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ID: E01418
フィルジェン / Arraystar(アレイスター)

LC-MS tRNA修飾受託解析サービス

36ヌクレオシド修飾を解析することで、tRNAの全体的な修飾プロファイルを明らかにします。


カテゴリ
タンパク質工学 > スクリーニング > アミノ酸・酵素・タンパク質の作製・スクリーニング
タンパク質工学 > プロテオミクス(タンパク質解析) > プロテオーム解析・タンパク質網羅的同定・LC-MS分析・配列解析(ペプチドシーケンス)

サービスについて

概要

ArraystarのLC-MS tRNA修飾解析サービスは、36ヌクレオシド修飾を解析することで、tRNAの全体的な修飾プロファイルを明らかにします。
tRNAは、mRNAデコーディング及びタンパク質翻訳の基礎となる要素です。tRNAは、化学的に多様な転写後修飾を多く受けます。これらの修飾は、tRNA機能(フォールディング、安定性及びデコーディング[1])にとって重要です。一般的に、tRNA本体における修飾は、tRNA構造のフォールディング、安定性、剛性及び柔軟性にとって重要である一方、アンチコドンループにおける修飾は、オープンループ構造、コドン・アンチコドンペアリング、ゆらぎ、及び翻訳フレームシフト防止によって、デコーディングに影響します。さらに、修飾ヌクレオチドは、追加のアミノ酸認識精度のアミノアシル-tRNAシンターゼ(AARS)のアイデンティティー決定因子として機能する[2]。一般的に、修飾の少ないtRNAは、分解の対象となります。tRNA修飾の研究は、おそらくtRNA発現プロファイリングと同じくらい重要です。
tRNA修飾及び修飾酵素の欠損は、がん、糖尿病、神経学的症状、循環器疾患、及びミトコンドリア関連疾患といった、ヒト疾患とリンクしています。(fig.1)[3]。tRNA修飾プロファイルの解析は、疾患、tRNA修飾酵素、及びtRNA分子機能の関連を確立する鍵となります。
ArraystarのLC-MS tRNA修飾解析サービスは、totalRNAをサンプルとし、tRNAにとって重要な36ヌクレオシドの修飾を一度にプロファイリングする sample-to-data なソリューションを提供します。本サービスには、totalRNAからtRNAの単離、完全な加水分解、及びシングルヌクレオチドを調整するための脱リン酸化が含まれています。最新のウルトラ・ハイ・パフォーマンスLC-MSシステムは、新しいレベルの感度、精度、確度、ダイナミックレンジ、及び定量結果の堅牢性をお届けします。
●References
  1. Kirchner S. and Z. Ignatova(2015) “Emerging roles of tRNA in adaptive translation, sig-nalling dynamics and disease.” Nat. Rev. Genet. 16(2):98-112[PMID:25534324]
  2. El Yacoubi B. et al. (2012) “Biosynthesis and function of posttranscriptional modifications of transfer RNAs.” Annu. Rev. Genet. 46:69-95[PMID: 22905870]
  3. Torres A. G. et al.(2014) “Roles of tRNA modifications in human diseases.” Trends Mol Med 20(6):306-14[PMID:24581449]

特長

  • Total RNAサンプルを用いた複雑なtRNA修飾の定量解析
  • サンプルからデータまでのフルサービス
  • 高度に最適化された実験手順、最新のLC-MSシステム等による高いパフォーマンス
  • tRNAにおける36ヌクレオシド修飾を一度にプロファイリング

サービス内容

ご送付頂いたRNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)、質量分析及びデータ解析を実施します。これらの作業は、フィルジェン海外提携先であるArrayStar社にて実施されます。

[ワークフロー]
  1. RNAのQCチェック
  2. DNase処理
  3. tRNAのエンリッチメント
  4. エンリットメントされたtRNAのシングルヌクレオシドへの消化
  5. 質量分析(LC-MS/MS)による修飾ヌクレオシドの定量化
  6. データ出力及びデータ解析
  7. プロジェクトレポートの作成

[検出する修飾]
Nucleoside modifications profiled by Arraystar LC-MS tRNA Modification Analysis
Number Nucleoside Symbol Number Nucleoside Symbol
01 3’-O-methyladenosine 3’-OMeA 19 1-methylguanosine m1G
02 2’-O-methylcytidine Cm 20 7-methylguanosine m7G
03 5-methylcytidine m5C 21 N2-methylguanosine m2G
04 N6-isopentenyladenosine i6A 22 3’-O-methylinosine 3’-OMel
05 5,2’-O-dimethylcytidine m5Cm 23 2-thiouridine s2U
06 1-methyladenosine m1A 24 4-thiouridine s4U
07 2-thiocytidine s2C 25 5-methyluridine m5U
08 N2,N2,7-trimethylguanosine m2,2,7G 26 N4-acetylcytidine ac4C
09 N4-acetyl-2’-O-methylcytidine ac4Cm 27 3’-O-methyluridine 3’-OMeU
10 N6-methyladenosine m6A 28 5-methyl-2-thiouridine m5s2U
11 3-methylcytidine m3C 29 5-methoxyuridine mo5U
12 3’-O-methylcytidine 3’-OMeC 30 pseudouridine ψ
13 2’-O-methyladenosine Am 31 2’-O-methylinosine lm
14 N2,N2-dimethylguanosine m22G 32 3-methyluridine m3U
15 5’-O-methylthymidine 5’-OMeT 33 3’-O-methylguanosine 3’-OMeG
16 2’-O-methyluridine Um 34 1-methylpseudouridine m1ψ
17 inosine l 35 5-hydroxymethylcytidine hm5C
18 2’-O-methylguanosine Gm 36 5,2’-O-dimethyluridine m5Um
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納品物

  • サンプルQCレポート
  • Rawデータ(.D形式)
  • 修飾リボヌクレオシドの定量結果(Excel形式)
  • プロジェクトレポート
* USB等の記録メディアにて納品します。 ページ先頭へ戻る

サンプル条件

サンプルタイプ 濃度
Total RNA 10μg~15μg ≧20ng/μL

* 記載量は最小量につき、倍量ご準備いただくことをお勧めいたします。

  1. DNase、RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
  2. Total RNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
  3. UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースでの測定を強く推奨します。
    * UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いサンプルをご準備ください。

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ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス名 対応生物種(*1) サンプル数 価格(*2) Cat# 納期(*3)
tRNA-Seq受託解析サービス 真核生物 2~3 ¥70,000 F-AS-tRNALCMS-(サンプル数) 約2ヶ月
4~15 ¥63,000
≧16 ¥56,000

*1 実際に作業可能か確認する必要がありますので、ご依頼前にご相談ください。
*2 海外提携先への送料が別途必要になります。
*3 年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がありますこと、予めご了承下さい。

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関連サイト

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※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。