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株式会社薬研社

ID: J01677
ID: J01677
Cancer Precision Medicine(キャンサープレシジョンメディシン) / Cancer Precision Medicine:CPM

メタゲノムシーケンス解析

様々な微生物種の同定や機能解析、遺伝子予測、多様性解析を行います。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス用ライブラリー作製
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > 16S-rRNA アンプリコン解析(細菌叢解析)
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > メタゲノム解析・メタトランスクリプトーム解析

サービスについて

概要

次世代シーケンスにより、ヒトや土壌、海水由来のDNAサンプルからゲノムを網羅的に解析し、様々な微生物種の同定や機能解析、遺伝子予測、多様性解析を行います。研究目的に合わせて、新規の微生物も対象とする「全メタゲノム解析」と、16S rRNA遺伝子領域にフォーカスする「16S rRNAシーケンス」を選択いただけます。

特長

  • 次世代シーケンスにより、サンプル中に存在する膨大な微生物のすべて、もしくは16S rRNAにフォーカスして解析
  • 新規微生物ゲノムの構築(de novoアセンブリ)が可能
  • 系統分類のほか、機能解析や遺伝子予測も実施
  • α多様性解析(同一環境における種多様性)解析およびβ多様性解析(環境間の種多様性の違い)の両方を実施
    (16S rRNAシーケンスのみ)

全メタゲノム解析

糞便等のヒト生体試料や環境試料(土壌、海水)より抽出されたゲノムDNAをご提供いただき、微生物16S rRNA遺伝子のV3-V4領域を増幅してゲノム全体をカバーする試薬(TruSeq Nano DNA Sample Prep Kit(Illumina))によりライブラリーを作製後、Illuminaシーケンサーによりシーケンスを行います。取得したリードを新規の参照ゲノム配列として再構築し、微生物の系統分類(NCBIデータベース参照)、遺伝子組成の予測や機能解析を行います。各工程において、サンプルの品質評価(QC)を行います。(fig.1

対象 サンプル 使用試薬 シーケンサー データ量 データ解析
ヒト生体試料、土壌、海水、
川水、湖水、池水等
DNA TruSeq Nano DNA
Sample Prep Kit
NovaSeq 6000
(150PE)
4Gb 通常データ解析

データ解析fig.2
データQCにより低品質のリードを除去後、ゲノム配列を再構築(de novoアセンブリ)し、微生物種の推定・分類、および機能解析・遺伝子予測等のデータ解析を行います。

解析データ例:(fig.3)(fig.4

16S rRNAシーケンス

糞便等のヒト生体試料や環境試料(土壌、海水)より抽出されたゲノムDNAをご提供いただき、微生物16S rRNA遺伝子のV3-V4領域を増幅してライブラリーを作製後、Illuminaシーケンサーによりシーケンスを行います。取得したリードをデータベースへマッピングすることにより系統分類を行い、サンプル中に存在する微生物の組成を明らかにします。(fig.5

対象 サンプル 使用試薬 シーケンサー データ量 データ解析
ヒト生体試料、等 DNA 16S amplicon
PCR primers
MiSeq
(300PE)
100,000リード/サンプル 通常データ解析

データ解析fig.6
データQCにより低品質なリードを除去後、OTU(operational taxonomic unit)解析やα多様性解析(シャノン指数)により微生物種の分類や組成解析を行います。また、データベースをもとに生物種を推定し、β多様性解析や系統分類(RDP・NCBIデータベース参照)を行います。

解析データ例:(fig.7)(fig.8)(fig.9)(fig.10

全メタゲノム解析と16S rRNAシーケンスの比較

全メタゲノム解析
16S rRNAシーケンス
解析対象
新規の生物種も含むすべて
既知種のみ
コスト
やや高コスト
低コスト
生物種の推定・系統分類
機能解析
×

ご提供いただくサンプル

以下の条件を満たさない場合や、ウイルス等による感染性が疑われるサンプルの場合は事前にご相談ください。サンプルの品質確認を実施し、品質を満たさない場合はご連絡いたします。

解析項目 材料 必要量 保存容器 保存方法 備考
全メタゲノム解析 DNA 0.5 μg以上 1.5~2 mLチューブ -20℃ 推奨純度:
OD(260/280)1.6~2.0
16S rRNAシーケンス 0.1 μg以上

サンプルのご送付

解析に必要なサンプルを、CPMクリニカルラボまでご送付ください。送付日につきましては事前にご相談ください。

  • サンプルには、解析依頼書別紙「サンプルリスト」を同梱してください。
  • 各サンプルチューブに、「サンプルリスト(解析依頼書別紙)」に記入したサンプル番号もしくはサンプル名を明記してください。
  • サンプルは、以下の輸送条件にて着払いでご送付ください。
サンプルの保存条件 輸送条件
冷凍(-20℃) ドライアイス梱包・冷凍便

納品物

以下のデータを納品いたします。
全メタゲノム解析 ・解析報告書
・シーケンスデータ(Fastq)
・微生物ゲノム配列
・遺伝子予測・機能解析結果
・系統分類結果(NCBIデータベース参照)
16S rRNAシーケンス ・解析報告書
・シーケンスデータ(Fastq)
・系統分類結果(α多様性およびβ多様性(RDP・NCBIデータベース参照))

納品方法:以下のいずれか
    ・USBメモリもしくはHDD(別途費用をいただきます)
    ・クラウド
    ・ファイル転送(FTP)(Theragen Bio.にて実施した場合)


ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。