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株式会社薬研社

ID: J01586
ID: J01586
タカラバイオ / タカラバイオ

ターゲット融合遺伝子解析

癌などの疾患に関与する網羅的な融合遺伝子の検出


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > FusionGene解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > RNA-Seq解析・TruSeq(微量)トランスクリプトーム解析

サービスについて

概要

メニュー名 1. SMART Fusion-Seq解析 2. RNA-Seq解析
(Fusion Gene解析)
概要 SMART法とSemi-nested PCRによるターゲット濃縮を組み合わせたタカラバイオオリジナルの融合遺伝子検出サービス イルミナ社シーケンサーにて、mRNAシーケンスを行い、情報解析にて網羅的に融合遺伝子を検出するサービス
遺伝子数 15(+カスタム遺伝子) 全遺伝子対象
特長 ・微量核酸(FFPEサンプル含む)からの融合遺伝子検出
・高感度、高精度(低バイアス)に融合遺伝子を検出
・フレキシブルに融合遺伝子を設計可能(カスタム対応)
・網羅的な融合遺伝子検出
・ヒト以外も対応可能

* SMART Fusion-Seq解析は、タカラバイオ社が国立大学法人大阪大学に設置した大阪大学大学院医学系研究科 先端ゲノム医療学共同研究講座 前田大地特任教授(常勤)らのグループとの共同研究の成果を活用して実施します。

特長

  • 解析目的に応じてターゲットを絞った解析と網羅的解析の2類の融合遺伝子解析サービスをご用意
  • 未知の融合パートナー遺伝子の検出も可能
  • FFPEなど臨床検体からの解析も可能
  • ご希望の融合遺伝子について、カスタムパネルでの解析も可能

サービス内容

  1. SMART Fusion-Seq解析
    total RNAをお預かりし、SMART法を用いてcDNA合成を行い、Semi-nested PCRによりターゲットの濃縮を行います。Semi-nested PCRで増幅した産物を次世代シーケンサーでシーケンスを行い、融合遺伝子を検出します。
    組織、FFPE等からのRNA抽出作業からの実施も可能です。
    解析結果では、融合遺伝子候補の一覧をリスト化し、breakpoint前後の配列やアノテーション情報、ゲノム位置等の情報を付与いたします。

    ・SMART法を用いたcDNA合成(fig.1
    SMART技術によるcDNA合成を行うことで、バイアスなく5’末端にアダプターを付与でき、かつ微量核酸(20~50ng)やFFPEなど分解が進んだ検体からの解析が可能です。

    ・Semi-nested PCRによるターゲット濃縮(fig.2
    従来の両側特異的プライマーによるターゲット濃縮ではできなかった未知の融合パートナー遺伝子の検出が、Semi-nested PCR(片側ユニバーサル+片側遺伝子特異的プライマー)を用いることで可能になります。

    ・カスタムパネルでの解析
    上記15遺伝子の対象エキソン領域以外での融合遺伝子検出をご希望の場合、カスタムで特異的プライマーを設計し、その遺伝子とペアとなる融合遺伝子の検出が可能です。お問い合わせください。
  2. RNA-Seq解析(Fusion Gene解析)fig.3
    total RNAを提供いただき、mRNA精製、断片化およびcDNA合成によりライブラリー作製を行います。NovaSeqなどの次世代シーケンサーを用いて、ペアエンドシーケンスを行い、fusion gene解析ソフトウェアにより融合遺伝子を検出します。組織、FFPE等からのRNA抽出作業からの実施も可能です。
    解析結果は、融合遺伝子候補の一覧をリスト化し、breakpoint前後の配列やアノテーション情報、ゲノム位置、偽陽性スコア情報等を付与いたします。情報解析だけのご依頼も可能です。
【オプションサービス】
・組織やFFPEからのRNA抽出

納品物

  1. SMART Fusion-Seq解析
    ・作業報告書
    ・シーケンスデータ
    ・融合遺伝子の検出結果、マッピング結果等

    【融合遺伝子候補の一覧結果例(Excel)】(fig.4
    【融合遺伝子候補のin silico再評価結果例(html形式)】(fig.5
    in silicoで検出された融合遺伝子候補結果を再評価し、確からしいリードを選抜してhtml形式で結果をまとめます。
  2. RNA-Seq解析(Fusion Gene解析)
    ・作業報告書
    ・シーケンスデータ
    ・融合遺伝子の検出結果、マッピング結果等

    【融合遺伝子候補の一覧結果例(Excel)】(fig.6
    候補融合遺伝子について、確からしさとともに、位置情報やアノテーション情報などをまとめたリストを納品いたします。

受入れサンプル

total RNA、血液、FFPE、組織など
以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

【total RNAの場合】
メニュー サンプル量 濃度 OD260/OD280、OD260/OD280
1.SMART Fusion-Seq解析 130ng以上 2.5ng/μL以上 1.6以上
2.RNA-Seq解析(Fuion Gene解析) 4μg以上(*1) 200ng/μL以上 1.6以上

*1 微量サンプルの場合は、SMART-Seq解析での対応も可能です。
・RNAはRNase free水に溶解し、1.5mLチューブでご提供ください。PCRチューブ、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。
・DNase処理を実施してください。
・ご送付いただいたRNAサンプルは受け入れ時に品質検定を行います。
 この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

【血液、FFPE、組織等の臨床検体の場合】
サンプル量 保管・搬送温度 備考
血液 2mL 冷凍 ・PAXgene RNA採血管またはEDTA/2NaまたはEDTA/2K採血管にて採血してください。
・採血後の遠心分離は不要です。
・ヘパリン入採血管を用いて採血された血液は、解析に影響を及ぼしますのでお避けください。
・冷凍時は容器の破損を避けるため、なるべく緩やかに凍結させてください。
・チューブ容量の1/2量以下となるようにしてください。
FFPE 10μm厚
7枚程度
(もしくは相当量)
冷蔵 ・パラフィン切片を7枚ずつ1.5mLチューブに入れて送付してください。
・ブロック検体は受付できません。
・10%中性緩衝ホルマリンにて24時間以内の固定標本を推奨します。
・作製から2年以内の標本を推奨します。
・マイクロダイセクションには対応できません。
組織 25mg程度 冷凍 ・検体は3~5mm角片に刻んでください。
・総量が200mg以下となるようにしてください。
・採取後速やかに耐凍チューブなどに入れ、-80℃で保存してください。
・壊死部分を除去してください。がん検体の場合は、できるだけ正常部位を除去してください。
培養細胞 1×106 cells以上 冷凍 ・細胞ペレットでご提供ください。
・採取後速やかに耐凍チューブなどに入れ、-80℃で保存してください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
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※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。