菌16S-rRNA × MiSeq](fig.1

メタゲノム解析として、細菌叢内の16S-rRNAの系統的シーケンスを行います。ゲノムDNAをサンプルとしてお預かりし、プライマー合成、 アダプターPCR、ライブラリプーリング、MiSeqシーケンシングまでのフルサポート解析を、好評のバリュープライスにて提供します。ランダム配列を含むユーロフィンジェノミクス独自のアダプターにより、クラスターパターンを最初に確定しアプリコンシーケンシングで見られる、Q値低下に対する改善を行っています。

サービス内容

  1. 受領したDNAサンプルについて、品質確認(サンプルQC)を行います。
  2. ご指定の領域をPCRにて増幅します。(ユーロフィンジェノミクス社オリジナルのプライマーを用います)
  3. その後、アダプターを付加し、ライブラリーを調製します。
  4. 調製したライブラリーをMiSeqを用いて、ペアエンド法でシーケンシングします。
  5. 取得した配列を用いて、細菌叢のプロファイリングを行います。

サンプル条件

DNAサンプルのご準備に際しての注意事項は以下の通りです。

  • 精製された微生物ゲノムDNAを1μg以上、濃度は10ng/μL以上にてご調製ください。
  • サンプルの品質は、解析結果に重大な影響を及ぼしますのでご注意ください。
    * DNA量が多い場合でも、微生物由来のDNAの割合が少ない(宿主由来のDNAの割合が多い)場合は、PCRが上手く行かないことがあります。
    * PCR不成功となり、やむを得ずプロジェクトを中止させて頂く場合にはPCR実施費用(1サンプルあたり¥9,000/税抜)のみを頂戴いたします。
  • DNAサンプルはRNAのコンタミネーションが無いことをご確認ください。
  • DNAサンプルは、TEに溶解させた状態で冷蔵もしくは冷凍便にてお送りください。

納品物

16S rRNA アンプリコン シーケンシング後のバイオインフォマティックス解析
   
 
  • Rawデータ(FASTQ形式)
  • リードのOTU(クラスタリング)解析
  • 各OTUについての種分類解析(BLAST)
  • 可視化データを含めた解析結果レポート

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
6サンプル メタゲノム バリュープライス ¥180,000/6サンプル
<種分類プロファイル+¥60,000>
7~9週間
8サンプル メタゲノム バリュープライス ¥240,000/8サンプル
<種分類プロファイル+¥80,000>
7~9週間
12サンプル メタゲノム バリュープライス ¥360,000/12サンプル
<種分類プロファイル+¥120,000>
7~9週間
  • サンプルQC、PCR、ライブラリ調製、出荷費用を含みます
  • MiSeq 2×300bp、16~18万リード/sample

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。