受託オンライン

ID: E01453
倉敷紡績 / 倉敷紡績

PacBio受託解析サービス

一分子シーケンスを実現したPacBio RS II/Sequelを用いたシーケンス受託サービス


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > Whole Genome解析(全ゲノム解析)
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > de Novoシーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > RNA-Seq解析・TruSeq(微量)トランスクリプトーム解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > de Novoトランスクリプトームシーケンス解析

サービスについて

概要

一分子シーケンスを実現したPacBio RS II/Sequelを用いたシーケンス受託サービスです。
他のシーケンサーに比べて長く正確なリードを取得することが可能となっています。
微生物のゲノム解読や、トランスクリプトーム全長配列取得によるSplice Variantの同定などにご活用ください。

特長

ロングリードシーケンスによって、精度の高いゲノム配列が決定可能です。また、対象サンプルのゲノムサイズや取得カバレッジ量に合わせてPacBio RS II / Sequelの使い分けが可能です。

[用途]

  1. ゲノム配列解析(全ゲノムシーケンス)
    平均10kbの解析リード長を誇り、他シーケンサーと比較してより高精度のコンティグ配列を取得することが可能です。
    ゲノムサイズの比較的小さな生物種のde novoシーケンスなどにご利用いただけます。
  2. アイソフォームシーケンス(Iso-Seq)
    PacBioのIso-Seqアプリケーションは、mRNA分子の全長(5‘末端からポリAまで)を1リードでシーケンス可能で、アイソフォーム予測アルゴリズムを使うことなく転写産物の再構築を行います。

解析例

  • データ解析(ゲノム配列解析・オプション)
    ・アセンブル
    ・アノテーション付加(Blast・GenePrediction)
  • データ解析(Iso-Seq・オプション)
    ・Read Of Insert(ROI)
    ・Consensus Isoform
    ・Isoform List
    ・Fusion Gene Candidate List

サービスの流れ(fig.1

  1. ご要望ヒアリング
    解析の最終目的や対象領域、サンプル種などシーケンスを行う上での詳細情報を伺います。
  2. 受託内容の提案
    ご発注内容をクラボウより提案、ご確認いただきます。
    ・必要サンプル
    ・前処理方法、ライブラリ構築方法
    ・使用機種
    ・解読手法、データ量(カバレッジ)
    ・データ解析内容
    ・費用見積り
  3. ご発注、サンプル受領
    サンプルとサンプル情報をご提供ください。
  4. サンプル初期チェック
    ・定量:蛍光法
    ・純度検査:吸光度測定
    ・品質検査:電気泳動による鎖長分析
  5. ライブラリー作製と品質確認
    ご提出サンプルと解析目的に応じた前処理、及びライブラリー構築を行い、シーケンスに十分な品質であるか確認を行います。
    ・ゲノムDNAの断片化
    ・PolyA+ RNA分離とcDNA合成
    ・ターゲット領域の濃縮 など
  6. シーケシング
    解析目的に適したデータを効率よく収集できる機種(Novaseq6000、Hiseq4000など)を使用します。
  7. データ品質チェック
    得られたシーケンスデータを多方面から評価し、作業の成否と品質の良否を確認します。
    ・読取り塩基長の分布
    ・Quality score など
  8. データ解析(オプション)
    目的に応じたデータ処理を行い、遺伝子アノテーションや分析結果を提供します。
  9. データ納品
    受託報告書、配列データ、解析データ記憶媒体に保存してお届けします。
ページ先頭へ戻る

必要なサンプル(fig.2

gDNA量:20μg以上
濃度:50ng/μL以上
A260/A280:1.8以上
A260/A230:1.8以上
電気泳動でSmearなし(写真添付必要)
* 定量方法(PicoGreen法)とNanoDropなどの方法では2倍以上の差がある場合もあります。
* Elution bufferはEDTAなどが入ってないTris-HCl(pH8.0)bufferがおすすめです。
* 不純物(腐植酸、フェノール類など)が入らないようにしてください。
ページ先頭へ戻る

納品データ

  • 受託報告書
    ・初期チェックレポート
    ・シーケンシングサマリー
  • 配列データ(FASTQ形式)
  • 解析データ(オプション)
ページ先頭へ戻る

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


ページ先頭へ戻る

参考価格・納期

サービス項目 価格 納期
PacBio受託解析サービス お問い合わせ お問い合わせ
ページ先頭へ戻る

関連サイト

ページ先頭へ戻る

※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。