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フィルジェン / Arraystar(アレイスター)

tRNA-Seq 受託解析サービス

tRNA用に最適化した修飾除去及びsmall RNAシークエンシングを統合させた最先端のtRNA-Seq法を開発し、tRNA研究を支援します。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > RNA-Seq解析・TruSeq(微量)トランスクリプトーム解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > 次世代シークエンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > 次世代データマイニング

サービスについて

概要

転移RNA(Transfer RNA:tRNA)は、small non-coding RNAの中で最も豊富であり、至る所に存在しています。細胞増殖、分化、アポトーシスなどの過程では、tRNAレベルの変動を伴います。tRNAレパトアの変化は、細胞の発生における細胞運命の選択に影響します(fig.1)。tRNAレパトアの調節不全は、腫瘍形成及びがんの進展を促進する可能性があります。さらに、2型糖尿病、ハンチントン病、HIV感染などの様々な疾患において、tRNA分布の崩壊が示されています。こうしたことから、tRNAレパトアの研究は、ヒト疾患の研究にとって重要となっています。
tRNAは、非常に多くの、また様々な翻訳後修飾を受けますが、これらはtRNAの安定性やフォールディングなどに必須です。ペプチド合成におけるアミノ酸の担体であることから、tRNAはアミノ酸を有している必要があります。tRNAのアミノアシル化末端および内部修飾は、tRNA-Seqライブラリー調整時のアダプターライゲーション及び逆転写を阻害します。ArrayStar社は、tRNA用に最適化した修飾除去及びsmall RNAシークエンシングを統合させた最先端のtRNA-Seq法を開発し、tRNA研究を支援します。

特長

  • tRNAの末端及び内部修飾の効率的な除去によるtRNA-Seq精度の向上
  • 最適化されたtRNAシークエンス法
  • 信頼性の高いデータベースに基づく包括的なtRNAトランスクリプトームリファレンス
  • tRNAアノテーション及びバイオインフォマティクス解析

サービス内容

ご送付頂いたRNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)、次世代シークエンス及びバイオインフォマティクス解析を実施いたします。バイオインフォマティクス解析では、tRNAの発現プロファイリングや発現変動tRNA解析などを行います。これらの作業は、フィルジェン海外提携先であるArrayStar社にて実施されます。

[ワークフロー]
  1. RNAのQCチェック
  2. tRNAの前処理
  3. ライブラリー作製及びQCチェック
  4. illuminaプラットフォームによるシークエンス
  5. データ出力及びバイオインフォマティクス解析
  6. プロジェクトレポートの作成

[バイオインフォマティクス解析]
  • シークエンスデータのQCチェック
  • tRNAリファレンスデータベースへのアライメント
  • tRNAの同定及びアノテーション
  • tRNAの発現プロファイリング(fig.2
  • tRNAの発現変動解析(fig.3
  • 発現変動tRNAの解析・プロット作成: 階層的クラスターヒートマップ、スキャッタープロット、ヴォルケノプロット
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納品物

  • サンプルQCレポート
  • FASTQ形式のシークエンスデータ
  • バイオインフォマティクス解析データ
  • プロジェクトレポート
  • 次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア「CLC Genomics Workbench」の2週間試用ライセンス
* USB等の記録メディアにて納品します。 ページ先頭へ戻る

サンプル条件

サンプルタイプ 濃度 28S:18S rRNA
ピークスコア
O.D.260/280 O.D.260/230 ゲルイメージ
推奨量 最少量
Total RNA 5μg以上 2μg以上 20ng/μL以上 2:1 >1.8 >1.8 視認可能な28Sおよび18S rRNAバンド;
28S:18S濃度比が~2

  1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
  2. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
  3. Total RNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
  4. DNase処理を行うことを強く推奨いたします。
  5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。(UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多くのRNAを準備してください。)
  6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。

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ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス内容 対応生物種 サンプル数 価格 納期 Cat.#
tRNA-Seq受託解析サービス Human/Mouse/Rat 2以上 お問い合わせ お問い合わせ F-AS-tRNAseq-(サンプル数)
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関連サイト

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※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。