スクリーニングや遺伝子－分子間相互作用の解析に
| ID列 | 変動値 |
|---|---|
| GeneSymbol | LOG2FC |
| AKL1 | 5.508781082 |
| BRCA1 | 0.777907232 |
| BRCA2 | -1.492586033 | ・・・ | ・・・ |
＊ 量的データがlog2FCと異なる場合、解析可能か当社にて判断する必要がございますので、事前にお問い合わせください。
受け入れ可能ID一覧表| 対応ID | 記載例 |
|---|---|
| Affymetrix | D26439_at |
| Affymetrix SNP ID (＊1) | SNP_A-1507322 |
| Affymetrix Transcript Cluster ID (Exon Arrays) (＊2) | 3758318 |
| Agilent | A_68_P33008885 |
| Applied Biosystems | 124112 |
| CAS Registry Number | 50-28-2 |
| Codelink | GE102183 |
| db SNP (＊3) | rs12345678 |
| Ensemble | 11287 |
| Entrez Gene (Locus Link) | ENSG00000169710 |
| Expr Fold Change | - |
| Expr Log Ratio | - |
| Genbank | AK025375 |
| Gene symbol - Mouse (Entrez Gene) | BRCA1 |
| Gene symbol - Rat (Entrez Gene) | BRCA1 |
| Gene symbol - Human (Hugo/HGNC, Entrez Gene) | CYP3A5 |
| Genpept | BAC36826 |
| GI Number | 6225801 |
| Human Metabolome Database (HMDB) | HMDB10075 |
| Illumina (＊4) | GI_31543715 or NM_010603 |
| International Protein Index | IP100123456 |
| Kegg | C11476 |
| miRBase ID-Sanger (＊5) | MIMAT0003214 |
| PubChem CID | 5757 |
| RefSeq | NM_010603 |
| UCSC (hg18) | uc001mng |
| UCSC (hg19) | uc010fth |
| Unigene | Hs.111680 |
| UniProt/Swiss-Prot | P08908 |
＊1 Affymetrix SNP ID は Affymetrix によって供給されたデータに基づきIPAソフト内でEntrez Gene ID およびIngenuity Geneのアノテーションが付与されます。Affymetrix SNP ID の多くは複数のIngenuity Geneのアノテーションが付与されます。IPAの解析で使用されるのは単一Ingenuity Geneが付与されたAffymetrix SNP ID のみです。
＊2 Affymetrix Exon、Gene 1.0ST Array の Transcript Cluster ID レベルの情報に対応しています。
ただし、Core Transcript Cluster ID レベルのみに対応します。IPA は Gene と完全一致したデータの解析のみ サポートしているため Extended、Full Transcript Cluster ID には対応しません。
＊3 SNP はIPAソフト内で遺伝子をコードする、もしくはコード領域の上流 2 kb /下流 0.5 kb 以内にある遺伝子がアノテーションされ、解析に使用されます。
＊4 Illumina Probe ID の整数フォーマット(例 12345)をもつものは、複数の生物間で同じ数値を用いているものが あるため、IPA ではサポートしていません。GI Number、RefSeq ID を使用することをおすすめします。 Illumina のアレイのうち、2006 年 12 月以前の古いものが整数のフォーマットとなっていますが、新しいアレイは ILMN_で始 まる ID を使用しているため、問題ございません。
＊5 microRNA ID として mature form(MIMAT###のフォーマット)が安定した ID であるため、こちらを使用するこ とをおすすめします。miRNA 名(mmu-miR-483、hsa-miR-483)も ID として使用可能ですが、これらの名称は変更 されることがあるため使用をおすすめしません。いくつかの miRNA アレイはmiRNA名のみがアノテーションとして提供されているため、その場合には miRNA 名を IDとして使用してください。
| ID列 | 定量値 （ex. カウント値） |
|---|---|
| GeneSymbol | カウント値 |
| AKL1 | 45 |
| BRCA1 | 3 |
| BRCA2 | 10 |
| ・・・ | ・・・ |
| 種別 | 受入可能な値 |
|---|---|
| RNA-seqデータ | カウント値 |
| マイクロアレイデータ | お問い合わせ |
| ATAC-seq / ChIP-seqデータ | お問い合わせ |
| DNAメチル化アレイデータ （Infinium® Methylation Array） | お問い合わせ |
| WGBS / RRBS データ | お問い合わせ |
| プロテオームデータ | お問い合わせ |
| メタボロームデータ | お問い合わせ |
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| サービス項目 | 価格（税抜） | 納期 |
|---|---|---|
| IPAパスウェイ解析 群比較データ受入プラン | お問い合わせ | データ受領より10営業日 |
| IPAパスウェイ解析 定量値データ受入プラン | お問い合わせ | データ受領より20営業日程度 |
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