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株式会社薬研社

ID: J01740
ID: J01740
生物技研 / 生物技研

ゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析(ロングリード)

ショートリードを用いた従来法に比べ、コンティグの数は圧倒的に少なく、ギャップが生まれにくく、完全長ゲノムDNAを目指す場合に非常に有効な手段です。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ロングリード シーケンス (1分子シーケンス)】 > 一分子リアルタイムDNAシーケンス
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > メタゲノム解析・メタトランスクリプトーム解析

サービスについて

概要

PacBio Sequel lle で取得する「HiFiリード」は、長くて(10~15kb)、美しい(精度が99%以上)です。そのため、ショートリードを用いた従来法に比べ、コンティグの数は圧倒的に少なく、ギャップが生まれにくく、完全長ゲノムDNAを目指す場合に非常に有効な手段です。

サービス内容

  • 送付サンプルのDNA濃度測定(蛍光法による2本鎖DNAの定量・吸光度によるDNAの定量・電気泳動)
  • シーケンスライブラリー作製
  • シーケンシング解析(PacBio Sequel lleを用いてHiFiリードを取得)
  • アセンブル(オートアノテーション含む)* 原核生物の場合のみ

ご提供サンプル

ご提供いただくDNAの量と品質がとても大事です。
  1. DNA量
    濃度50ng/マイクロL以上、総量 4μg以上
    * ゲノムサイズ300Mb以上の真核生物の場合は、濃度50ng/μL以上で、1セルごとに4μg以上のDNAが必要です。
    * DNA濃度・総量が基準未満の場合は、「微量DNA対応」のオプションがございます。
  2. DNAの品質
    受入れ後の電気泳動装置(Fragment Analyzer)を用いた品質確認でGQNが5以上であること。
    <お客様で事前に確認する場合>
    260/230は2.0以上、260/280 は 1.8以上、電気泳動で20kb以上にバンドが見えていることが望ましいです。
  3. バッファー
    ヌクレアーゼ活性を抑えてDNA分解を抑えられるTE bufferがお勧めです。
  4. 送付方法
    保管時と同じ温度帯(冷蔵or冷凍)でお送りください。
    また、輸送中の大きな揺れによる物理的なせん断を避けるために、梱包の際はサンプルチューブを緩衝材で包んでご送付ください。DNA抽出からご依頼いただくことも可能です。生物技研ホームページオプションをご覧ください。

納品物

以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。

  • 報告書
  • シーケンス生データ(fastq形式)
  • DDBJのデータベース登録に必要なデータ
  • アセンブルおよびオートアノテーションデータ *原核生物の場合のみ

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目                  解析対象の目安            取得データ量    価格(税抜) 納期
ゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析
(ロングリード)
原核生物  ゲノムサイズ
10Mb以下
200Mb ¥120,000/サンプル
原核生物のゲノム解析のみ アセンブルまで含まれます
30営業日
真核生物  ゲノムサイズ
50Mb以下
1Gb ¥200,000/サンプル
ゲノムサイズ
100Mb以下
2Gb ¥300,000/サンプル
ゲノムサイズ
100~300Mb
6Gb ¥500,000/サンプル
ゲノムサイズ
300Mb以上
要相談(*1)  ¥700,000/セル お問い合わせ  

* 取得データ量は、ゲノムサイズの20倍が目安です。
  ゲノムサイズに応じて複数セルでのシーケンシング解析が必要になります。
  1セルあたりのデータ量は15Gb程度です(サンプルに依存するため、データ保証はできません)。


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。