nCounter^® Analysis System 核酸デジタルカウント受託解析サービス

概要

NanoString Technologies社のnCounter^® Analysis System（fig.1）を使用した受託解析サービスです。
nCounter^® Analysis Systemは、特殊な分子バーコードを配列特異的に付加し、デジタル検出およびカウントを行います。遺伝子発現解析を中心としたパネルをご用意しており、miRNA発現解析にも対応しています。

特長

• PCRによる増幅や逆転写の必要がなく、標的となる核酸を一分子単位をダイレクトにカウントします。
• 最大800の標的遺伝子を同時にカウントすることができます。
• 細胞、組織、FFPE、血液ライセートなどから抽出したTotal RNAにも対応しています。
• 優れた感度、再現性、広いダイナミックレンジでの測定が可能です。

デジタルカウントシステムの概略

nCounter^® Analysis System では、標的分子を一分子単位でダイレクトにカウントします。バーコード化されたプローブ対を標的分子に結合させ、デジタル検出することで、増幅や逆転写することなく、数百の遺伝子をマルチプレックスで、高感度、高精度に解析することが可能です。

（fig.2）：
(1) 使用するプローブ対は、5’末端に蛍光バーコード（6 positin×4色）を有するレポータープローブと、3’末端にカートリッジへ固定化するためのビオチンを有するキャプチャープローブから校正されます。溶液中にて、これらプローブ対をターゲット遺伝子に配列特異的にハイブリダイズさせ、複合体を形成します。
(2) nCounter^® Prep Stationにおいて、ハイブリダーゼーション後、過剰なプローブを除去します。精製されたターゲット遺伝子-プローブ複合体を、nCounter^® Cartridge表面に固定し、電圧をかけることにより、一定方向に整列させます。
(3) nCounter^® Digital Analyzerを用いて、nCounter^® Cartridgeに固定化されたターゲット遺伝子-プローブ複合体の分子バーコードをデジタル画像処理し、特定の分子バーコードが検出された数をカウントすることにより、ターゲット遺伝子を定量します。
[ref. Geiss G, et al., Nature Biotechnology 26; 317-25(2008).]

アプリケーション（RNA Analysis）

• Gene Expression Analysis
  ・最大800の標的遺伝子を同時カウント
  ・PCRによる増幅や逆転写の必要なし
  ・細胞、組織、FFPE、血液ライセーとから解析可能
• miRNA Expression Analysis
  ・単一の反応でmiRNAトランスクリプトームをマルチプレックスに解析
  ・miRNAの探索とバリデーション
  ・類似したmiRNAも特異的に識別可能
• Leukemia Fusion Gene Analysis
  ・異なる白血病のサブタイプにみられる融合遺伝子のセットを含む
  ・11の野生型転座と12の白血病関連バイオマーカーのプローブを含むセット

パフォーマンス

1. 高い再現性（fig.3）
   ref. Northcott P.E., et al., Neuropathologica; Nov 16, 2011
   https://link.springer.com/article/10.1007/s00401-011-0899-7
2. 優れた感度、再現性、広いダイナミックレンジ（fig.4）
   同じTotal RNAを用いた繰り返しテストの再現性は、高い相関性と広いダイナミックレンジ（10-50,000 counts）を示しています。75カウントは、細胞あたり約1コピーに相当します。このデータは、発現量の高いサンプルと低いサンプルを、同時にカウントした場合でも、正確で感度の高い結果が得られることを示しています。
3. NGSやマイクロアレイによるデータ検証に有効
   本解析では、一度に最大800の遺伝子を測定できます。逆転写やPCRのステップは必要なく、正確な定量が可能です。NGSやマイクロアレイ解析によって得られた、数十または数百個の候補遺伝子について、従来の様にqPCRあるいはウェスタンブロットで1つずつ検証する必要はありません。
4. 癌研究に最適（fig.5）
   研究に最適なPanCencer Panel（3種）は、それぞれ770のがん関連の重要遺伝子を搭載しており、経路調節解除、イムノプロファイリング、およびガン進行の基礎および橋渡し研究を可能にするマルチプレックスな遺伝子発現解析を提供します。これ以外にも多数の免疫・がん研究向けパネルがあり、また、カスタマイズにも対応しています。

解析の流れ

1. 御見積り
   ご希望とする内容をご連絡ください。
   ご希望されるサービスやサンプル数などの情報を基に、価格・必要サンプル量などの情報をご連絡いたします。
2. 解析サンプルの送付
   フィルジェン宛に、解析サンプル、QCシート及び免責事項同意書をご送付ください。
   ご送付頂いた内容物を確認し、提携先（Cold Spring Biotech社）にサンプルをお送りいたします。
3. サンプルの品質チェック
   サンプルの品質チェックを行います。
   ＊ QCチェックの結果などの問題で、サンプルを再送する場合は、別途送料（海外）をご請求させて頂きます。
4. サンプルの調整とハイブリダイゼーション
   サンプルおよび2種類のプローブを用いて、ハイブリダイゼーションを行います。
5. サンプルの精製
   nCounter^® Prep Stationにより、サンプルの精製と固定化を行います。
6. カウント
   nCounter^® Degital Analyzerにより、ターゲット遺伝子特異的な分子バーコードをダイレクトにカウントします。
7. データ解析
   得られたカウントデータを用いて、nSolver(TM) Analysis により、データ解析を行います。
8. 解析データのご報告
   データ解析結果を、CD-ROMまたはDVD-ROMに収録して、ご報告いたします。

ページ先頭へ戻る

必要サンプル条件

• サンプルの種類：Total RNA
• 濃度：60ng/μL
• 溶液量：15μL
• フラグメントサイズ：50%が300bp以上