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株式会社薬研社

ID: J01797
ID: J01797
フィルジェン / Arraystar

CircRNA Arrays 受託解析サービス

ベストセラーであるLncRNAマイクロアレイをはじめ、CircRNAマイクロアレイ、T-UCRマイクロアレイ、piRNAマイクロアレイの受託サービスを提供


カテゴリ
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > アンチセンスRNAアレイ
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > 遺伝子発現解析・網羅遺伝子解析
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > small RNA・miRNA発現解析

サービスについて

概要

Circular RNA Microarray は、調節的機能を有すると考えられている新規 long non-coding RNA - circular RNA の発現を体系的にプロファイルします。Linear RNAに対する相補性、ヌクレアーゼに対する安定性、miRNAによる分解への抵抗性、そして多数の miRNA 結合部位により、いくつかの circRNA は遺伝子発現において極めて効果的な天然の miRNA スポンジとして認識されており、また、豊富に発現していることが見出されてきています。その細胞特異的発現および長い半減期は、新規バイオマーカーとしての優れた利点を示しています。Arraystar CircRNA Array は、この新らたに注目されている分野の non-coding RNA を最も効果的にプロファイルおよび解析、探索するためのサービスです。

特長

データベース

Human
総プローブ数 13,617
プローブ長 60 nt
プローブの選択領域 circRNA-specific junction を標的とするプローブ
プローブの特異性 転写物特異的
ラベリング方法 ランダムプライマー標識とRNase R サンプル前処理を組み合わせた、CircRNAの特異的かつ効率的な標識
Circular RNA ソース Salzman’s circRNAs[4]: 8,529
Memczak’s circRNAs[3]: 1,601
Zhang’s circRNAs[6]: 93
Zhang’s circRNAs[5]: 4,980
Jeck’s circRNAs[2]: 3,769
Guo’s circRNAs[1]: 5,536
アレイフォーマット 8x15K

Mouse
総プローブ数 14,236
プローブ長 60 nt
プローブの選択領域 circRNA-specific junction を標的とするプローブ
プローブの特異性 転写物特異的
ラベリング方法 ランダムプライマー標識とRNase R サンプル前処理を組み合わせた、CircRNAの特異的かつ効率的な標識
Circular RNA ソース Memczak’s circRNAs: 1,750
Guo’s circRNAs[1]: 570
You’s circRNAs[7]: 13,300
アレイフォーマット 8x15K
Rat
総プローブ数 14,145
プローブ長 60 nt
プローブの選択領域 circRNA-specific junction を標的とするプローブ
プローブの特異性 転写物特異的
ラベリング方法 ランダムプライマー標識とRNase R サンプル前処理を組み合わせた、CircRNAの特異的かつ効率的な標識
Circular RNA ソース You Xintian’s circRNAs[7]: 12,298
Mouse circRNA orthologs: 1,668
Human circRNA orthologs: 179
アレイフォーマット 8x15K

各データベースに関する参考文献
1. Guo, J. U., V. Agarwal, et al. (2014). "Expand identification and characterization of mammalian circular RNAs." Genome Biol 15(7): 409.
2. Jeck, W. R., J. A. Sorrentino, et al. (2013). "Circular RNAs are abundant, conserved, and associated with ALU repeats." RNA 19(2): 141-157.
3. Memczak, S., M. Jens, et al. (2013). "Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency." Nature 495(7441): 333-338.
4. Salzman, J., R. E. Chen, et al. (2013). "Cell-type specific features of circular RNA expression." PloS Genet 9(9): e1003777.
5. Zhang, X.O., H. B. Wang, et al. (2014). "Complementary sequence-mediated exon circularization." Cell 159(1): 134-147.
6. Zhang, Y., X. O. Zhang, et al. (2013). "Circular intronic long noncoding RNAs." Mol Cell 51(6): 792-806.
7. You X., I. Vlatkovic, et al. (2015). "Neural circular RNAs are derived from synaptic genes and regulated by development and plasticity." Nat Neurosci 18(4): 603-610.

ワークフロー

Arraystarは、サンプル調整からデータ解析まで、circular RNA Microarrayプロファイリングのフルサービスを提供します。段階的な品質管理は、信頼できる結果の取得を確かなものとする様にデザインされています。お客様にはサンプルをご提供いただくだけです。サンプルのご準備については、Sample Submission Guideline をご参照ください。

 ・RNA 品質チェック(QC)
 ・total RNA の純度と濃度の決定
 ・total RNA の整合性評価
 ・RNase R 処理
 ・cDNA 合成
 ・ラベリング
 ・アレイハイブリダイゼーション、洗浄、スキャンニング
 ・データ抽出、解析、要約
 ・合理化・最適化されたラベリングパイプライン

バイオインフォマティクス

  • CircRNA-miRNA関連性の詳細なアノテーションfig.5
    CircRNAには、miRNAの潜在的な標的部位情報がアノテーションされるため、そのmiRNAスポンジとしての機能の解明に有益です。
  • 発現変動circRNAfig.6
    発現変動circRNAは、変化の規模および統計的有意差(p-value)によって選択されます(これは、ボルケノプトットで可視化できます)。発現様式は、階層型クラスター分析ヒートマップによって表示されます。

参考文献

2018公開分

解析の流れと必要サンプル量

解析の流れと必要サンプル量をご参照ください。

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製品カタログ・リーフレット

参考価格・納期

アレイ名 生物種 内容 サンプル数 価格(税抜) Cat.#
Circular RNA Microarray
受託解析サービス
ヒト 13,617 circular RNAs
8×15K
1サンプルから受付 ¥110,000 F-AS-CIRH-(サンプル数)
マウス 14,236 circular RNAs
8×15K
F-AS-CIRM-(サンプル数)
ラット 14,236 circular RNAs
8×15K
F-AS-CIRR-(サンプル数)

* 1サンプルの解析料金です。海外提携先への送料が別途必要となります。


関連サイト



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