ファスマック / グライナー・ジャパン ID: J01870

RNA-seq解析パッケージ ID: J01870

~発現量算出はパッケージ内!発現比較解析をはじめとした追加解析も取り揃えています。~
サンプルから抽出したRNAを使って細胞内で発現する全転写物の網羅的な定量を行います。

サービスについて

概要

RNA-seqはNGSを利用しmRNAを解析することによって細胞内で発現する全転写物の網羅的な定量を可能としております。まずサンプルから転写物であるRNAを抽出し、RNAからcDNAライブラリーを作成してシークエンスを行い、リファレンス配列にマッピングすることで、発現量を定量いたします。(fig.1

  1. お客様:サンプル情報のご提供(ご依頼は2サンプル以上から承ります)
  2. ファスマック: ファスマック社にサンプル送付(トータルRNAとサンプル情報をファスマック社へ送付ください)(*1)
  3. ファスマック: ライブラリー調製(RNAの品質確認後(*2)、ライブラリーを作製いたします。ライブラリーの濃度と品質を確認致します)
  4. ファスマック:シーケンス解析(Illumina社NextSeq500またはMGI社DNBSEQ G400を使用してシーケンシング解析を行い、ペアエンドリードを取得します)
  5. ファスマック:データ解析(マッピングソフトウェアを用いてリファレンス配列にマッピングいたします。その後TPMなどによる正規化を行ったデータを提供致します

*1 RNAの分解が進んでおり、シーケンシング解析を行ってもデータが得られないと判断した場合は、中止させていただきます。
*2 ご提供いただくサンプル推奨条件は以下の通りです。
①吸光度計によりサンプルの純度をご確認ください A260/A280≧1.8、A260/A230≧2
②電気泳動にて分解が認められないことをご確認ください(Bioanalyzerをお持ちの場合、RINが8.0以上)



【サンプル及びデータの保管期限】
ファスマックにお送りいただきましたサンプルは、お客様からの返却希望のお申し出がない場合、解析終了後3ヶ月で破棄させていただきます。返却をご希望のお客様は、ファスマックログインサイトからご注文される際に、その旨をご明記くださいますようお願い申し上げます。なお、サンプル返却はゲノムDNAのみが対象となります。
また、解析データに関しましては、保管期限を解析終了後1年間とさせていただきます。ファスマックでの保管期限後に解析をご希望される場合、ファスマックから出荷した解析データ等をお送りいただければご対応いたします。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
RNA-seq解析パッケージ
(DNB-seqの場合)
¥45,000 / サンプル* 20営業日
(オプション無しの場合)

*2サンプルから受付



【オプションサービス】
上記基本パッケージに加えて、以下のような解析オプションをご指定いただけます。その他ご要望に応じた解析も対応可能です。お気軽にご相談ください。

①サンプル調製オプション
作業内容 価格
リボソームRNA除去 polyA-tailを持たないバクテリアのmRNAなど、oligodTで単離できない場合に有効です。 +30,000円/サンプル


②データ解析オプション
作業内容 価格
発現量算出(マッピング含む)(※3) +¥10,000
発現比較解析(※4) +¥50,000/サンプル
主成分解析 +¥10,000
ヒートマップ、クラスタリング +¥10,000
アノテーション(※5) +¥40,000
Trinityを用いたDe novo transcriptome assembly( 参照ゲノム配列なし) +¥100,000

*3 納品後の再解析などでご利用いただく際のオプションです
*4 CLC、Cuffdiff、Deseq2、edgeRなどのツールを利用します。
*5 データベース 上にその生物種のアノテーション情報がある場合に限ります。

関連サイト