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倉敷紡績 / 倉敷紡績 ID: J01453

PacBio受託解析サービス ID: J01453

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一分子シーケンスを実現したPacBio RS II/Sequelを用いたシーケンス受託サービス

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サービスについて

概要

一分子シーケンスを実現したPacBio RS II/Sequelを用いた解析サービスです。
他のシーケンサーに比べて長く（最大リード長200kb以上）、正確なリードを取得することが可能となっています。新規ゲノム解読や、トランスクリプトーム全長配列取得によるSplice Variantの同定（Iso-Seq）などにご活用いただけます。

解析方法

ゲノムDNAを断片化後、両端にアダプター配列を付加します。シーケンス用のSMRTbellライブラリを作製後、シーケンス解析へ進めます。ライブラリは1本鎖環状DNAとして合成され、シーケンス解析対象配列を繰り返し塩基解読していきます。解析対象の生物種のゲノムサイズによってRSII/Sequelいずれかのシーケンサーを選択することができます。PacBioシーケンサーはロングリードの配列情報が得られるため、新規ゲノム配列解読（de novo assembly）において絶大な効力を発揮します。（fig.1）

fig.1 PacBio解析フロー
シーケンサー PacBio RS II PacBio Sequel
1セルあたり取得可能データ量 700～800MB/cell 6～9GB/cell
最大リード長 >200kb >200kb
解析対象生物 細菌・酵母などゲノムサイズ～50MB 植物などゲノムサイズ50～500MB

必要なサンプル

ゲノムDNA　12μg以上（濃度 50ng/μL以上）

＊サンプルはヌクレアーゼフリー水に溶解してください
＊ 電気泳動にて10～20kbに単一のバンドが検出されていることをご確認ください。
　 DNAの分解などによってスメア状になっている場合は解析をお受けすることができません。
＊ DNAの定量はQubit Fluorometerなどの蛍光法による測定データをご利用ください。
　 NanoDropなどの吸光度による測定データは過大評価される恐れがあります。

解析結果

de novo assembly解析においてはassembly後の塩基配列情報をfasta形式で報告します。アセンブル後の配列中に存在する遺伝子の予測もご要望に応じて実施いたします。Iso-Seq解析につきましてはお問い合わせください。
＊ シーケンス解析のみをご依頼の場合には、FASTQファイルでの納品となります。上記はデータ解析を依頼いただいた場合の結果例です。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格（税抜） 納期
PacBio受託解析サービス お問い合わせ サンプルお預かりより約2ヶ月

＊ 解析費用は「ライブラリ調製」「シーケンス解析」「データ解析（ご希望の場合）」「ハードディスク（検体数が多い場合）」より
　 構成されます。解析対象の生物種、シーケンサーの種類、シーケンスデータ取得量（セル数）、データ解析有無のご希望をお知らせください。

関連サイト

  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
  • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
  • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
  • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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