マイクロアレイ受託解析サービス：CGH法による解析 ID: J00524

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Agilent社のCGHアレイを用いた解析サービスです。FFPE サンプルでの実績もあります。

カテゴリ

サービスについて

概要

お客様のご用意されたリファレンスを用いてゲノム上のヌクレオチド構造のバリエーション（CNVやIndel等）を検証します。（ご希望により、マクロジェンでリファレンスDNAを提供可能です）。設計したプローブ密度により、推奨する製品が異なります。また、データ分析を通じて視覚的にわかりやすいゲノムとクロモゾームビューワーが提供されます。
カスタムのCGH解析もご要望に応じて提供可能です。

アレイの特徴

	Agilent
対応可能な種	Human、Mouse、Rat
使用するアレイ	SurPrint 各種、G3、HDマイクロアレイ
特長	高解像度（50～70mer)、高感度のCGH / CNVチップを使用します。ヒト以外の種の CGH / CNV チップも対応可能です。（カスタム） FFPE サンプルを用いたCGH解析の実績もあります。

解析内容

CGH分析（fig.1）
・ADM-2 を用いた CNV セグメントレポート
・その他セグメントアルゴリズム（DNA copy（CBS）、HMM 等）
・GC波長の相関解析
・CNV領域の定義とサマリー
・CNV領域群集解析
・ゲノム多型データベース（DGV）によるマッピング

カスタム解析（fig.2）
・プロッティングの追加、アノテーション等

fig.1 CGH分析

fig.2 カスタム解析

ご送付いただくDNAサンプルのQC基準

プラットフォーム	サンプルタイプ	QC 条件					その他
プラットフォーム	サンプルタイプ	純度（A260/280）	純度（A260/230）	濃度（ng/μL）	容量（μL）	総量（μg）	その他
Agilent	ゲノムDNA	>1.5	>1.0	>70ng/μL	>20μL	>1.4μg	分解・増幅がないこと
Affymetrix
illumina

ご注文に関して

お問い合わせフォームよりお問い合わせください。

参考価格・納期

＊解析を含まないサービスのご注文の際は、品番末尾に「W」を入れて下さい（例： MAG-0012W）

プラットフォーム			最低注文サンプル数	価格（税抜）		品番（＊）
プラットフォーム			最低注文サンプル数	解析含む	解析含まない	品番（＊）
Agilent CGH	Human	SurePrint G3 Human Genome CGH Microarray 1 x 1M	1	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0012
		SurePrint G3 Human Genome CGH Micorarray 2 x 400k	2	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0013
		SurePrint G3 Human Genome CGH Microarray 4 x 180k	4	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0014
		SurePrint G3 Human Genome CGH Microarray 8 x 60k	8	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0015
		SurePrint G3 CGH+SNP Microarray 2x400K	2	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0106
		SurePrint G3 ISCA CGH+SNP Microarray 4x180K	4	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0107
		SurePrint G3 ISCA CGH Microarray 8x60K	8	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0108
illumina SNP/CGH	Human	Human Omni2.5-8 v1.1	32	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0016
		Human Omni2.5Exome-8 v1.1	16	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0017
		Human Omni5-Quad	16	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0018
		Human Omni5 Exome	16	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0019
		Human OmniZhongHua-8 v1.0	16	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0020
		Human OmniExpress-24 v1.0	48	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0021
		Human OmniExpressExome V1.2	16	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0022
		Human Exome v1.2	24	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0023
		HumanCore v1.0	24	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0024
		HumanCoreExome-24 v1.0	48	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0025
		Multi-Ethnic GWAS and Exome Array (MEGA)	16	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0026
		OncoArray-500K v1.0	48	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0027
		OmniZhongHua-8 v1.3	16	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0109
		Multi-Ethnic Global-8 v1.0	16	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0110
		Multi-Ethnic EUR/EAS/SAS-8 v1.0	16	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0111
		Multi-Ethnic AMR/AFR-8 v1.0	16	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0112
		Infinium QC Array-24 V1.0	48	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0113
		ImmunoArray-24 v2.0	48	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0114
		Infinium? Neuro Consortium Array	288	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0115
		Global Screening Array + Multi Diseases	24	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0116
		HumanPsychArray-24 v1.0	48	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0028
	Bovine	BovineSNP50 v2.0	48	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0029
		BovineLD v1.1	48	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0030
		Infinium? BovineLD v2.0	48	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0117
		BovineHD	16	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0031
	Canine	CanineHD	24	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0032
	Porcine	PorcineSNP60 v2	48	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0033
	Ovine	OvineSNP50	24	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0034
	Goat	GoatSNP50	48	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0035
	Maize	MaizeSNP50	48	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0036
	Potato	PotatoSNP80	24	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0037
	Soy bean	BARCSoySNP6k V2	192	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0119
	Tomato	TomatoSNP	24	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0038
	Tomato	SolCAP Tomato array	48	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0118
illumina CNV	Human	HumanCytoSNP-850K	8	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0039
		HumanCytoSNP-12 v2.1	12	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0040
		HumanCytoSNP FFPE-12 v2.1	12	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0041
Affymetrix CNV	Human	OncoScan^™ FFPE Assay Kit Array and Reagent Kit Bundle	24	お問い合わせ	お問い合わせ	MAG-0045

サンプルが Macrogen 社に到着しサンプル QC 完了後の標準納期は下記になります。

メーカー	標準納期
メーカー	解析含む	解析含まない
Agilent 社	2.5週間	2週間
Affymetrix 社	2.5週間	2週間
illumina 社	2.5週間	2週間

＊繁忙期にチップの在庫がない場合は上記よりも長く納期がかかります。

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