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株式会社薬研社

ID: J01643
ID: J01643
フィルジェン / Novogene

lncRNA-Seq 受託解析サービス

lncRNAの発現解析は、治療に対する反応の予測、予後、疾病の診断のための新しいバイオマーカーとして有用です。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス用ライブラリー作製
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > Long Non-Coding RNA-seq解析

サービスについて

概要

タンパク質をコードしない、200nts以上の長さのRNAを、long non-coding(lnc)RNAと呼びます。lncRNAは、哺乳動物系におけるX染色体不活性化、インプリンティング、多能性のメンテナンス、系列決定およびアポトーシスなどの細胞プロセスに重要な役割を果たしています。
lncRNAの発現解析は、治療に対する反応の予測、予後、疾病の診断のための新しいバイオマーカーとして有用です。(fig.1)(fig.2

サービス仕様

使用機種 illumina Novaseq6000
ライブラリー種類 PE150
シークエンス量 10Gb, 15Gb
作業内容 サンプルQCチェック、ライブラリー作製、シークエンス作業、バイオインフォマティクス解析(オプション)
納品データ(標準) HDD/USB(NTFSフォーマット)にて、以下のデータを納品
・シークエンスデータ(.fastq)
・解析データ(.bam, .gff, .xls, .txt)
・解析レポート(.pdf, .html)
* 解析データおよびレポートは、バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合に納品。
最低注文数 2サンプル

* 本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。
  やむを得ない理由でキャンセルする場合は、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。
  QC結果やライブラリー作製などの問題で、再度サンプルをお送りする場合は別途送料(海外)をご請求させて頂きます。
* QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
* 保証量は、お申し込みいただいたシークエンス量の98%となります。

データ解析

  • パイプライン(fig.3
  • 標準データ解析例(fig.4
    標準データ解析レポート(HTML形式のレポート)には、実験手順、シークエンスデータのクオリティー情報、lncRNAのフィルタリング、lncRNA発現解析、lncRNAターゲット予測、lncRNA標的遺伝子の機能分析などの結果がまとめられています。

サンプル条件

サンプルタイプ Amount
(Qubit®
液量 濃度 RIN(Agilent2100) 純度
(NanoDrop
Total RNA
(Animal)
≧3μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6.5
smooth base line
O.D.260/280: ≧2.0
O.D.260/230: ≧2.0
no degradation
no contamination
Total RNA
(Plant and Fungus)
≧3μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6
smooth base line
Exosome RNA ≧40ng ≧10μL - Fragments distributing
between 25~200nt
(by high sensitive Agilent 2100 Bioanalyzer),
FU>10, with no peak>2000nt

  1. 電気泳動写真の添付を推奨します。
    *電気泳動は、次の条件を推奨します。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
  2. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
  3. TotalRNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
  4. DNase処理を行うことを強く推奨します。
  5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
    * UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いRNAを準備してください。
  6. スピンカラムにより、Total RNA抽出や精製をすると、microRNAやsmallRNAが除去される可能性がありますので、使用するキットの仕様を必ず確認してください。
  7. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 数量 価格(税抜) 納期 Cat.#
lncRNA-Seq 受託解析サービス
(10G raw data/sample)
1サンプル以上 お問い合わせ 約1.5ヶ月間 F-Novo-LRS10-(サンプル数)
lncRNA-Seq 受託解析サービス
(15G raw data/sample)
F-Novo-LRS15-(サンプル数)
lncRNA-Seq 受託解析サービス
(10G raw data/sample)
バイオインフォマティクス解析付
約2~2.5ヶ月間 F-Novo-LRS10D-(サンプル数)
lncRNA-Seq 受託解析サービス
(15G raw data/sample)
バイオインフォマティクス解析付
F-Novo-LRS15D-(サンプル数)

*納期は、QCチェック合格後の日数です。
*年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数を頂く場合がございます事、予めご了承ください。


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。