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株式会社薬研社

ID: J01554
ID: J01554
レリクサ / レリクサ

IPAパスウェイ解析受託解析サービス

スクリーニングや遺伝子-分子間相互作用の解析に


カテゴリ
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サービスについて



IPA(Ingenuity® Pathway Analysis)とは

マイクロアレイ・RNA-seq・プロテオーム・メタボロームなど様々な形式のデータから既知のパスウェイ・上流因子・毒性/疾患との関連を探索するためのソフトウェアです。Ph.D.エキスパートが精査した論文の知見をベースに、データに関わる化合物・疾病・毒性・生物学的機能・パスウェイを検索し、詳細な働きや関わる分子を可視化します。

* パスウェイとは、生体内での遺伝子・タンパク質・その他の化合物等の分子間相互作用を「経路」として表現したものです。IPAは世界最大規模のパスウェイデータベースを蓄積しています。

【IPA独自の機能】

  • 関連する文献をスクリーニングし、変動値に基づくマッチ率を算出fig.1
    自身の解析データとパターンの近似している既知の文献をスクリーニングすることによって、分野横断的に知見を抽出することができます。予想外の疾患や遺伝子における研究と自身の解析データとの結びつきを推定することにより、研究ストラテジーのブラッシュアップ、新たなステージへの研究展開に寄与します。
  • 上流調整因⼦候補の探索fig.2
    遺伝子群を調節する生体内因子(転写調節因子・生体内タンパク質など)および外的要因因子(薬剤・化学物質など)を抽出します。
  • パスウェイ・機能/疾患・上流調整因⼦の活性予測fig.3
    遺伝子発現の変化によってどのような機能が亢進/低下しているかなど、遺伝子群を調節する上流調節因子や、遺伝子発現の変化によってもたらされる生物学的な機能/疾患の制御の方向性・程度を予測します。

特長

  • 1ヶ月間の読み取り専用ライセンス付与
    お客様自身でIPAを利用し、可視化されたFigureデータを確認いただけます(論文利用可能)。
  • 短納期(最短5営業日)
    変動値データの受領から最短5営業日で解析結果とIPA読み取り専用ライセンスを納品します。
  • 専門研究員による無料の事前相談
    ご研究に関する情報をヒアリングし、IPA解析が有効であるか否かディスカッションいたします。

サービスプラン

  • 群比較データ受入プラン
    群間比較後の変動値を示すデータをお送りいただき、IPAパスウェイ解析を実施します。
  • 定量値データ受入プラン
    定量値を示す表データをお送りいただき、IPAパスウェイ解析を実施します。
Figureデータダウンロードオプション
→読み取り専用ライセンスで閲覧できるFigureデータをpngファイルでの納品致します。

解析例(fig.4)~(fig.8

Read Only Licenseにて閲覧頂けるFigure(画像)データについては、オプション料金(¥20,000/1データ(税抜)|上限3データまで)にてpngファイルを納品することができます。

納品物

  • 解析結果 .xlsxファイル
  • IPA読み取り専用ライセンス

【解析データの内容】
  • Canonical Pathway
    インプットデータと既知のパスウェイを比較し、p-value の低いパスウェイを抽出します。
  • Upstream Analysis
    インプットデータとその上流の調節因子を探索し、当該因子の発現変動をデータセットの遺伝子発現 変動から予測します。
  • Casual Networks
    インプットされた遺伝子群の上流にあるマスター調節因子の探索や、マスター調節因子が疾患や生物学的機能に与える影響を解析します。
  • Disease&Function
    インプットデータとIPAが独自に構築したオントロジーとの関連性を解析します。
  • Regulator Effects
    インプットデータの上流因子 がインプットデータの分子を介して機能や疾患といった表現形にどのような影響を与えるかを予測します。
  • Tox Functions
    インプットデータとIPAが独自に構築した毒性のオントロジーとの関連性を示します。
  • Networks
    インプットデータとIPAが独自に構築した疾患および生物学的意義のオントロジーを構成する遺伝子のネットワーク(パスウェイ)を比較し、p-valueの低いパスウェイを抽出します。
  • Analysis Match
    過去の文献との関連度を解析します。関連度の高い文献で使用されたサンプルの組織や疾患名、GEOのURL等を得ることができます。
  • Tox Lists
    インプットデータとIPAに登録されたTox Listとの関連性を示します。

受入データ

(1)群比較データ受入プラン
ID列およびLOG変換した変動値をカラムとしたExcelファイルまたはCSVファイルをご送付ください。

【受入れデータ例(RNA-seqデータ,マイクロアレイデータの場合)】

ID列変動値
GeneSymbolLOG2FC
AKL15.508781082
BRCA10.777907232
BRCA2 -1.492586033
・・・・・・

* 量的データがlog2FCと異なる場合、解析可能か当社にて判断する必要がございますので、事前にお問い合わせください。

受け入れ可能ID一覧表

対応ID記載例
AffymetrixD26439_at
Affymetrix SNP ID (*1)SNP_A-1507322
Affymetrix Transcript Cluster ID (Exon Arrays) (*2)3758318
AgilentA_68_P33008885
Applied Biosystems124112
CAS Registry Number50-28-2
CodelinkGE102183
db SNP (*3)rs12345678
Ensemble11287
Entrez Gene (Locus Link)ENSG00000169710
Expr Fold Change -
Expr Log Ratio-
GenbankAK025375
Gene symbol - Mouse (Entrez Gene)BRCA1
Gene symbol - Rat (Entrez Gene)BRCA1
Gene symbol - Human (Hugo/HGNC, Entrez Gene)CYP3A5
GenpeptBAC36826
GI Number6225801
Human Metabolome Database (HMDB)HMDB10075
Illumina (*4)GI_31543715 or NM_010603
International Protein IndexIP100123456
KeggC11476
miRBase ID-Sanger (*5)MIMAT0003214
PubChem CID5757
RefSeqNM_010603
UCSC (hg18)uc001mng
UCSC (hg19)uc010fth
UnigeneHs.111680
UniProt/Swiss-ProtP08908

*1 Affymetrix SNP ID は Affymetrix によって供給されたデータに基づきIPAソフト内でEntrez Gene ID およびIngenuity Geneのアノテーションが付与されます。Affymetrix SNP ID の多くは複数のIngenuity Geneのアノテーションが付与されます。IPAの解析で使用されるのは単一Ingenuity Geneが付与されたAffymetrix SNP ID のみです。

*2 Affymetrix Exon、Gene 1.0ST Array の Transcript Cluster ID レベルの情報に対応しています。
ただし、Core Transcript Cluster ID レベルのみに対応します。IPA は Gene と完全一致したデータの解析のみ サポートしているため Extended、Full Transcript Cluster ID には対応しません。

*3 SNP はIPAソフト内で遺伝子をコードする、もしくはコード領域の上流 2 kb /下流 0.5 kb 以内にある遺伝子がアノテーションされ、解析に使用されます。

*4 Illumina Probe ID の整数フォーマット(例 12345)をもつものは、複数の生物間で同じ数値を用いているものが あるため、IPA ではサポートしていません。GI Number、RefSeq ID を使用することをおすすめします。 Illumina のアレイのうち、2006 年 12 月以前の古いものが整数のフォーマットとなっていますが、新しいアレイは ILMN_で始 まる ID を使用しているため、問題ございません。

*5 microRNA ID として mature form(MIMAT###のフォーマット)が安定した ID であるため、こちらを使用するこ とをおすすめします。miRNA 名(mmu-miR-483、hsa-miR-483)も ID として使用可能ですが、これらの名称は変更 されることがあるため使用をおすすめしません。いくつかの miRNA アレイはmiRNA名のみがアノテーションとして提供されているため、その場合には miRNA 名を IDとして使用してください。

(2)定量値データ受入プラン

【受入れデータ例(RNA-seqデータ,マイクロアレイデータの場合)】

ID列定量値 (ex. カウント値)
GeneSymbolカウント値
AKL145
BRCA13
BRCA210
・・・・・・

受入れデータ例

種別受入可能な値
RNA-seqデータカウント値
マイクロアレイデータお問い合わせ
ATAC-seq / ChIP-seqデータお問い合わせ
DNAメチル化アレイデータ (Infinium® Methylation Array)お問い合わせ
WGBS / RRBS データお問い合わせ
プロテオームデータお問い合わせ
メタボロームデータお問い合わせ

よくあるご質問

Q:読取り専用ライセンスは複数のユーザーで利用できますか?
A :1ライセンスにつき1ユーザー(1アカウント)のみ登録が可能です。1アカウントにつきログイン可能なPCは最大3台までとなります。

Q:受け入れデータ量の制限はありますか?
A:IPA解析に利用できるCSV, Excelファイルの行数上限は15万行までとなります。

Q:変動値データと定量値データの違いは何ですか?
A: 変動値データとは、サンプル群間で有意差のある変動値(Log2FCの値など)を指します。定量値データとは、サンプルごとに得られた遺伝子やタンパク質、代謝産物の量的データを指します。定量値データ受け入れプランにてご依頼頂いた場合は、お客様にご相談の上、閾値を設定し、変動値をレリクサ社で算出した後にIPA解析を実施いたします。

Q:N数やサンプル数で価格は変わりますか?
A:2群1比較ごとの価格となりますので、N数や総サンプル数によらず価格は変わりません。

ご注文に関して

以下のファイルをご利用の上、お問い合わせフォーム からご送付ください。


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
IPAパスウェイ解析 群比較データ受入プラン お問い合わせ データ受領より10営業日
IPAパスウェイ解析 定量値データ受入プラン お問い合わせ データ受領より20営業日程度

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。