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ゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析（ロングリード） ID: J01740

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ショートリードを用いた従来法に比べ、コンティグの数は圧倒的に少なく、ギャップが生まれにくく、完全長ゲノムDNAを目指す場合に非常に有効な手段です。

カテゴリ

サービスについて

概要

PacBio Revio / Sequel lle で取得する「HiFiリード」は、長くて（10～15kb）、美しい（精度が99%以上）です。ショートリードを用いた従来法に比べ、コンティグの数は圧倒的に少なく、ギャップが生まれにくいです。そのため、完全長ゲノムDNAを目指す場合に非常に有効な手段です。原核生物の場合、ほぼ環状化できています。

サービス内容

送付サンプルのDNA濃度測定（蛍光法による2本鎖DNAの定量・吸光度によるDNAの定量・電気泳動）
シーケンスライブラリー作製（Ultra-Lowのマニュアルに従いPCR増幅してライブラリー作製）
シーケンシング解析（PacBio Revio または Sequel lleを用いてHiFiリードを取得）
アセンブル（オートアノテーション含む）＊原核生物の場合のみ

ご提供サンプル

ご提供いただくDNAの量と品質がとても大事です。

DNA量
濃度5ng/μL以上、総量 200 ng以上
＊ PCRフリーのライブラリー調製をご希望の場合は、濃度50 ng/uL以上、総量 4 ug以上
＊複数セル占有でご依頼の場合は、1セルごとに上記のDNAが必要です。
DNAの品質
受入れ後の電気泳動装置（Fragment Analyzer）を用いた品質確認でGQNが5以上であること。
＜お客様で事前に確認する場合＞
A260/230は2.0以上、A260/280 は 1.8以上、電気泳動で20kb以上にバンドが見えていることが望ましいです。
長いリードを得るためには断片化されていないDNAが必要となります。
バッファー
ヌクレアーゼ活性を抑えてDNA分解を抑えられるTE bufferがお勧めです。
TE buffer以外を使用される場合は、吸光度による純度測定の際のブランク用に溶出バッファー100ul程度をサンプルと一緒にご送付ください。
送付方法
保管時と同じ温度帯（冷蔵or冷凍）でお送りください。
また、輸送中の大きな揺れによる物理的なせん断を避けるために、梱包の際はサンプルチューブを緩衝材で包んでご送付ください。DNA抽出からご依頼いただくことも可能です。生物技研ホームページオプションをご覧ください。

納品物

納品形態は参考価格表をご覧ください（ダウンロードまたは記録媒体での納品となります）。

報告書
シーケンス生データ（fastq形式）
DDBJのデータベース登録に必要なデータ
アセンブルおよびオートアノテーションデータ＊原核生物の場合のみ

ご注文に関して

お問い合わせフォームよりお問い合わせください。

製品カタログ・リーフレット

PacBio Sequel lleを用いたゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析のパンフレット

参考価格・納期

サービス項目	解析対象の目安		取得データ量	価格（税抜）	納期	納品形態
ゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析（ロングリード）	原核生物	ゲノムサイズ 10Mb以下	200Mb	1～3サンプル：￥120,000/サンプル 4～7サンプル：￥110,000/サンプル 8サンプル以上：￥100,000/サンプル原核生物のゲノム解析のみアセンブルまで含まれます	35営業日	ダウンロード（4GBを超える場合は記録媒体に変更となります）
	真核生物	ゲノムサイズ 50Mb以下	1Gb	￥150,000/サンプル	35営業日	記録媒体
		ゲノムサイズ 100Mb以下	2Gb	￥225,000/サンプル
		ゲノムサイズ 100～300Mb	6Gb	￥375,000/サンプル
		ゲノムサイズ 300Mb以上	20Gb	￥525,000/サンプル
>1セル占有プラン＊1		ゲノムサイズ 50Mb以下	50Gb程度＊2	￥800,000/セル	2セルまで 35営業日

＊1 取得データ量は、ゲノムサイズの20倍が目安です。
　ゲノムサイズに応じて複数セルでのシーケンシング解析が必要になります。

＊2 Revioを導入したばかりのため、取得データ量の目安は変更になる可能性があります。
　サンプルに依存するため、データ保証はできません。

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