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株式会社薬研社

ID: J01682
ID: J01682
コスモ・バイオ / Epigeneron

標的DNAのPCR増幅阻害用(ORNi-PCR®)カスタムオリゴリボヌクレオチド (ORN)作製サービス

遺伝子変異検出の効率化やNGS解析の高精度化を可能に!


カテゴリ
遺伝子工学 > カスタムオリゴヌクレオチド・プライマー・プローブ・遺伝子合成 > DNA合成・RNA合成・人工遺伝子合成
遺伝子工学 > 遺伝子実験 > ゲノム編集(CRISPR-Cas9・TALEN・ZFN)

サービスについて

概要

Oligoribonucleotide(ORN)interference-PCR(ORNi-PCR®)とは、20塩基程度の短いRNAを利用して、遺伝子変異及びゲノム編集細胞の検出や、細菌叢解析等で優占種由来のPCR増幅を阻害することによるNGS解析の高精度化・低価格化を可能にする技術です。ORNi-PCR®法では、標的とするDNA配列(野生型遺伝子配列情報や細菌固有のDNA配列)を基にカスタム設計したORNをPCR増幅反応時に添加することで、標的DNAの増幅を阻害し、変異型遺伝子を含むDNAや標的細菌以外のDNAを増幅します。

Epigeneron社では独自のノウハウ及び特許技術によりORNi-PCR®に用いるORNをカスタム設計し、納品します。

特長

  • 操作は簡便:
    標的DNAに対する相補的なORNをPCR増幅時に添加することで配列特異的に標的DNAのPCR増幅を阻害します(fig.1)。PCR増幅に使用するDNAポリメラーゼは、KOD、Pfu等のプルーフリーディング活性を有する酵素を使用できます(使用を検討されている酵素の使用可否については、見積もり時にご確認ください)。また、ORNは、RPA法やLAMP法等のDNA増幅法でも使用可能です。
  • 遺伝子変異の検出が可能(fig.2fig.3):
    野生型遺伝子の配列情報のみで、ニーズに合わせてORNを設計します。調製されたDNAサンプルにORNを添加した後、PCR増幅によりDNAが検出された場合、これは変異遺伝子配列を含むサンプルであると考えられます。ORNi-PCR®法では、点突然変異(置換、indel)を含む様々な変異の検出が可能です。変異遺伝子の配列はサンガー・シーケンス法により確認できます。
  • ゲノム編集(遺伝子編集)細胞の検出が可能(fig.4):
    CRISPR/Cas9等のゲノム編集技術で使用されるgRNAからORNをカスタム設計します。ORNをPCR増幅時に添加し、増幅が確認された場合、ゲノム編集された細胞を含むサンプルであると考えられます。gRNAの配列情報からORNをカスタム設計するため、ゲノム編集後の配列情報は不要です。
  • NGS解析時のサンプル濃縮が可能(fig.5):
    宿主由来配列(rDNA等)や除去したいDNA情報に基づきORNをカスタム設計し、ライブラリの前処理におけるPCR反応においてORNを添加します。これにより解析対象となるDNAのみ含む最適なNGS用ライブラリの構築が可能となります。この最適化されたNGS用ライブラリをNGS解析することで、NGS解析の高精度化やリード数の削減が可能となります。
  • メチル化DNA修飾の検出が可能(fig.6):
    バイサルファイト処理とメチル化DNAを標的にカスタム設計したORNを組み合わせることで、メチル化DNA修飾が検出可能です。

オプションサービス:プロトコール検証サービス

カスタムデザインしたORN に対して最適なプロトコールを開発・検証します。
詳細はお問い合わせください。

納品物

納品グレード:HPLCグレード
容量:PCR反応およそ500回相当分

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参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
標的DNAのPCR増幅阻害用(ORNi-PCR®)カスタムオリゴリボヌクレオチド (ORN)作製サービス お問い合わせ 3週間~

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