オンラインデータ解析サーバにログインし実際にコマンドを打ちながら、実践環境でバイオインフォマティクスのトレーニングを行います。
| Linux入門 | 学習目的 | 多くの解析の基盤となるLinux操作技術を、バイオインフォマティクスに必要十分なレベルで習得 |
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| 講義内容 | Windows, Macとは異なるOSのディレクトリ構造の理解、テキストファイル加工、ソフトウェアインストールなど | |
| R入門 | 学習目的 | バイオインフォマティクス業界で頻繁に使われる統計ソフト Rの操作技術習得 |
| 講義内容 | Rの基本的な操作方法、作図、解析目的に応じた公開パッケージのインストール・使用方法など | |
| Python入門 | 学習目的 | バイオインフォマティクスに最適化したPythonプログラミングの基本を習得 |
| 講義内容 | Python3系によるプログラミングの基礎知識から、モジュールのインポート、簡単な自作プログラムのコーディングまで | |
| シェルスクリプト 入門 |
学習目的 | Linux環境を用いた解析の代表的自動化手法であるシェルスクリプトの基本を習得 |
| 講義内容 | シェルスクリプトの基礎知識から、FastQCなどの解析コマンド自動化スクリプト作成まで |
| RNA-seq解析 | 学習目的 | RNA-seq解析による発現変動遺伝子の検出、二群間比較の習得 |
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| 講義内容 | 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、QCからGO・パスウェイエンリッチメント解析までの実践的な実習 | |
| シングルセル RNA-seq解析 【Seurat】 |
学習目的 | Seuratを用いたシングルセルRNA-seq解析技術を習得 |
| 講義内容 | 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、クラスタリングやマーカー遺伝子探索とセルタイプ同定などの実践的な実習 | |
| シングルセル RNA-seq解析 発展 |
学習目的 | シングルセルRNA-seq解析の擬似系譜解析とvelocity解析を習得 |
| 講義内容 | 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、疑似系譜解析・RNA velocity解析の実践的な実習 | |
| がん変異解析 | 学習目的 | ゲノム医療におけるスタンダードな解析手法の習得 |
| 講義内容 | 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、体細胞変異検出からoncoplot等を用いた変異情報の可視化までの実践的な実習 | |
| 遺伝性変異解析 | 学習目的 | WGS・WESの遺伝性変異解析による遺伝子変異・多型解析技術の習得 |
| 講義内容 | 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、germline変異の検出・フィルタリング・アノテーションなどの実践的な実習 | |
| マイクロアレイを 用いた 発現解析 |
学習目的 | Rによるマイクロアレイを用いた発現解析技術の習得 |
| 講義内容 | 公開データを用いたオープンソースソフトウエアによる、アレイデータの正規化、発現変動解析、クラスタリング、ヒートマップ作図などの実践的な実習 | |
| ゲノムワイド 関連解析 （GWAS） |
学習目的 | case, controlのSNPアレイデータを用いたゲノムワイド関連解析（GWAS）技術の習得 |
| 講義内容 | 公開データを用いたPLINK、Rによる、case-control関連解析やアノテーション、層別解析などの実践的な実習 | |
| メタゲノム解析 | 学習目的 | QIIME2を用いたメタゲノム解析技術を習得 |
| 講義内容 | 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、系統樹作成やTaxon分類、多様性解析などの実践的な実習 | |
| ATAC-seq解析 | 学習目的 | ATAC-seq解析技術の習得 |
| 講義内容 | 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、QCからピークアノテーション、モチーフ探索までの実践的な実習 | |
| ChIP-seq解析 | 学習目的 | ChIP-seq解析技術の習得 |
| 講義内容 | 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、QCからピークアノテーション、モチーフ探索までの実践的な実習 | |
| CUT&RUN-seq解析 | 学習目的 | CUT&RUN-seq解析技術の習得 |
| 講義内容 | 公開シーケンスデータを用いたオープンソースソフトウエアによる、QCからピークアノテーション、モチーフ探索までの実践的な実習 |
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