特長
- 凍結組織からの高感度空間トランスクリプトーム解析
- Broad Instituteで開発されたSlide-seq v2（Curio Seeker）（＊1）がベース技術
- シングルセルレベルの解像度で解析可能
- polyAを持つ全トランスクリプトームが解析対象
- 様々な真核生物で解析可能
＊1 原理の詳細は
使用文献・参考文献をご参照ください。
概要
組織中の形態学的位置情報を保持したまま遺伝子発現解析が可能な
Curio Seeker Spatial Transcriptomics Kit（Curio Seekerキット）を用いて空間トランスクリプトーム解析を行います。polyAを持つmRNAを解析対象とするため、様々な真核生物における全トランスクリプトームが解析可能です。このアッセイは次世代シーケンサー以外の特別な装置を必要としないため、Curio Seekerキットを購入いただき、お客様ご自身で作製いただいた切片スライドグラスやライブラリーを送付いただくことで、途中工程から依頼いただくことも可能です。
サービス内容
凍結組織などを提供いただき、位置情報バーコードおよびmRNAキャプチャー配列を持つビーズ（直径10μm）が敷き詰められたTile Slide上に、凍結組織切片を配置する事で、組織中のmRNAをビーズで捕捉し空間位置情報を含むcDNAライブラリーを調製します。イルミナ社シーケンサー（NovaSeq）でシーケンスし、得られたデータとビーズ位置情報を専用ソフトで解析することで、高感度な空間遺伝子発現マップを構築します。（
fig.1）（
fig.2）（
fig.3）
＊ Curio Seeker Spatial Transcriptomics Kitを事前にご購入いただきます。
＊ スライド作製等の一部作業は病理会社へ委託する可能性があります。
Curio Seekerバイオインフォマティクスパイプライン結果には、クラスタリング結果、UMAP（次元削減）結果、空間マップ（
fig.1 A：マウス海馬、3 mm×3 mmタイル、B：マウス全脳、10 mm×10 mmタイル）等が含まれます。
