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株式会社薬研社

ID: J01612
ID: J01612
タカラバイオ / タカラバイオ

新型コロナウイルスゲノム配列解析

新型コロナウイルスの配列を網羅的に解析


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > Whole Genome解析(全ゲノム解析)

サービスについて

特長

  • ウイルスゲノム全長をマルチプレックスPCRで増幅
  • 次世代シーケンサーを用いて網羅的に配列を取得
  • ウイルス型判別ツールのマニュアルをご用意

概要

昨今世界中で猛威を振るっている新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)はゲノム配列により複数の型に大別されることが知られています。タカラバイオでは、研究分野で培ってきた先端的な次世代シーケンサー解析の技術を活かし、PCR検査では同定できない新型コロナウイルスの型判別のための網羅的配列取得を行います。

サービス内容

提供RNAについて、国立感染症研究所実施のプロトコールに準拠したマルチプレックスPCR法1)によりウイルスゲノム領域を特異的に増幅し、次世代シーケンサーMiSeqを用いて、ウイルスゲノム全長に由来する配列を取得します。

  • 作業の流れfig.1
    * マッピング~変異解析はオプションとなります。
  • 情報解析
    本サービスから得られたシーケンス結果は、新型コロナウイルス解析用の専用サイトを利用することにより、無償にて配列決定が可能です。変異コールやアセンブリ等の各種ソフトウェアも充実しておりますので、お問合せください。
    変異コールによる配列決定:Cutadaptソフトウェアを用いてアダプター配列および低品質なリードの除去を実施した後に、BWAソフトウェアにより参照配列(NM908947)にアラインメントを行います。その後、SAMtoolsのmpileupを使用して、参照配列と異なる塩基変異候補を検出します。2) 3)その他、アセンブリ法での解析方法4)も紹介されております。
  • 参考文献
    1. A proposal of an alternative primer for the ARTIC Network’s multiplex PCR to improve coverage of SARS-CoV-2 genome sequencing.
      Kentaro Itokawa, Tsuyoshi Sekizuka, Masanori Hashino, Rina Tanaka, Makoto Kuroda. bioRxiv 2020 March 10.
    2. Genomic Epidemiology of SARS-CoV-2 in Guangdong Province, China.
      Jing Lu et al. Cell. 2020 May 28;181(5):997-1003.e9.
    3. An amplicon-based sequencing framework for accurately measuring intrahost virus diversity using PrimalSeq and iVar.
      Nathan D Grubaugh et al. Genome Biol. 2019 Jan 8;20(1):8.
    4. Viral and host factors related to the clinical outcome of COVID-19.
      Xiaonan Zhang et al. Nature. 2020 Jul;583(7816):437-440.

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 変異候補の抽出結果、マッピング結果等

受入サンプル

RNAサンプル 10ng/μL以上のものを10μL以上

ご注意事項

  • 本サービスは研究目的として作業を行い、検査目的で実施するものではありません。
  • 送付サンプルに起因するシグナル検出不能の場合は、責任を負いかねますのであらかじめご了承ください。
  • ヒト生体試料の解析にあたり、インフォームド・コンセントを受けたものであること、個人情報が特定できないよう匿名化されているものに限らせていただきます。
    詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
  • お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヶ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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関連サイト



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※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
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※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。