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シングルセル解析 ID: J01917

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シングルセルレベルでの遺伝子発現解析

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サービスについて

特長

最大100万個のシングルセルに分画して次世代シーケンサーで解析
シングルセル遺伝子発現Flexを用いることで固定化サンプルの解析が可能になり、細胞生存率がバイアスにならず、保管・輸送も容易に
細胞、組織、FFPE検体など幅広いサンプルに対応
18,000以上のヒト遺伝子と19,000以上のマウス遺伝子をカバーするプローブを使用
シングルセル3′ RNA-Seqにも対応
シングルセルレパトア解析（TCR / BCR）にも対応
ロングリードscRNA-Seq（scIso-Seq）にも対応

サービス内容

固定化組織または細胞（もしくは凍結組織または細胞）を送付いただき、Chromium Xを用いてシングルセルに分画後、シーケンスライブラリーを作製します。NovaSeq Xなどの次世代シーケンサーで解析後、機器付属のソフトウェアCell RangerやLoupe Browserを用いて解析した結果を納品いたします。
不均一な細胞集団をシングルセル解析することにより、新規の細胞マーカーや制御パスウェイの発見、新規の細胞タイプの発見や細胞タイプの明確化、発生過程や分化過程の理解につなげることが可能です。
サンプルの固定化処理から、最新の次世代シーケンサーを用いてハイスループットに配列を取得し、情報解析を含めたすべての工程をサポートします。

シングルセル遺伝子発現Flexの特長
プローブベースのプロファイリングにより固定化サンプルの解析が可能になったため、細胞生存率によるバイアスが低減し、より実際の発現プロファイルに近いデータが取得できるようになりました。また、マルチプレックスが可能なアッセイとなっているため、スループット性も向上しています。（fig.1）

fig.1 シングルセル遺伝子発現Flexの特長

Loupe Browserを用いた解析結果例（fig.2）（fig.3）

fig.2 tSNE
（クラスタリングの結果を視覚的に確認可能です。）

fig.3 CD4の発現分布（PBMC）
（tSNE上において特定の遺伝子がどのセルにおいてどの程度発現したかを確認することができます。）

受入サンプル

提供サンプル種	必要量	基準（サンプル送付前にご確認の上、ご送付ください。）	輸送温度	注意事項
凍結細胞	1.0×10⁶ cells以上	生存率80%以上	－150℃ （ドライシッパー）	細胞サイズは直径30μm以下＊－80℃輸送は生存率にご注意ください。
凍結組織	25mg以上	－	－150℃ （ドライシッパー）	液体窒素保管（－150℃）推奨＊－80℃保管の場合はクライオチューブで霜を防いでください。＊－80℃輸送は霜にご注意ください。
FFPE検体	FFPEブロック	－	4℃ （保冷剤）	凍結組織などと比べると、検出遺伝子数が少なくなる傾向があります。
固定化細胞（固定化組織を分散したものも含む）	2.0×10⁵～2.0×10⁶ cells	－	－80℃ （ドライアイス）	－

＊タカラバイオではサンプルの品質検定は行いません。事前にご確認ください。
＊タカラバイオからドライシッパーの貸出も可能です。

納品物

作業報告書
シーケンスデータ（fastq）
解析データ（Cell Ranger解析結果）　一式

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参考価格・納期

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