Arraystar / フィルジェン ID: J01903

次世代シークエンス(NGS) eccDNA-Seq 受託解析サービス ID: J01903

サービスについて

概要

DNA サンプル中には、圧倒的な量の直鎖状染色体DNAと環状ミトコンドリア DNA(mtDNA)が存在しており、これは染色体外環状DNA(Extrachromosomal circular DNA:eccDNA)のNGS解析におけるリード数を大幅に減らす可能性があるため、eccDNA-Seqではこれらを除去する必要があります。Arraystar社のeccDNA-Seqでは、制限エンドヌクレアーゼ切断によって環状mtDNAを線形化し、線形化されたmtDNAと直鎖状染色体DNAを直鎖DNA特異的エキソヌクレアーゼによって消化することで、サンプル中のeccDNAを無傷のまま濃縮します。ローリングサークル増幅(RCA)によって、eccDNAを増幅し、eccDNAのシグナルとデータ品質を大幅に向上させます。micro-eccDNAとmega-eccDNAを同時にプロファイリング可能です。

特長

  1. 最大限のeccDNA 濃縮: 染色体およびミトコンドリアDNAの除去およびeccDNAのローリングサークル増幅により、eccDNAリードを劇的に増加
  2. 幅広いカバレッジ: micro-eccDNA to mega-eccDNAの同時プロファイリング
  3. 高い信頼性: 十分に確立され最適化された手順により、最良の結果を生み出す
  4. 使いやすい解析: 豊富なアノテーション、ゲノムブラウザトラックの視覚化、生物学者や臨床医向けの論文化可能なグラフィックを提供

解析の流れ(fig.1

本サービスは、gDNA~データ解析までのフルパッケージとなっています。
  1. gDNAサンプルの受け取りおよびQCチェック
  2. ミトコンドリアDNAの線状化*
  3. 線状DNAの除去*
  4. ローリングサイクル増幅
  5. 超音波断片化とDNAシークエンシングライブラリーの構築
  6. illuminaプラットフォームによるハイスループットシークエンシング
  7. データ抽出と解析および要約
  8. *生体液サンプルの場合、上記2および3の工程は省略。

納品物(例:バイオインフォマティクス解析)

・gDNAサンプルQC結果
・シークエンスデータ(Clean reads, Trimmed reads および Aligned reads)
・データ解析:
 シークエンスデータのQC
 ゲノム参照データベースへのリードマッピングとアライメント
 eccDNA 解析(eccDNA の分類、アノテーション、ゲノム全体の染色体分布)
 eccDNA 発現変動解析(fold change≧2 and p-values≦0.05 でデフォルトカットオフ)
 発現変動 eccDNA遺伝子のVolcano plot
 発現変動 eccDNA遺伝子のGO/パスウェイ解析
・プロジェクトサマリーレポート

サンプル条件

品質条件
詳細
対象生物種 Human / Mouse / Rat(その他生物種については、お問合せください。)
サンプルタイプ gDNA
必要量 推奨量:>3μg、最少量:>1μg
濃度(Nanodropに基づく) >20ng/μL
純度(Nanodropに基づく) O.D.260/280:1.7
O.D.260/230:1.8
RNA Integrity アガロースゲル電気泳動: 高分子DNAのバンドがはっきりと確認できること

*DNase、RNase フリーの 1.5ml マイクロチューブを使用してください(スクリューキャップ式を推奨)
*ヌクレアーゼフリーの分子生物学グレードの水に溶解し、-80℃で保存してください。
*UV スペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースでの測定を強く推奨します。
*UV スペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いサンプルをご準備ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
次世代シークエンス(NGS) eccDNA-Seq 受託解析サービス ¥384,000 お問い合わせ

*1サンプルの解析料金です。海外提携先への送料が別途必要になります。

関連サイト