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qBiomarker Copy Number PCR Array受託解析

概要

qBiomarker Copy Number PCR Arraysによるコピー数多型解析を行う受託解析サービスです。qBiomarker Copy Number PCR Arrayは、シグナル伝達あるいは疾病と関連するゲノム遺伝子座パネルでコピー数を測定するようにデザインされています。これらのアレイは、生殖細胞でのコピー数変化（コピー数多型、またはCNV）または後天性のコピー数変化（コピー数異常、またはCNA）のどちらでも検出できます。ゲノム遺伝子座は、Database of Genomic Variants（DGV）などの広範に精選されたデータベースおよび臨床または機能的な適合性や出現頻度に基づいた文献レビューから選択されています。

特長

各qBiomarker Copy Number PCR Arrayは、パスウェイや疾病に関連するGOI/ROIの厳密に選択したセットに対応するqBiomarker Copy Number PCR Arraysで構成されています。統計的解析を用いて、コピー数コールの精度を高めるため、各アッセイは4 replicateでセットされています。すべてのqBiomarker Copy Number PCR Assayは独自のゲノム領域内に設定されています。マルチコピーリファレンスアッセイであるqBiomarker Multicopy Reference Copy Number PCR Assay (Mref) は、各アレイに含まれています。リファレンスアッセイはヒトゲノムに40回以上存在する安定した配列を認識し、そのコピー数は局在的なゲノム変化の影響を受けないか、最小限の影響しか受けません。テスト中にこのリファレンスアッセイを含めることにより、ΔΔCT法を使用することが可能であり、特定のターゲットに対してコピー数のコールあるいは相対的なコピー数変化のコールを正確に行えます。（fig.1）

qBiomarker Copy Number PCR Array のラインナップ

　　　　　

Product	Catarogue No.
ｑBiomarker Copy Number PCR Array Human Kinase & Phosphatases	VAHS-0001Z
qBiomarker Copy Number PCR Array Human WNT Signaling Pathway	VAHS-0002Z
qBiomarker Copy Number PCR Array Human Gastric Cancer	VAHS-0052Z
qBiomarker Copy Number PCR Array Human Glioma	VAHS-0053Z
qBiomarker Copy Number PCR Array Human Pancreatic Cancer	VAHS-0054Z
qBiomarker Copy Number PCR Array Human Breast Cancer	VAHS-0055Z
qBiomarker Copy Number PCR Array Human Lung Cancer	VAHS-0056Z
qBiomarker Copy Number PCR Array Human Ovarian Cancer	VAHS-0057Z
qBiomarker Copy Number PCR Array Human Prostate Cancer	VAHS-0058Z
qBiomarker Copy Number PCR Array Human Alzheimer’s Disease	VAHS-0502Z
qBiomarker Copy Number PCR Array Human Intellectual Disability	VAHS-0503Z
qBiomarker Copy Number PCR Array Human Schizophrenia	VAHS-0504Z
Biomarker Copy Number PCR Array Human Birth Defects	VAHS-0510Z
qBiomarker Copy Number PCR Array Human Autism Spectrum Disorders	VAHS-3501Z

解析の流れ

1. 組織や細胞からのtotalRNA抽出
   QCシートとともに、totalRNA、組織、細胞などをご送付頂きます。
   組織や細胞をご送付いただく場合は、フィルジェン社にてtotalRNAを抽出致します。（オプション）
2. サンプル品質チェック及び濃度測定
   ゲノムDNAサンプルを分光光度計により、濃度測定します。
3. サンプルの調整
   サンプルの調整を行います。
4. リアルタイムPCR反応
   ご指定のqBiomarker Copy Number PCR Arrayを用いて、「Applied Biosystems 7500リアルタイムPCRシステム」により、リアルタイムPCR反応を行います。
5. データ解析
   QIAGEN社製データ解析テンプレート（英語表記のみ）を使用し、得られたCt値をスプレットシートにコピー&ペーストすることで、コピー数が決定されます。

解析データのご報告
データ解析結果を、CD-ROMに収めて、ご報告いたします。
納期は、PCRアレイキット入手及び、サンプル到着後、15～20営業日程度です。
＊ PCRアレイキット納期（通常3～4週間程度）・解析サンプル数・オプション作業の追加などにより、標準納期に加え、お時間を頂戴する場合があります。詳しくはお問い合わせください。

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サンプルのご準備

	ご送付量	状態
組織	10～25mg	ペレット液体窒素凍結
細胞	1×106～5×106	ペレット液体窒素凍結
血液	＞8.5mL	PAXgene DNA採血管
全血	＞200μL	冷凍（-20℃以下）
ゲノムDNA	＞1.5μg（min.0.4μg）＞10μg/μL	Nuclease-free Water O.D.260/O.D.280=1.8～2.0

＊DNA抽出（オプション）をご希望の場合は、「DNA/RNA抽出精製受託サービス」のページをご参照ください。