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生物技研 / 生物技研 ID: J01741

ロングアンプリコン解析（PacBio Sequel） ID: J01741

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PacBio Revio / Sequel IIeを用いると、数kb までの長いアンプリコンを解析することができます。

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サービスについて

サービス内容

プラン 説明 得リード数 (税抜） 納期
16S rRNA V1-V9
（原核生物が対象）
＊Strain IDプランとComplete V1-V9プランは終了しました
（ライブラリー調製キットが販売終了のため）。		 16S rRNAのV1-V9領域（約1,500 bp）を解析します 3万リード程度 1～7サンプル：40,000円/サンプル
8～23サンプル：35,000円/サンプル
24サンプル以上：30,000円/サンプル
 30営業日
18S rRNA Long
（真核生物が対象）		 18S rRNAのほぼ全長（約1,800 bp）を解析します
Fungi ITS Long
（真菌が対象） 		ITS1領域とITS2領域を含む（約1,600 bp）を解析します
カスタムロングアンプリコン 多様な配列の解析を目的とし、任意の領域（1 kb～数 kbまで）を解析したい場合に適しています。 3万リード程度 1～7サンプル：70,000円/サンプル
8～23サンプル：60,000円/サンプル
24サンプル以上：50,000円/サンプル
 プライマー合成完了後、PCR条件検討
20営業日
＋
解析
30営業日
＋初期費用
●プライマー合成（＊1）
20,000円/プライマー
●PCR条件検討（＊2）
100,000円/プライマー

＊1　5’末端にAmino Modifier C6修飾プライマーを合成する必要があるため、プライマー合成費用が初期費用としてかかります。プライマー配列をご指定ください。プライマー設計からのご相談も承っています。
＊2　ご指定のプライマー（NGS用のタグは付加されていないプライマーでOK）で対象領域が増幅できることを確認済であり、PCR反応条件の情報をご提供いただける場合、PCR条件検討費用は不要です。
条件検討についての注意事項は、生物技研HP「3.よくある質問」のQ2とQ3をご覧ください。

作業内容

  • 送付DNAの品質確認
    蛍光法による2本鎖DNAの定量および電気泳動による断片長の確認を行います。
  • シーケンスライブラリー作製
    PCR法でライブラリーを作製します。
  • シーケンシング解析
    PacBio Revio または Sequel IIeを用いてHiFiリードを取得します。
  • データ解析（系統解析を行います）
    ＜系統解析に用いるデータベース＞
    細菌16S rRNAの解析の場合：MIrROR
    18Ｓ rRNA：SILVA
    Fungi ITS：UNITE
    その他（virus等含む）の場合：NCBI
  • データ解析は以下に変更可能です
    ・データ解析不要（-￥500/サンプル）
    ・カスタム多型解析（￥0）：各アレルのリード数をエクセル形式で納品します。
    ・変異点解析（メーカーHPのオプションをご参照ください）

ご提供サンプル

抽出DNA
濃度1ng/μL以上で液量20μL以上、かつ対象領域の長さ以上のDNA断片が確認できていること。
  • カスタムロングアンプリコンをご依頼の方
    　PCR条件をご提供いただく場合・・・そのPCR条件で2-3回調製可能なDNA量を送付ください。
    　PCR条件検討をご依頼いただく場合・・・多めに（可能であれば濃度5 ng/ul以上で液量40 ul以上）ご送付ください。

    • 納品物

    以下のデータをダウンロード形式で納品します。
    但し、データ量が4GBを超える場合は、記録媒体での納品に変更させていただきます。

    • 報告書
    • シーケンス生データ（fastq形式）
    • 系統解析結果
    • DDBJのデータベース登録に必要なデータ

    ご注文に関して

    お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

    製品カタログ・リーフレット
    PacBioを用いたロングアンプリコン解析のパンフレット

    参考価格・納期

    サービス項目 価格（税抜） 納期
    ロングアンプリコン解析（PacBio Sequel） 上記、サービス内容をご確認ください 上記、サービス内容をご確認ください
    オプション（DNA抽出＆データ解析）
    項目 備考 価格（税抜） 追加納期
    DNA抽出 試料を送付いただき、生物技研社でDNA抽出を行います。 1～2サンプル：￥10,000/サンプル
    3～7サンプル：￥24,000/式
    8サンプル～：￥3,000/サンプル    		 5営業日
    群間比較解析
    ＊細菌16Sのみ対応    		 LEfSeを使って比較する群間の違いと相関を示す微生物群の抽出やある現象の原因微生物の探索を行います。 ￥30,000/解析
    ＊比較パターンが複数ある場合は、追加1パターンごと￥10,000    		 なし
    多様性解析 Qiime2のdiversityプラグインを用いて、レアファクション解析（chao1やshannonなど）と主座標分析（PCoA）を行います。 ￥10,000/解析 なし
    多様性解析の統計解析 ベータ多様性はPERMANOVAで検定し、アルファ多様性はKruskal-Wallisで検定します。 ￥20,000/解析 なし
    機能予測解析
    ＊細菌16Sのみ対応    		 PICRUSt2を用いて、菌叢解析結果を特定の機能（酵素・KEGG ID・代謝パスウェイ）へと紐づける予測を行います。サンプルのグループ分けをご指示いただくことで、グループ単位での比較が可能です。 ￥30,000/解析 なし
    機能予測解析の統計解析
    ＊細菌16Sのみ対応    		 STAMPを用いて、比較するグループ間で機能予測解析結果に有意な差がみられるかを検定します。 ￥30,000/解析
    ＊比較パターンが複数ある場合は、追加1パターンごと￥10,000    		 なし
    変異点解析 参照配列に対して変異箇所を同定します（vcf形式）。 ￥5,000/サンプル なし
    変異点解析（サンプル間の変異解析） 各サンプルの変異箇所を統合して比較します。 ￥10,000/参照配列 なし

    関連サイト

    • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
    • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
    • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
    • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
    • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
    • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
    • ※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
    • ※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
    • ※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。

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