概要
DNA サンプル中には、圧倒的な量の直鎖状染色体DNAと環状ミトコンドリア DNA（mtDNA）が存在しており、これは染色体外環状DNA（Extrachromosomal circular DNA：eccDNA）のNGS解析におけるリード数を大幅に減らす可能性があるため、eccDNA-Seqではこれらを除去する必要があります。Arraystar社のeccDNA-Seqでは、制限エンドヌクレアーゼ切断によって環状mtDNAを線形化し、線形化されたmtDNAと直鎖状染色体DNAを直鎖DNA特異的エキソヌクレアーゼによって消化することで、サンプル中のeccDNAを無傷のまま濃縮します。ローリングサークル増幅（RCA）によって、eccDNAを増幅し、eccDNAのシグナルとデータ品質を大幅に向上させます。micro-eccDNAとmega-eccDNAを同時にプロファイリング可能です。
特長
- 最大限のeccDNA 濃縮： 染色体およびミトコンドリアDNAの除去およびeccDNAのローリングサークル増幅により、eccDNAリードを劇的に増加
- 幅広いカバレッジ： micro-eccDNA to mega-eccDNAの同時プロファイリング
- 高い信頼性： 十分に確立され最適化された手順により、最良の結果を生み出す
- 使いやすい解析： 豊富なアノテーション、ゲノムブラウザトラックの視覚化、生物学者や臨床医向けの論文化可能なグラフィックを提供
本サービスは、gDNA～データ解析までのフルパッケージとなっています。
- gDNAサンプルの受け取りおよびQCチェック
- ミトコンドリアDNAの線状化*
- 線状DNAの除去*
- ローリングサイクル増幅
- 超音波断片化とDNAシークエンシングライブラリーの構築
- illuminaプラットフォームによるハイスループットシークエンシング
- データ抽出と解析および要約
*生体液サンプルの場合、上記2および3の工程は省略。
納品物（例：バイオインフォマティクス解析）
・gDNAサンプルQC結果
・シークエンスデータ（Clean reads, Trimmed reads および Aligned reads）
・データ解析：
シークエンスデータのQC
ゲノム参照データベースへのリードマッピングとアライメント
eccDNA 解析（eccDNA の分類、アノテーション、ゲノム全体の染色体分布）
eccDNA 発現変動解析（fold change≧2 and p-values≦0.05 でデフォルトカットオフ）
発現変動 eccDNA遺伝子のVolcano plot
発現変動 eccDNA遺伝子のGO/パスウェイ解析
・プロジェクトサマリーレポート
サンプル条件
| 品質条件 |
詳細 |
| 対象生物種 |
Human / Mouse / Rat（その他生物種については、お問合せください。） |
| サンプルタイプ |
gDNA |
| 必要量 |
推奨量：＞3μg、最少量：＞1μg |
| 濃度（Nanodropに基づく） |
＞20ng/μL |
| 純度（Nanodropに基づく） |
O.D.260/280：1.7
O.D.260/230：1.8 |
| RNA Integrity |
アガロースゲル電気泳動： 高分子DNAのバンドがはっきりと確認できること |
＊DNase、RNase フリーの 1.5ml マイクロチューブを使用してください（スクリューキャップ式を推奨）
＊ヌクレアーゼフリーの分子生物学グレードの水に溶解し、-80℃で保存してください。
＊UV スペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースでの測定を強く推奨します。
＊UV スペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いサンプルをご準備ください。
