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株式会社薬研社

ID: J01364
ID: J01364
DNAチップ研究所 / DNAチップ研究所

がん遺伝子パネル解析
QIAGEN QIAseq Targeted DNA Panels

がん遺伝子のエクソン領域およびホットスポット領域をPCR増幅し、 次世代シークエンサーを用いて高感度に遺伝子変異を検出します。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > ネオエピトープ解析・がん関連遺伝子解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス用ライブラリー作製
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > FFPEゲノムシーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代データマイニング

サービスについて

特長

  • 11種類のがんパネルから目的に応じて選択
  • カスタムパネルの作製も可能
  • FFPEサンプルやセルフリー DNA(cfDNA) にも対応
  • 微量サンプル(10ng~)でも測定可能
  • 分子バーコード使用で、1%程度の体細胞変異を検出
  • QIAGEN Gene Globe Data Analysis Center(データ解析クラウド)が無償で利用可能(ユーザー登録が必要)
  • 複雑な解析結果をできるだけ分かりやすくした最終結果レポートの作成可能(オプション解析)
Actionable solid tumor panel ヒトの20個のがん遺伝子における主要な領域及び3個の腫瘍抑制遺伝子の全エクソン領域を解析
BRCA1 and BRCA2 panel ヒトの乳がんおよび卵巣がんの発症と進行に関連するBRCA1およびBRCA2における変異を解析
BRCA1 and BRCA2 Plus panel ヒトの乳がんおよび卵巣がんの発症と進行に関連するBRCA1、BRCA2を含む6遺伝子における変異を解析
Breast cancer panel ヒト乳がんの発症と進行に関連した93遺伝子における変異を解析
Colorectal cancer panel ヒト大腸がんの発症と進行に関連した71遺伝子における変異を解析
Lung cancer panel ヒト肺がんの発症と進行に関連した72遺伝子における変異を解析
Mitochondrial panel ヒトミトコンドリアゲノムにおけるコードおよび非コード領域の体細胞変異を解析
Myeloid Neoplasms panel ヒト骨髄性腫瘍の発症と進行に関連した141遺伝子における変異を解析
Pharmacogenomics panel ヒトの個々における薬物や他の化学物質における代謝能力に関連する31個のハプロタイプの薬物代謝関連遺伝子における変異を解析
Comprehensive cancer panel ヒトの包括的ながんの発症と進行に関連する275遺伝子およびTERTプロモーターにおける変異を解析
Lnherited diseases panel ヒト遺伝性疾患に関連する298遺伝子における変異を解析(有害で高頻度に見られる劣性の遺伝性疾患に関係する164遺伝子を含む)

概要

1サンプルのクオリティチェック
2シーケンスライブラリー調製
3シーケンス
4データ解析(オプション)
  1. サンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
  2. Gene-specificプライマーによるターゲット領域の増幅とシーケンスライブラリーの調製を行います。
  3. illumina社の次世代シーケンサー(MiSeq/NextSeq500等)によるシーケンス解析を行います。
  4. リファレンスゲノムへのアライメント(マッピング)と分子バーコード処理、変異検出を行います。QIAGEN社クラウド(Data Analysis Center)とDNAチップ研究所のカスタムパイプラインを組み合わせたデータ解析を行います。

データ解析

1QIAGEN Gene Globe Data Analysis Center
(データ解析クラウド)による解析
2DNAチップ研究所独自のアノテーション情報を付与
・1,000 Genomesのアレル頻度情報
・京都大学HGVDのアレル頻度情報
・DNAチップ研究所取得の高齢健常者8人に見られる変異情報
3変異の絞り込み
・タンパク質にインパクトを与える変異の絞り込み
・アレル頻度情報による変異の絞り込み
4最終結果レポートの作成
・QIAGEN QIAseq Targeted DNA Panels Mutation Report
フィルターを通過した信頼性の高い結果を抽出し、なおかつタンパク質に影響を与える変異を最終結果としてレポートしています。
必要最小限の情報を分かりやすい形でレポートしています。

納品物

  • 最終結果レポート (PDF形式)
  • 変異検出詳細結果(fig.1
  • VCFファイル(変異ファイル)
  • FASTQファイル(次世代シーケンサーから出力された配列 (リード) データ)
  • BAMファイル(ヒト参照配列hg19へのアライメントファイル)
  • mapping_quality(リードのMapping Quality Scoreのサンプル毎の分布イメージ)
  • サンプルQCレポート
  • Qiaseq-DNA-smCounter(QIAGEN社クラウドサーバーによる解析結果)

サンプルについて

ゲノムDNA量 濃度 OD260/280 OD260/230 性状 液量
200ng以上(お問合せください) 10ng/μL以上 1.5 以上 1.0 以上 分解やRNAのコンタミがないこと 20μL以上

・微量サンプルにも対応しております。サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
・FFPEサンプルから抽出したゲノムDNAの場合は 400ng 以上ご用意ください。
・抽出時に使用している有機溶媒が混入していないDNAをご送付ください。
・DNAはRNase処理を行い、RNAのコンタミネーションがない状態のサンプルをご送付ください。
・組織、細胞、FFPEスライド等は、DNA / RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
・送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。


ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
がん遺伝子パネル解析
QIAGEN QIAseq Targeted DNA Panels
お問い合わせ サンプルQC通過後、1.5ヶ月程度
(データ解析を含む場合は2ヶ月程度)

* 別途パネル試薬の発注に3週間ほどいただきます。
  (正式なご注文後にパネル試薬をメーカーに発注します。試薬の納期によって変動する可能性があります。)


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。