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株式会社薬研社

ID: J01801
ID: J01801
DNAチップ研究所 / DNAチップ研究所

DNAメチル化アレイ解析-illumina

ゲノムワイドに1塩基レベルでのDNAメチル化定量ができます。


カテゴリ
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > 遺伝子発現解析・網羅遺伝子解析
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > メチル化解析

サービスについて

特長

ゲノムワイドに1塩基レベルでのDNAメチル化定量ができます。
サンプル間比較結果を利用することにより、マーカーの絞り込みが可能です。

Human MethylationEPIC BeadChip
国際コンソーシアムのエキスパートが選定した85万以上のメチル化サイトをターゲットにしています。
FFPEを含む複数のサンプルを並行して分析することで、低コストかつ高スループットのデータを提供します。

  • CpGアイランド以外のCpG部位
  • ヒト幹細胞で見られる非CpGメチル化部位(CHH部位)
  • 正常細胞との比較で腫瘍中に見られる差異的メチル化部位
  • FANTOM5エンハンサー
  • ENCODEオープンクロマチンおよびエンハンサー
  • DNase高感受性部位
  • miRNAプロモーター領域
Mouse Methylation BeadChip
専門家が選択した包括的カバレッジと高いサンプルスループットが独自の形で組み合わされており、ゲノムワイドDNAメチル化研究に最適です。
28万5,000箇所を超えるメチル化部位をヌクレオチド単位の解像度で調べることができます。

  • CpGアイランド、翻訳開始部位
  • エンハンサー
  • インプリント遺伝子座 など

概要

送付して頂いたDNAサンプルの、クオリティチェック(QC)後、バイサルファイト処理を行い、Infiniumアッセイ・スキャンニング後、メチル化レベルの定量とサンプル間の比較解析を行います。
これらの作業は、CLIA/CAP認定を受けた弊社提携先のラボにて実施されます。

データ解析

  • Infinium MethylationEPIC BeadChipを用いてDNAメチル化の定量解析を行います。
  • 全サンプル・全マーカーのDNAメチル化レベルの定量、検体間(群間)比較、DNAメチル化レベルの差が大きいマーカーについてクラスタリングとヒートマップ作成をします。

納品物

  • データディスク: メチル化定量データ(txtファイル)
  • グループ間比較解析データ (txtファイル)
  • クラスタリング解析データ(bmp画像ファイル)

サンプルについて

マイクロアレイフォーマット ゲノムDNA量 サンプル濃度(ng/μL) OD260 /280 性状
Infinium MethylationEPIC BeadChip(*1) 2,000ng以上 50ng/μL以上 1.8~2.0 ⊿Ct≦5(*2)

*1 バイサルファイト処理済みのサンプルも受入れ可能です(サンプルの品質評価は実施しません)。
  ZYMO RESERCH社 EZ DNA Methylation KitまたはEZ DNA Methylation-Goldを推奨
*2 FFPE由来DNAのCt値からコントロールDNAの平均Ct値を引いた値。

・サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
・組織、細胞等は、DNA/RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
・送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。


ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
DNAメチル化アレイ解析-illumina お問い合わせ サンプルのクオリティチェック(QC)通過後、1.5~2ヶ月程度

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。