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フィルジェン / Arraystar(アレイスター)

(h)MeDIP-Seq with LncRNA Promoter 受託解析サービス

mRNA及びlncRNAプロモーターにおける5mC又は5hmC修飾の解析を行います。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > MeDIP-seq 解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > DNAメチル化解析
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シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > 次世代データマイニング

サービスについて

概要

かつては「ジャンクDNA」と考えられていたlncRNAの機能が発見されたことにより、それらの生物学的意義、特に遺伝子制御に関する研究が盛んになっています。LncRNAの転写それ自身は、タンパク質コード遺伝子の転写よりも、高度に細胞、組織又は疾患特異的な様式で厳密に制御されています。lncRNA発現の崩壊及び上流の調節メカニズムの背景を理解することは、lncRNA研究の鍵となります。このため、lncRNAにおける転写制御のエピジェネティック解析は重要な方法です。
転写に重要なプロモーター領域のDNAメチル化又はヒドロキシメチル化は、遺伝子発現制御に影響します。例えば、LncRNA-MEG2プロモーター領域のメチル基修飾は、肝がん及び統合失調症患者において異常に変化しています。また、lncRNAプロモーターのメチル化様式は、食道がんにおいて、mRNAプロモーターよりも腫瘍及び非腫瘍間を分類するバイオマーカーとしての能力が示されています。さらに、lncRNAプロモーターのメチル化の崩壊が、乳癌サンプルの最大57%に認められています。lncRNAプロモーターのメチル化レベルとlncRNA遺伝子発現は、著明に相関しています。
ArrayStar社の(h)MeDIP-Seq with LncRNA Promoter解析は、mRNA及びlncRNAプロモーターにおける5mC又は5hmC修飾の解析を行います。

特長

  • MeDIP-Seq及びlncRNAプロモーターの解析
  • タンパク質コードmRNA遺伝子プロモーター解析
  • 最適化された(h)MeDIP法

サービス内容

ご送付頂いたゲノムDNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)、(h)MeDIP、次世代シークエンス及びバイオインフォマティクス解析を実施いたします。これらの作業は、フィルジェン海外提携先であるArrayStar社にて実施されます。

Me-DIP

[ワークフロー]
  1. ゲノムDNAのQCチェック
  2. DNAの断片化
  3. MeDIPによるメチル化DNAの濃縮
  4. ライブラリー作製及びQCチェック
  5. illuminaプラットフォームによるシークエンス
  6. データ出力及びバイオインフォマティクス解析
  7. プロジェクトレポートの作成

[バイオインフォマティクス解析]
  • ゲノムへのアライメント
  • メチレーションピークの同定
  • ピークに対する近傍mRNA及びLncRNA遺伝子のアノテーション
  • mRNA及びLncRNA遺伝子プロモーター上のメチル化可変領域(Differentially Methylated Region:DMR)の同定
  • プロモーター上でメチル化変動のあったmRNA遺伝子に対するGO解析及びパスウェイ解析
hMeDIP

[ワークフロー]
  1. ゲノムDNAのQCチェック
  2. DNAの断片化
  3. hMeDIPによるヒドロキシメチル化DNAの濃縮
  4. ライブラリー作製及びQCチェック
  5. illuminaプラットフォームによるシークエンス
  6. データ出力及びバイオインフォマティクス解析
  7. プロジェクトレポート作成

[バイオインフォマティクス解析]
  • ゲノムへのアライメント
  • ヒドロキシメチレーションピークの同定
  • ピークに対する近傍mRNA及びLncRNA遺伝子のアノテーション
  • mRNA及びLncRNA遺伝子プロモーター上のヒドロキシメチル化可変領域(Differentially Hydroxymethylated Region:DhMR)の同定
  • プロモーター上でヒドロキシメチル化変動のあったmRNA遺伝子に対するGO解析及びパスウェイ解析
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納品物

  • サンプルQCレポート
  • FASTQ形式のシークエンスデータ
  • バイオインフォマティクス解析データ
  • プロジェクトレポート
  • 次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア「CLC Genomics Workbench」の2週間試用ライセンス
* USB等の記録メディアにて納品します。 ページ先頭へ戻る

サンプル条件

サンプルタイプ 濃度 O.D.260/280 O.D.260/230 ゲルイメージ
推奨量 最少量
ゲノムDNA 5μg以上 2μg以上 100ng/μL以上 >1.8 >1.8 分解のないこと
(スメアが認められないこと)

  1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
    * 電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
  2. RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
  3. DNase、 RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
  4. ゲノムDNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferまたはddH2Oにて保存してください。
    * 長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。
  5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNA, dsDNA, ssDNA, フリーの核酸等も同時に検出するため、ゲノムDNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
  6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。

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ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


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参考価格・納期

サービス内容 対応生物種 サンプル数 価格 納期 Cat.#
MeDIP-Seq with LncRNA Promoter受託解析サービス Human / Mouse / Rat 2以上 お問い合わせ お問い合わせ F-AS-MeDIP-(サンプル数)
hMeDIP-Seq with LncRNA Promoter受託解析サービス Human / Mouse / Rat 2以上 お問い合わせ お問い合わせ F-AS-hMeDIP-(サンプル数)
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関連サイト

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※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。