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株式会社薬研社

ID: J01741
ID: J01741
生物技研 / 生物技研

細菌叢解析(ロングリード)

PacBio Sequel lleのHiFiリードを用いると、種レベルや株レベルの細菌叢解析が可能です。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ロングリード シーケンス (1分子シーケンス)】 > 一分子リアルタイムDNAシーケンス
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > 16S-rRNA アンプリコン解析(細菌叢解析)
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > メタゲノム解析・メタトランスクリプトーム解析

サービスについて

概要

ショートリードを用いた従来法では、属レベルの細菌叢解析が限界でした。一方、PacBio Sequel lleのHiFiリードを用いると、種レベルや株レベルの細菌叢解析が可能です。

サービス内容

  • Strain ID
    16S rRNA+ITS+23S rRNAの約2,500bpを解析します
  • Complete V1-V9
    16S rRNAのほぼ全長(約1,500bp)を解析します
? 全部「Strain IDプラン」で解析したらいいのでは?

「Strain IDプラン」は、変異が大きいITSも解析対象となるので、株レベルでの識別が可能です。ただし、16S rRNAと23S rRNAがリンクしていない(1,500bp以上離れている)バクテリアは解析できません。環境サンプルでは、10~40%程度の種が解析できない可能性があり、「Complete V1-V9プラン」のほうが網羅的に解析できます。ヒトのマイクロバイオームは「Strain IDプラン」での解析で問題ありません。

作業内容

  • 送付DNAの品質確認
    蛍光法による2本鎖DNAの定量および電気泳動による断片長の確認を行います
  • シーケンスライブラリー作製
    Shoreline Complete StrainID Kit または Shoreline Complete V1-V9 Kit (Shoreline Biome)をもちいます
  • シーケンシング解析
    PacBio Sequel lleを用いてHiFiリードを取得します
  • 系統解析
    SBAnalyzerを用いて、Athenaデータベースを使用して系統推定します

ご提供サンプル

抽出DNA
濃度1ng/μL以上で液量20μL以上、かつ2.5kb以上のDNA断片が確認できていること

納品物

以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。

  • 報告書
  • シーケンス生データ(fastq形式)
  • 系統解析結果
  • DDBJのデータベース登録に必要なデータ

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

製品カタログ・リーフレット

参考価格・納期

サービス項目 プラン 取得リード数 価格(税抜) 納期
細菌叢解析(ロングリード) Strain ID 3万リード程度 ¥70,000/サンプル 30営業日
Complete V1-V9

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。