Cancer Precision Medicine：CPM / Cancer Precision Medicine ID: J01677

メタゲノムシーケンス解析 ID: J01677

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様々な微生物種の同定や機能解析、遺伝子予測、多様性解析を行います。

カテゴリ

サービスについて

概要

次世代シーケンスにより、ヒトや土壌、海水由来のDNAサンプルからゲノムを網羅的に解析し、様々な微生物種の同定や機能解析、遺伝子予測、多様性解析を行います。研究目的に合わせて、新規の微生物も対象とする「全メタゲノム解析」と、16S rRNA遺伝子領域にフォーカスする「16S rRNAシーケンス」を選択いただけます。

特長

次世代シーケンスにより、サンプル中に存在する膨大な微生物のすべて、もしくは16S rRNAにフォーカスして解析
新規微生物ゲノムの構築（de novoアセンブリ）が可能
系統分類のほか、機能解析や遺伝子予測も実施
α多様性解析（同一環境における種多様性）解析およびβ多様性解析（環境間の種多様性の違い）の両方を実施
（16S rRNAシーケンスのみ）

全メタゲノム解析

糞便等のヒト生体試料や環境試料（土壌、海水）より抽出されたゲノムDNAをご提供いただき、ゲノム全体をカバーする試薬（TruSeq Nano DNA Sample Prep Kit（Illumina））によりライブラリーを作製後、Illuminaシーケンサーによりシーケンスを行います。取得したリードを新規の参照ゲノム配列として再構築し、微生物の系統分類（NCBIデータベース参照）、遺伝子組成の予測や機能解析を行います。各工程において、サンプルの品質評価（QC）を行います。（fig.1）

対象	サンプル	使用試薬	シーケンサー	データ量	データ解析
ヒト生体試料、土壌、海水、川水、湖水、池水等	DNA	TruSeq Nano DNA Sample Prep Kit	NovaSeq 6000 （150PE）	4Gb	通常データ解析

fig.1 全メタゲノム解析

データ解析（fig.2）
データQCにより低品質のリードを除去後、ゲノム配列を再構築（de novoアセンブリ）し、微生物種の推定・分類、および機能解析・遺伝子予測等のデータ解析を行います。

解析データ例：（fig.3）（fig.4）

fig.2 データ解析

fig.3 解析データ例：遺伝子予測結果

fig.4 解析データ例：系統分類結果

16S rRNAシーケンス

糞便等のヒト生体試料や環境試料（土壌、海水）より抽出されたゲノムDNAをご提供いただき、微生物16S rRNA遺伝子のV3-V4領域を増幅してライブラリーを作製後、Illuminaシーケンサーによりシーケンスを行います。取得したリードをデータベースへマッピングすることにより系統分類を行い、サンプル中に存在する微生物の組成を明らかにします。（fig.5）

対象	サンプル	使用試薬	シーケンサー	データ量	データ解析
ヒト生体試料、等	DNA	16S amplicon PCR primers	MiSeq （300PE）	100,000リード/サンプル	通常データ解析

データ解析（fig.6）
データQCにより低品質なリードを除去後、OTU（operational taxonomic unit）解析やα多様性解析（シャノン指数）により微生物種の分類や組成解析を行います。また、データベースをもとに生物種を推定し、β多様性解析や系統分類（RDP・NCBIデータベース参照）を行います。

解析データ例：（fig.7）（fig.8）（fig.9）（fig.10）

fig.5 16S rRNAシーケンス

fig.6 データ解析

fig.7 解析データ例：QIIMEによるOTU解析

fig.8 解析データ例：α多様性解析（シャノン指数）

fig.9 解析データ例：微生物の分類群毎の存在度ヒートマップ

fig.10 解析データ例：Krona Plot

全メタゲノム解析と16S rRNAシーケンスの比較

	全メタゲノム解析	16S rRNAシーケンス
解析対象	新規の生物種も含むすべて	既知種のみ
コスト	やや高コスト	低コスト
生物種の推定・系統分類	〇	〇
機能解析	〇	×

ご提供いただくサンプル

以下の条件を満たさない場合や、ウイルス等による感染性が疑われるサンプルの場合は事前にご相談ください。サンプルの品質確認を実施し、品質を満たさない場合はご連絡いたします。

解析項目	材料	必要量	保存容器	保存方法	備考
全メタゲノム解析	DNA	0.5 μg以上	1.5～2 mLチューブ	-20℃	推奨純度： OD（260/280）1.6～2.0
16S rRNAシーケンス	DNA	0.1 μg以上	1.5～2 mLチューブ	-20℃	推奨純度： OD（260/280）1.6～2.0

サンプルのご送付

解析に必要なサンプルを、CPMクリニカルラボまでご送付ください。送付日につきましては事前にご相談ください。

サンプルには、解析依頼書別紙「サンプルリスト」を同梱してください。
各サンプルチューブに、「サンプルリスト（解析依頼書別紙）」に記入したサンプル番号もしくはサンプル名を明記してください。
サンプルは、以下の輸送条件にて着払いでご送付ください。

サンプルの保存条件	輸送条件
冷凍（-20℃）	ドライアイス梱包・冷凍便

納品物

以下のデータを納品いたします。

全メタゲノム解析	・解析報告書・シーケンスデータ（Fastq）・微生物ゲノム配列・遺伝子予測・機能解析結果・系統分類結果（NCBIデータベース参照）
16S rRNAシーケンス	・解析報告書・シーケンスデータ（Fastq）・系統分類結果（α多様性およびβ多様性（RDP・NCBIデータベース参照））

納品方法：以下のいずれか
　　　　・USBメモリもしくはHDD（別途費用をいただきます）
　　　　・クラウド
　　　　・ファイル転送（FTP）（Theragen Bio.にて実施した場合）

ご注文に関して

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参考価格・納期

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