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株式会社薬研社

ID: J00521
ID: J00521
コスモ・バイオ / マクロジェン・ジャパン

トランスクリプトームシーケンシング

様々なプラットフォームを用いた新規トランスクリプトーム解析を行えます


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > RNA-Seq解析・TruSeq(微量)トランスクリプトーム解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析

サービスについて

概要(fig.1

  • トランスクリプトームシーケンシングでは、RNA解析によりサンプル間の発現量の差(Expression profile)を見ることができ、リファレンスデータベースがない種でもGS-FLX / HiSeqなど、様々なプラットフォームを用いた新規トランスクリプトーム解析を行えます。
  • 21~23個のヌクレオチドで構成されている非翻訳領域のsmall RNA(small non-coding RNA)がsiRNAやmiRNAとして作用するメカニズムはよく知られています。

シーケンシングプラットフォーム

Novaseq6000(fig.2

データ解析(*)(fig.3

  • Sequencing at various output level
    ・GS-FLX:10~80M / HiSeq:2~10Gb or higher
    ・Raw-data-only sequencing service available
    ・Newbler(GS-FLX) / Trinity(HiSeq)softwares

  • Transcriptome data analysis
    ・Standard data analysis
     - de novo Assembly / Alignment and Statistics
     - Gene expression profile
     - Differentially Expressed Genes(DEGs)
     - SNPs and Indel calling by mapping to reference genome
    ・Advanced data analysis
     - Gene Annotations / Gene Set Analysis
     - Comparative analysis
     - Customized analysis

  • Small RNA data analysis
    ・Small RNA data Analysis
     - Expression Profiles, Novel smRNA, Differentially Expressed miRNA
     - Target Prediction of Known miRNA
     - Gene Set Analysis
     - Comparative analysis

 * Data Analysis may be varified by the availability of reference and the type of platform.

ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 mRNA-seq small RNA-seq
使用機種 Novaseq 6000 HiSeq2500
対象生物 ヒト、マウス、ラット等 ヒト、マウス、ラット等
データ量 4Gb(リード数:4,000万) 1レーン使用:約8Gb
リード長 100bp 50bp
シーケンス方法 Paired End Single End
必要サンプル量 Total RNA 1µg 以上、濃度 >20ng/μL Total RNA 3μg以上
データ解析
  • Expression profiling による Differentially Expressed Small RNA の探索
  • 新規 Small RNA の探索
  • Expression profilingによるDifferentially Expressed Small RNAの探索
  • 新規Small RNAの探索
価格(税抜) ライブラリ作製およびシーケンス
:¥46,000/サンプル
(TruSeq® Stranded Total RNA Library Prep 使用)
データ解析:¥16,000/サンプル
(Human,MouseサンプルのDEG解析)
ライブラリー作製:¥51,000
(TruSeq Small RNA Library Prep Kit使用)
-1レーン:¥215,000
データ解析:¥49,000
納期(QC合格後) シーケンス:6~8週間
データ解析:1~2週間
約8週間(データ解析まで)
納品物
  1. シーケンシング結果(fastq)
  2. サンプル間の発現レベル比較結果
  1. シーケンシング結果(fastq)
  2. サンプル間の発現レベル比較結果

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