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ID: E01499
フィルジェン / Arraystar(アレイスター)

エピトランスクリプトームマイクロアレイ受託解析サービス

mRNAおよびlncRNA、またはcircRNAにおいて主要なN6-メチルアデノシトシン(m6A)におけるエピクリプトーム修飾の定量化を行うことができます


カテゴリ
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > 遺伝子発現解析・網羅遺伝子解析
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > small RNA・miRNA発現解析
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > メチル化解析

サービスについて

概要

m6A、m1A、m5C、およびシュードウリジンなどのRNA修飾は、エピトランスクリプトーム、および遺伝子発現制御に深く関係しています。特にm6Aは、mRNAおよbIncRNAにおけるもっとも豊富な内部修飾となっており、転写後mRNA/IncRNA代謝、および機能のあらゆる局面に影響を与えます。さらに、m6Aは、キャップに依存しないcircRNAの翻訳開始やPrimary microRNA(pri-miRNA)のプロセンシングなど、他の多くのncRNAの機能にも関与しています。
RNAの存在的な影響は、遺伝子転写物だけでなく、転写物の修飾率にも影響します。しかしながら、現在のトランスクリプトームワイドのRNA修飾プロファイリングにおいては、主に修飾部位のマッピングは扱うものの、その転写物についての修飾RNAの割合を定量化するところまでは至っていませんでした。

特長

本サービスで使用するエピトランスクリプトームマイクロアレイは、2色チャンネルマイクロアレイテクノロジーと、RNA修飾免疫沈降法を組み合わせて、転写産物をアイソフォーム特異的にRNAの修飾レベルの割合を定量化します。このマイクロアレイはmRNA、lncRNA、circRNA、pre-miRNA、pri-miRNA、snoRNA、およびsnRNAの各クラスのエピトランスクリプトームをカバーしています。
エピトランスクリプトームマイクロアレイは、シークエンスによるRNAメチル化解析(MeRIP-Seq)よりも優れた利点を持っています。

  • どの遺伝子転写産物が修飾されているか、条件間の差動的な修飾、各転写産物に対する修飾の割合を単一のマイクロアレイで同時にプロファイルすることが可能です。
  • MeRIP-Seqでプロファイリングが困難なIncRNAやcircRNAであっても、コード、ノンコードのRNAクラスのカバレッジが可能です。
  • rRNAの除去が不要で、MeRIPよりも迅速かつ簡単に解析が行えます。
  • 少量サンプルでの解析が可能で、1μgのtotalRNAから解析が可能です。

【少量サンプルでの解析】
現在のMeRIP-Seq法では、スタートサンプルとして120μg以上のtotalRNAが必要であるため、入手量が限られる希少サンプル等の研究は非常に困難です。このサービスで使用するアレイは、1μgのtotalRNAしか必要としないため、MeRIP-Seqを大幅に下回るスタートサンプルで解析が可能です。

サンプル条件 エピトランスクリプトームマイクロアレイ MeRIP-Seq
スタートサンプル量 ≧1μg total RNA ≧120μg total RNA
mRNAおよびrRNAの除去 不要 必要
インタクトRNA 不要 必要


【マイクロアレイによる各転写産物の修飾率の定量化】
変化する修飾化学量論は、同じRNA転写物から機能的多様性を生み出します。修飾RNA(転写産物a)の割合は、ある細胞条件下(例えば細胞状態1)では非常に低くなり得るが、別の細胞条件下(例えば細胞状態2)では高く変化する場合があります。RNAの構造変化や修飾リードタンパク質の直接動作に引き起こすことで、修飾された(転写産物a)は、例えばタンパク質翻訳から、増加したRNAの崩壊まで、異なる運命を獲得します。(fig.1

エピトランスクリプトームマイクロアレイは、Cy5チャンネルで免疫沈降した修飾RNAと、Cy3チャンネルで上清の未修飾RNAをそれぞれ検出し、各転写産物の修飾および未修飾の割合を測定します。これらスプライスされた転写物アイソフォームは、転写物特異的なアレイプローブによって特異的かつ明確に検出します。(fig.2

マイクロアレイデータベース

本サービスは、解析内容に合わせて、mRNA & lncRNA解析用のアレイと、circRNA解析用のアレイの2タイプからご選択いただけます。
                
【mRNA & lncRNA エピトランスクリプトームマイクロアレイ】
プローブ総数 60,613(Human)、60,773(Mouse)、40,991(Rat)
プローブ長 60nt
プローブサイト mRNA & lncRNA:転写物の全長に沿った特異的エクソンまたはスプライスジャンクション配列。
中サイズncRNA:ncRNA内のユニークな配列領域。
プローブ特異性 転写物特異的
標識法 cRNAは、少量の分解RNAでも3’バイアスなしで全長に沿って標識。
タンパク質コードmRNA数 44,122(Human)、48,161(Mouse)、27,770(Rat)
lncRNA数 12,496(Human)、8393(Mouse)、10,582(Rat)
中サイズncRNA数 Human:1,366(pre-miRNA)、1,642(pri-miRNA)、19(snRNA)、786(snoRNA)
Mouse:701(pre-miRNA)、957(pri-miRNA)、1229(snRNA)、1,200(snoRNA)
at:432(pre-miRNA)、449(pri-miRNA)、155(snRNA)、1,469(snoRNA)
mRNAソース Human:Refseq, UCSC, GENECODE, FANTOM5 CAT[2-6]
Mouse:Refseq, UCSC, GENECODE[2-3]
Rat:Refseq, Ensembl 92[1, 5]
lncRNAソース
  • Arraystar lncRNA コレクションパイプライン
    2018年までのすべてのデータベースおよび文献からのlncRNA
    各lncRNA遺伝子の転写物に割り当てられた「Canonical」または「longest」の優先順位。
  • 外部データベース(2018年現在)
    Human:Refseq, UCSC, GENCODE, FANTOM5 CAT, LncRNAdb, RNAdb, NRED [2-8]
    Mouse:Refseq, UCSC, GENCODE, GenBank, lncRNAdb, NRED[2-7]
    Rat:Ensembl 92[1], Refseq [5]
  • 文献
    Human: Scientific publications up to 2018[9-45]
    Mouse: lincRNA catalogs[8-11], T-UCRs[12], Evolutionary constrained LncRNAs[13], lncRNA publications up to 2018[14-22]
    Rat:T-UCRs[6-9]
中サイズncRNAソース HumanおよびMouse:GENECODE, miRBase[1-2]
Rat:GENECODE, miRBase, GtRNADb[2-3]
アレイフォーマット 8×60K

リファレンスリスト(PDF):HumanMouseRat
*生物種をクリックするとダウンロードできます。

【circRNA エピトランスクリプトームマイクロアレイ】
プローブ総数 13,617(Human)、14,236(Mouse)、14,145(Rat)
プローブ長 60nt
プローブサイト 環状ジャンクション
プローブ特異性 転写物特異的
標識法 環状RNAの特異的かつ効率的な標識を確実にするためのRNase Rサンプル前処理と組み合わせたランダムプライマー標識。
circRNA数 13,617(Human)、14,236(Mouse)、14,145(Rat)
circRNAソース
  • 外部データベース(2018年現在)
     circbase, CircNet, circRNADb[1-3]
  • 文献
     Human:[4-10]
     Mouse:scientific publications[4-5]
     Rat:scientific publications[4-5]
アレイフォーマット 8×15K

リファレンスリスト(PDF):HumanMouseRat
*生物種をクリックするとダウンロードできます。

解析の流れ

本サービスは、MeRIP、cRNA標識、アレイ実験、アノテーションおよびデータ解析まで、フルパッケージとなっています。

【m6A-mRNA & lncRNA 解析ワークフロー】fig.3
  1. RNAサンプルの受け取り
  2. RNAのQCチェック
  3. 免疫沈降(m6A-RIP)
  4. cRNA合成、および2色標識(IP-RNAをCy5標識、およびCy3上清RNAをCy3標識)
  5. アレイハイブリダイゼーション、洗浄、およびスキャニング
  6. データ抽出、アノテーション、解析および要約

【m6A-circRNA解析ワークフロー】fig.4
  1. RNAサンプルの受け取り
  2. RNAのQCチェック
  3. 免疫沈降(m6A-RIP)
  4. RNase RによるリニアRNAの除去(rRNA、lncRNA、mRNAなど)
  5. cRNA合成、および2色標識(RIP-RNAをCy5標識、およびCy3上清RNAをCy3標識)
  6. アレイハイブリダイゼーション、洗浄、およびスキャニング
  7. データ抽出、アノテーション、解析および要約
【バイオインフォマティクス解析】
パッケージ内では、以下のような内容の解析が行われます。
  • 異なるm6Aメチル化転写産物(mRNA、lncRNA、および中サイズncRNA)(fig.5
  • 異なるm6Aメチル化転写産物(circRNA)(fig.6
  • 異なるm6Aメチル化RNAの階層的クラスタリングヒートマップ(fig.7
  • 異なるm6Aメチル化mRNAのGOエンリッチメント解析(fig.8
  • 異なるm6Aメチル化mRNAのパスウェイ解析(fig.9

参考文献

  1. Gilbert WV, Bell TA, Schaening C: messenger RNA modifications: Form, distribution, and function. Science 2016, 352(6292):1408-1412.[PMID: 273113037]
  2. Yang Y et al: Extensive translation of circular RNAs driven by N(6)-methyladenosine. Cell Res 2017, 27(5):626-641.[PMID:28281539]
  3. Alarcon CR et al: HNRNPA2B1 is a Mediator of m(6)A-Dependent Nuclear RNA Processing Events. Cell 2015, 162(6):1299-1308.[PMID:26321680]
  4. Lewis CJ, Pan T, Kalsotra A: RNA modifications and structures cooperate to guide RNA-protein interactions. Nat Rev Mol Cell Biol 2017, 18(3):202-210.[PMID:28144031]
  5. Qin Y et al: TRIM9 short isoform preferentially promotes DNA and RNA virus-induced production of type I interfe*** by recruiting GSK3beta to TBK1. Cell Res 2016, 26(5):613-628.[PMID: 26915459]
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サンプル条件

生物種 サンプルタイプ 必要量 濃度 RIN 純度
ヒト、マウス、ラット totalRNA ≧5μg ≧0.1μg/μL ≧7.0 O.D.260/280:≧1.8
O.D.260/230:≧1.8
  1. 電気泳動写真の添付を推奨します。
    *電気泳動は、次の条件を推奨します。1.0%アガロースゲル:1.0%TAEバッファー:100V、40min.
  2. DNase、RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨)
  3. totalRNAは、RNaseフリー水(ddH2Oなど)に溶解し、-80℃で保存してください。
  4. DNase処理を行うことを強く推奨します。
  5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの測定を強く推奨します。
    *UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いRNAを準備してください。
  6. スピンカラムでRNA抽出・精製する際、低分子のRNAなどが除去されることがあるため、必ずキットの仕様を確認してください。
  7. 上記のサンプル条件は、ご準備いただく際の目安であり、最終的な品質は業務提携先でのQCチェックの結果に従います。
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ご注文に関して

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製品カタログ・リーフレット

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参考価格・納期

サービス項目 生物種 価格 納期 カタログ#
mRNA&lncRNAエピトランスクリプトーム
マイクロアレイ受託解析サービス
ヒト お問い合わせ お問い合わせ F-AS-MELRH-(サンプル数)
マウス F-AS-MELRM-(サンプル数)
ラット F-AS-MELRM-(サンプル数)
circRNAエピトランスクリプトーム
マイクロアレイ受託解析サービス
ヒト F-AS-MECRH-(サンプル数)
マウス F-AS-MECRH-(サンプル数)
ラット F-AS-MECRH-(サンプル数)
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関連サイト

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※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。