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株式会社薬研社

ID: J01672
ID: J01672
日本ジェネティクス / 日本ジェネティクス

微生物全ゲノムシーケンス

細菌および真菌の全ゲノムリシーケンシングで複数のサンプルを一度に解析する方法として優れております。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > Whole Genome解析(全ゲノム解析)
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > de Novoシーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析

サービスについて

サービス仕様

  • シーケンシング:NovaSeq 6000 / PE150
  • 納品データ:fastqファイル形式
  • 納品方法:データダウンロード(100Gb未満)

ライブラリー調製方法

  • NEBNext® UltraTM DNA Library Prep Kit

PCR-freeのメリットとデメリットについて

  • PCR-freeのメリット
    ・PCRエラーやバイアスを無視できます。
    ・Duplication Rateが低く、ターゲット領域で、均一なカバレッジが得られることが期待できる。
  • PCR-freeのデメリット
    ・お送りいただくDNA量が多く必要となる。
      PCRありの場合:300ng以上(最低量)
      PCRフリーの場合:1.5µg以上(最低量)

    対して、PCRありの場合は、PCRエラーの影響を受ける可能性がありますが、PCR-freeよりも、少量のサンプル量からご依頼いただくことが可能です。
    詳細については、サンプル要件の項をご確認ください。

解析メニュー(オプション)

MBWGデータ解析 クリーンデータ
クリーンデータ(CatNo. NV-CLEAN)をご依頼いただくと、以下の作業を行います。

1)オーバラップやアダプターダイマー等により、読み取ったアダプター配列の除去。
2)低質リード(Qphred ≦ 5の塩基数が全体リードの50%以上を占めるリード)の除去。
*Qphred=-10log10(e)塩基配列識別の正確性を示す単位。
3)塩基配列不明(N)が10%を超えるリードの除去。

*クリーンデータ後のデータは、fastqファイル形式となります。
*クリーンデータ前後のデータ両方を納品させていただきます。

サンプル要件

<微生物全ゲノムシーケンス>
  • DNA量:300ng以上
  • 濃度:15ng/µL以上
  • 液量:20µL以上
  • 純度:OD260/280 = 1.8~2.0

DNAの分解、RNAのコンタミがないこと。

<微生物全ゲノムシーケンス(PCR-free)>
  • DNA量:1.5ng以上
  • 濃度:10ng/µL以上
  • 液量:20µL以上
  • 純度:OD260/280 = 1.8~2.0

DNAの分解、RNAのコンタミがないこと。

* 本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
記載のサンプル量の2倍の量が、推奨量となります。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
微生物全ゲノムシーケンス お問い合わせ サンプルQC合格後30営業日
微生物全ゲノムシーケンス(PCR-free) お問い合わせ サンプルQC合格後20営業日

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。