サービス仕様
ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）は、Tn5トランスポザーゼを
使用する事で、ゲノムワイドなクロマチンアクセシビリティの評価を可能にします。
また、Tn5トランスポザーゼは露出したオープンクロマチンを切断し、その後の増幅および配列決定のため
にアダプターを連結します。
活性調節領域（プロモーター、エンハンサー、活発に転写される遺伝子）の研究に使用され、遺伝子調節に
関与するエピジェネティックなメカニズムを明らかにします。
細胞の運命の変化、さまざまな治療条件における特定の疾患の発症に関与する転写因子の研究にご利用いた
だけます。
プロモーター・エンハンサー・インシュレーターが結合するオープンクロマチン領域を選択的に検出し、遺
伝子転写調節機構の解析方法として広く注目を浴びています。
特長
- 少数の細胞からオープンクロマチン部位の解析が可能
- 抗体を使用しない手法
- ChIP-seqと比較して低コスト
- ダイアジェノード製カスタム Tagmentaseを使用＊
＊ダイアジェノード製 Tagmentaseは、E. coliから独自技術を用いて精製。E. coli DNAのコンタミネーショ
ンが一切なく洗練された解析結果を提供可能
NGS解析、バイオインフォマティクス及びメチローム、RNA-seqを含むマルチオミクスのモデリングにおけ
る豊富な経験を基にサービスを提供します。
ATAC-seq 解析の流れ
Step 1：核の単離とtagmentation
- 核単離条件の最適化
- 核の単離
- 核溶解
- タグメンテーション消化
Step 2: ライブラリー調製
- ライブラリー増幅
- ライブラリー精製
- ATAC-seqライブラリーの品質管理
- ライブラリープーリング
Step 3: シーケンシング（Illumina社プラットフォーム使用）
・オープンクロマチンマッピング実施の場合、ペアエンド 50 bp、1サンプル当たり平均40 M リード取得
バイオインフォマティクス解析
多彩な追加解析オプションを取り揃えています。
スタンダード解析（提供データに含まれます）
リファレンスゲノムへのアラインメント、オープンクロマチン領域同定
アドバンス解析
- オープンクロマチン領域の示差解析
- 示差遺伝子のアノテーション
- 主成分分析
- GO解析
- パスウェイ解析
- ヌクレオソームポジショニング
- 転写因子結合部位のモチーフ解析 など
解析のカスタマイズ：マルチオミクス解析など、上記にない解析法をご希望の場合はお気軽にご相談ください。
