Arraystar / フィルジェン ID: J01797

CircRNA Arrays 受託解析サービス ID: J01797

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ベストセラーであるLncRNAマイクロアレイをはじめ、CircRNAマイクロアレイ、T-UCRマイクロアレイ、piRNAマイクロアレイの受託サービスを提供

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サービスについて

概要

Circular RNA Microarrayは、調節的機能を有すると考えられている新規long non-coding RNA - circular RNAの発現を体系的にプロファイルします。Linear RNAに対する相補性、ヌクレアーゼに対する安定性、miRNAによる分解への抵抗性、そして多数のmiRNA結合部位により、いくつかのcircRNAは遺伝子発現において極めて効果的な天然のmiRNAスポンジとして認識されており、また、豊富に発現していることが見出されてきています。その細胞特異的発現および長い半減期は、新規バイオマーカーとしての優れた利点を示しています。Arraystar CircRNA Arrayは、この新らたに注目されている分野のnon-coding RNAを最も効果的にプロファイルおよび解析、探索するためのサービスです。

特長

高感度かつ特異的にcircular RNAをプロファイリングする実用的なプラットフォーム
CircRNA発現を確実にプロファイリング： Circular junction-specificプローブの採用、linear RNAの除去
Circular junction-specificプローブの採用により、相対するlinear RNAの存在下でも、個々のcircRNAを確実かつ正確に同定します（fig.1）。また、RNase R処理によりlinear RNAを分解することでcircular RNAを回収します。
（fig.1）
Arraystar circRNA Microarray V2.0は、相対するlinear RNA存在下でも各circRNAを正確かつ確実に検出できる様、circular junction specific probeを使用しています。
下部に示されているlinear RNAは、上部の環状バリアントを産生するために選択的プロセッシングがなされます。プローブは、エクソンAの5’末端とエクソンBの3’末端が結合するcircRNA特異的ジャンクション部位を標的とする様に設計されています。
CircRNAに関する詳細なアノテーション： miRNA結合部位やmiRSVRスコア、保存状態など
Circular RNA上にあるmiRNAの潜在的な標的部位に関するアノテーションは、circRNAの有するmiRNAスポンジ機能の解明に貢献します（fig.2）。

fig.1 CircRNA発現を確実にプロファイリング

fig.2 Circular RNAとmiRNA間の関連性は、詳細にアノテーションされます。

RNA-Seqよりも優れたプロファイリング
Circular RNAの以下の特徴から、現在のRNA-Seqよりも好ましい選択肢であると考えられています。（fig.3）
・Circular RNAは、linear RNAと比して発現レベルが低い
・RNA-Seqにおけるcircular junctionのリードは少量
・RNA-Seqによる再現性ある発現変動解析には、数百リードが必要

ArraystarのcircRNAマイクロアレイでは、circular junction-specific probeとRNase処理によるlinear RNAの除去により、細胞当たりの1転写産物レベルの感度で、circular RNAを特異的に回収します（fig.4）。これらは現在、実用的かつ成熟したcircular RNAプロファイリングの技術となっています。

fig.3 RNA-Seqによる定量の信頼性 vs リード深度典型的なRNA-SeqのmRNAに対する深度は＜300万リードですが（青丸）、この場合のcircular junctionリードは＜50万です（赤丸）。確実に定量されるcircular junctionは5％以下です。

fig.4 circular junction specific probeとRNase R 前処理による、circular RNA の回収

保証されたパフォーマンス：広いダイナミックレンジ、高い再現性

データベース

Human

総プローブ数	13,617
プローブ長	60 nt
プローブの選択領域	circRNA-specific junctionを標的とするプローブ
プローブの特異性	転写物特異的
ラベリング方法	ランダムプライマー標識とRNase Rサンプル前処理を組み合わせた、CircRNAの特異的かつ効率的な標識
Circular RNAソース	Salzman’s circRNAs[4]：　8,529 Memczak’s circRNAs[3]：　1,601 Zhang’s circRNAs[6]：　93 Zhang’s circRNAs[5]：　4,980 Jeck’s circRNAs[2]：　3,769 Guo’s circRNAs[1]：　5,536
アレイフォーマット	8x15K

Mouse

総プローブ数	14,236
プローブ長	60 nt
プローブの選択領域	circRNA-specific junctionを標的とするプローブ
プローブの特異性	転写物特異的
ラベリング方法	ランダムプライマー標識とRNase Rサンプル前処理を組み合わせた、CircRNAの特異的かつ効率的な標識
Circular RNAソース	Memczak’s circRNAs：　1,750 Guo’s circRNAs[1]：　570 You’s circRNAs[7]：　13,300
アレイフォーマット	8x15K

Rat

総プローブ数	14,145
プローブ長	60 nt
プローブの選択領域	circRNA-specific junction を標的とするプローブ
プローブの特異性	転写物特異的
ラベリング方法	ランダムプライマー標識とRNase Rサンプル前処理を組み合わせた、CircRNAの特異的かつ効率的な標識
Circular RNAソース	You Xintian’s circRNAs［7］：　12,298 Mouse circRNA orthologs：　1,668 Human circRNA orthologs：　179
アレイフォーマット	8x15K

各データベースに関する参考文献
1. Guo, J. U., V. Agarwal, et al. (2014). "Expand identification and characterization of mammalian circular RNAs." Genome Biol 15(7): 409.
2. Jeck, W. R., J. A. Sorrentino, et al. (2013). "Circular RNAs are abundant, conserved, and associated with ALU repeats." RNA 19(2): 141-157.
3. Memczak, S., M. Jens, et al. (2013). "Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency." Nature 495(7441): 333-338.
4. Salzman, J., R. E. Chen, et al. (2013). "Cell-type specific features of circular RNA expression." PloS Genet 9(9): e1003777.
5. Zhang, X.O., H. B. Wang, et al. (2014). "Complementary sequence-mediated exon circularization." Cell 159(1): 134-147.
6. Zhang, Y., X. O. Zhang, et al. (2013). "Circular intronic long noncoding RNAs." Mol Cell 51(6): 792-806.
7. You X., I. Vlatkovic, et al. (2015). "Neural circular RNAs are derived from synaptic genes and regulated by development and plasticity." Nat Neurosci 18(4): 603-610.

ワークフロー

Arraystarは、サンプル調整からデータ解析まで、circular RNA Microarrayプロファイリングのフルサービスを提供します。段階的な品質管理は、信頼できる結果の取得を確かなものとする様にデザインされています。お客様にはサンプルをご提供いただくだけです。サンプルのご準備については、Sample Submission Guideline をご参照ください。

　・RNA 品質チェック（QC）
　・total RNAの純度と濃度の決定
　・total RNAの整合性評価
　・RNase R処理
　・cDNA合成
　・ラベリング
　・アレイハイブリダイゼーション、洗浄、スキャンニング
　・データ抽出、解析、要約
　・合理化・最適化されたラベリングパイプライン

バイオインフォマティクス

CircRNA-miRNA関連性の詳細なアノテーション（fig.5）
CircRNAには、miRNAの潜在的な標的部位情報がアノテーションされるため、そのmiRNAスポンジとしての機能の解明に有益です。
発現変動circRNA（fig.6）
発現変動circRNAは、変化の規模および統計的有意差（p-value）によって選択されます（これは、ボルケノプトットで可視化できます）。発現様式は、階層型クラスター分析ヒートマップによって表示されます。

fig.5 Circular RNAおよびそれと関連するmiRNAの詳細なアノテーション

fig.6 発現変動circRNAにおける、複数のmicroRNAとの結合性およびMRE（microRNA Response Element）の詳細

参考文献

2018公開分

解析の流れと必要サンプル量

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製品カタログ・リーフレット

メーカーカタログ

参考価格・納期

アレイ名	生物種	内容	サンプル数	価格（税抜）	Cat.#
Circular RNA Microarray 受託解析サービス	ヒト	13,617 circular RNAs 8×15K	1サンプルから受付	￥150,000	F-AS-CIRH-（サンプル数）
	マウス	14,236 circular RNAs 8×15K			F-AS-CIRM-（サンプル数）
	ラット	14,236 circular RNAs 8×15K			F-AS-CIRR-（サンプル数）

＊ 1サンプルの解析料金です。海外提携先への送料が別途必要となります。

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