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株式会社薬研社

ID: J01772
ID: J01772
DNAチップ研究所 / DNAチップ研究所

がん遺伝子パネル解析
AmpliSeq for illumina Cancer Hotspot Panel v2

がんとの関連性が特定された50個のホットスポット領域を調べる、がん遺伝子とがん抑制遺伝子の変異約 2,800箇所を対象としたターゲットリシーケンスです。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > ネオエピトープ解析・がん関連遺伝子解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス用ライブラリー作製
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > クリニカルシーケンス
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シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代データマイニング

サービスについて

特長

  • COSMIC(がん体細胞変異データベース)において、がんとの関連性が特定された50個のホットスポット領域を調べる、がん遺伝子とがん抑制遺伝子の変異約 2,800箇所を対象としたターゲットリシーケンスです。
  • 新鮮凍結組織等から抽出した高品質DNA 1ngまたはパラフィン包埋(FFPE)組織等から抽出した分解が進んだ微量サンプル(10ng~)からも解析可能です。
  • クラウド解析(illumina BaceSpace)によりアリル頻度5% までの体細胞変異を検出可能です。
  • 特定のターゲットまたは目的のゲノムコンテンツに最適化されたターゲットカスタムパネルもご利用できますのでご相談ください。
AmpliSeq for illumina Cancer Hotspot Panel v2に含まれる遺伝子(50個のがん遺伝子)
ABL1 EGFR GNAS KRAS PTPN11
AKT1 ERBB2 GNAQ MET RB1
ALK ERBB4 HNF1A MLH1 RET
APC EZH2 HRAS MPL SMAD4
ATM FBXW7 IDH1 NOTCH1 SMARCB1
BRAF FGFR1 JAK2 NPM1 SMO
CDH1 FGFR2 JAK3 NRAS SRC
CDKN2A FGFR3 IDH2 PDGFRA STK11
CSF1R FLT3 KDR PIK3CA TP53
CTNNB1 GNA11 KIT PTEN VHL

概要

1サンプルのクオリティチェック
2シーケンスライブラリー調製
3シーケンス
4データ解析(オプション)
  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. PCRベースのプロトコールに従ってライブラリー調製を行います。
    ライブラリー調製キット
    ・AmpliSeq for illumina Cancer Hotspot Panel v2
  3. illumina社の次世代シーケンサー(MiSeq/NextSeq500等)によるシーケンス解析を行います。
  4. リファレンスゲノムへのアライメントと変異検出を行います。
* illuminaのBaceSpace(有償・初回無料)をご利用いただけます。DNAチップ研究所でのBaceSpace解析代行も承ります。

納品物

  • サンプルQC結果
  • データQC結果(FastQC、MultiQC)
  • 変異検出結果
  • VCFファイル(変異ファイル)
  • BAMファイル(アライメントデータ)

サンプルについて

ゲノムDNA量 濃度 OD260/280 OD260/230 性状 液量
200ng以上(お問合せください) 10ng/μL以上 1.5 以上 1.0 以上 分解やRNAのコンタミがないこと 20μL以上

・サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
・FFPEサンプルから抽出したゲノムDNAの場合は 400ng 以上ご用意ください。
・抽出時に使用している有機溶媒が混入していないDNAをご送付ください。
・DNAはRNase処理を行い、RNAのコンタミネーションがない状態のサンプルをご送付ください。
・組織、細胞、FFPEスライド等は、DNA / RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
・送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。


ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
がん遺伝子パネル解析
AmpliSeq for illumina Cancer Hotspot Panel v2
お問い合わせ サンプルQC通過後、1.5ヶ月程度
(データ解析を含む場合は2ヶ月程度)

* 別途パネル試薬の発注に3週間ほどいただきます。
  (正式なご注文後にパネル試薬をメーカーに発注します。試薬の納期によって変動する可能性があります。)


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。