受託オンライン

ユーロフィンジェノミクス / ユーロフィンジェノミクス

次世代シーケンス de novo トランスクリプトーム解析

遺伝子配列リソースを利用できない生物種において、mRNA-Seq解析を行ってde novoアセンブルを行って遺伝子配列を構築します。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > de Novoトランスクリプトームシーケンス解析

サービスについて

特長(fig.1

  • mRNA精製:ポリA精製 or rRNA枯渇
  • Strand specific ライブラリ調製
  • バイオインフォマティクス解析:de novoアセンブル、(オプション)構築した遺伝子配列をリファレンスにして遺伝子発現量解析も対応可能です。

サービス内容

  1. 受領したRNAサンプルについて、品質確認(サンプルQC)を行います。
  2. 目的に応じたRNAの精製を行います。
    ポリA精製 (*1) もしくは、rRNA枯渇処理 (*2)
  3. 精製したRNAの断片化を行います。
  4. ランダムプライマーを用いた逆転写反応により、cDNAを合成します。
  5. アダプター付加、2nd Strand cDNAの断片化を行い、Strand-specific mRNAライブラリーを調製します。
  6. 調製したライブラリーをシーケンシングします。
  7. 取得した配列をアセンブルして遺伝子配列を構築します。
  8. (オプション解析)構築した遺伝子配列をリファレンスとして遺伝子発現量の定量解析を行います。
* 上記以外の解析をご希望の場合は別途ご相談対応となります。

*1 mRNA-Seqライブラリ調製: ポリA精製
真核生物を対象とした標準ライブラリ調製方法です。total RNAをサンプルとしてお預かりして、ポリA精製を行い、mRNAを精製します。この mRNAをcDNA化し、所定のアダプタを付加することにより、mRNA-Seq (Strand Specific)ライブラリを調製します。(fig.2

*2 mRNA-Seqライブラリ: 細菌の場合
rRNA枯渇処理 (通常はIllumina RiboZeroを使用)
原核生物(細菌)の場合、mRNAは原則として ポリA構造を持たないため、これを用いたmRNA精製が困難です。かといって精製を行わないでシーケンシングをしても、rRNA配列ばかりを読んでしまうことになります。細菌トランスクリプトーム解析を実現するためには、予めプローブによるrRNA枯渇処理を行ってから、cDNA化、ライブラリ調製を行う必要があります。生物種により相性がありますので、予めご相談ください。なお、実際のrRNA枯渇の程度については、ユーロフィンジェノミクスでで保証することはできません。
ヒト・マウス・ラットのtotal RNAサンプルからも、rRNAを効率よく除去することができます。断片化が進んだFFPEサンプルのrRNA除去に有効なだけではなく、ポリA精製によって失われていた、ポリA末端を持たないトランスクリプトをシーケンス解析対象とすることが可能となります。詳細については、お問い合わせください。
ページ先頭へ戻る

サンプル条件

RNAサンプルのご準備に際しての注意事項は以下の通りです。

  • 高品質のtotal RNAを2μg以上(濃度は20ng/μL以上)ご調製ください。
  • 核酸定量は、蛍光測定法をお勧めします。サンプル量が規定量に満たない場合はご相談ください。
  • RNAサンプルはRNase-free水もしくは、市販RNA抽出キット付属の溶出液に溶解してください。
  • 電気泳動にてサンプルに分解がないことをご確認ください。
    * 品質が良くない場合は、特別な処理が必要になり、追加料金を頂戴することもございます。
  • DNAのコンタミネーションがないことを確認してください(DNase処理を推奨)。
  • ドライアイス梱包にてクール便でユーロフィンジェノミクスへ送付してください。
ページ先頭へ戻る

納品物

mRNA-Seq データのアセンブル&遺伝子発現量解析

  • シーケンシング配列データ (クリーニング後):FASTQ形式
  • de novoアセンブルにより得られたコンティグ配列/トランスクリプト配列:FASTA形式
  • <発現量解析ありの場合>
    遺伝子発現量データ Excelで閲覧可能な形式
ページ先頭へ戻る

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


ページ先頭へ戻る

参考価格・納期

サービス項目 価格 納期
次世代シーケンス de novo トランスクリプトーム解析 お問い合わせ お問い合わせ
ページ先頭へ戻る

関連サイト

ページ先頭へ戻る

※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。