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タカラバイオ / タカラバイオ ID: J01836

空間トランスクリプトーム解析（Spatial Transcriptomics） ID: J01836

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組織中の形態学的位置情報とリンクした遺伝子発現データを取得します。

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サービスについて

特長

  • Visium HD Spatial Gene Expression またはVisium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE（10x Genomics社）を用いた解析
  • Visium HD Spatial Gene Expressionの場合は、シングルセルスケールの解像度（2 ｘ 2 μm正方形スポット）で解析可能！
  • Visium CytAssist（10x Genomics社）を用いることでFFPEからのライブラリー調製が最適化され、より精度の高いデータが取得可能！
  • FFPEブロックを送付いただくだけで、情報解析までの全工程をサポート
  • 組織中の形態学的位置情報と紐づいた遺伝子発現データの取得が可能。腫瘍微小環境、細胞型、細胞マーカーなどの空間的構成の解析に！
  • ヒトまたはマウスに対応

fig.1 組織学的イメージ （H＆E染色画像）

fig.2 組織学的イメージ上に 遺伝子発現結果を可視化

fig.3 遺伝子発現解析

サービス内容

FFPEブロックより切片スライドを作製し、HE染色を行い、画像を取得します。腫瘍マーキングも対応可能です。HE染色画像を確認いただき、解析領域を選択いただきます。シーケンスライブラリー調製、NovaSeqシーケンサーにてシーケンスを実施し、Space Rangerを用いて情報解析を実施します。解析結果はVisium空間的遺伝子発現解析の結果を可視化するLoupe Browser（10x Genomics社のウェブサイトから無償でダウンロード可能）で閲覧・追加解析いただけます。
＊スライド作製等の一部作業は病理会社へ委託します。
＊FFPEスライド（10x Genomics社推奨スライド使用）での受付も可能です。
  • 解析作業フロー（fig.4）

    • fig.4 解析作業フロー

  • キット一覧（2024年6月1日現在）


    キット 解析エリア<.th> スポットサイズ スポット数
    Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE 6.5 x 6.5 mm 円形：直径55 μm 約5,000
    11 x 11 mm 約15,000
    Visium HD Spatial Gene Expression 6.5 x 6.5 mm 正方形：2 x 2 μm 約10,000,000

    ＊Visium HD Spatial Gene ExpressionもCytAssistを使用します。


  • Visium専用スライドを用いた空間情報を保持したライブラリー作製（fig.5）
    Visium専用スライドに転写物由来配列を写し取り、スポット固有のバーコードを取り込む形でライブラリーを作製します。
    スポットサイズによって、解像度を選択することができます。

    • fig.5 Visium専用スライドを用いた空間情報を保持したライブラリー作製
  • 肺がんFFPE検体を使用した解析結果閲覧例（fig.6）

    • fig.6 肺がんFFPE検体を使用した解析結果閲覧例

受入サンプル

    FFPEブロック（組織サイズ　6.5 mm x 6.5 mm、11 mm x 11 mm）
  • 組織サイズが6.5 mm x 6.5 mm（または11 mm x 11 mm）をこえる場合は、解析領域をご選択いただきます。
  • FFPEスライド（10x Genomics社推奨スライド使用）での受付も可能です。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ（fastq）
  • 解析データ（Space Ranger解析結果）　一式

ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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