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株式会社薬研社

ID: J00033
ID: J00033
フナコシ / ZYMO RESEARCH

5-mC Sequencing

次世代シークエンシングを用いたエピジェネティクス解析受託サービス。

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シーケンス（塩基配列）解析 > 次世代シーケンス（NGS）解析【エピゲノムシーケンス】 > DNAメチル化解析
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サービスについて

概要

エピジェネティクス分野で最先端を進んできたZymoResearch社の次世代シークエンシングを用いたエピジェネティクス解析受託サービスです。

＊ 任意の遺伝子配列に対してバイサルファイトシークエンシングを行う受託サービス
　 「MethylCheck Targeted Sequencing for DNA Methylation Analysis」については、こちらをご覧ください。
＊各種メチル化解析受託サービス、創薬支援サービスをまとめてご紹介したエピジェネティクスカタログ＜受託サービス＞ページについては
　 こちらをご覧ください。

特長

  • Whole Genome解析
    全ゲノムにおけるメチル化状態（Methylome）を把握できる唯一のサービス（Methyl-MaxiSeq）
  • Genome Wide解析
    ・DNAメチル化（5-mC）を捉えるClassic RRBS解析、およびCoverageを上げたMethyl-MiniSeqサービスを用意
  • Methyl-Mini Seq解析の測定カバー率（fig.1）

    fig.1 Genome Wide解析とWhole Genome解析のイメージ図
    個数網羅率（％）
    CpG部位～1,500,000－
    遺伝子のプロモーター＞18,400≧75
    CpGアイランド＞22,950≧80

作業内容（fig.2）


fig.2 作業内容
Browser Tracks Result Tables Hexbin Plot Genomic Region Pie Chart Clustering Heatmap
Region Coverage Pie Chart Methylation Level Boxplot Methylation Overview Read Coverage Plot

参考文献

  • Barua S, et al. (2014) Single-base resolution of mouse offspring brain methylome reveals epigenome modifications caused by gestational folic acid. Epigenetics Chromatin. 7(1):3. doi: 10.1186/1756-8935-7-3.
  • Diede SJ, et al. (2013) Fundamental differences in promoter CpG island DNA hypermethylation between human cancer and genetically engineered mouse models of cancer. Epigenetics. 8(12): 1254-1260.
  • MacQuarrie KL, et al. (2013) Comparison of genome-wide binding of MyoD in normal human myogenic cells and rhabdomyosarcomas identifies regional and local suppression of promyogenic transcription factors. Mol Cell Biol. 33(4):773-84.
  • Vicente-Dueñas C, et al. (2012) A novel molecular mechanism involved in multiple myeloma development revealed by targeting MafB to haematopoietic progenitors. EMBO J. 31(18):3704-17.

サービスの種類

5-mC
Genome Wide Whole Genome
Classic RRBS Methyl-MiniSeq Methyl-MaxiSeq
Capable with low DNA input? Yes Yes Yes
Single-base Resolution? Yes Yes Yes
Methylome Coverage＊ 1.5～2million sites 3～4million sites Entire methylome
Quantitative Analysis? Yes Yes Yes
Genomic Regions covered Nearly all CpG islands and gene promoters Twice as many unique CpG sites compared to Classic RRBS Entire methylome
Notes Efficient genome-wide analysis Robust biomarker discovery Complete methylation analysis

＊calculation based on human genome
＊depends on capture efficiency and methylation levels

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