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ID: E01495
フィルジェン / DiaCarta(ダイアカルタ)

リキッドバイオプシー用OptiSeqTM がんパネル解析サービス

遺伝子変異の超高感度検出を可能にすることで、シークエンシング深度を最大100倍まで縮小し、コストと解析時間を大幅に削減


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > クリニカルシーケンス
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サービスについて

概要

OptiSeqTM NGSプラットフォームは、遺伝子変異の超高感度検出を可能にすることで、シークエンシング深度を最大100倍まで縮小し、コストと解析時間を大幅に削減します。本プラットフォームは野生型のテンプレートのみにハイブリダイズする独自のXNAテクノロジーを使用しており、変異型のみが増殖され、配列決定されます。
OptiSeqTM プラットフォームで行われる500シークエンスリードは、本プラットフォームを使用しない場合の50,000リードに相当します。

XNA分子クランプテクノロジーとは

XNA、いわゆるゼノ核酸は、ワトソンークリック塩基対により標的DNAにハイブリダイズでき、さらに修飾されて化学骨格を有する革新的な新規核酸分子オリゴマーです。XNAオリゴマーは、標的となる正常なDNAへのハイブリダイズに非常に有効で、qPCRの分子クランプとして、または核酸標的配列の検出のための高度に特異的な分子プローブとして使用されています。XNAは、100%相補的な野生型配列に強く結合し、DNA伸長からDNAポリメラーゼを阻害します。XNA-変異型DNAの二本鎖の場合は、ミスマッチとなり不安定な構造となるため、PCR反応時に鋳型鎖から脱落し、変異型標的配列のみが増幅されます。(fig.1
XNA分子クランプアッセイは、リキッドバイオプシーサンプルに対して非常に好感度です。検出限界(LOD)は5ngのctDNAを使用して0.1%(7,8コピーの変異型DNA)に達することがあり、これは2mLの血液サンプルに相当します。
また、循環性腫瘍細胞(CTC)の存在は、複数のがんにおける低い生存率と関連していることが判明しており、CTC閾値を好ましくないレベル(≧5CTC/7.8mLの血液)から好ましいレベル(<5CTC/7.5mLの血液)に下げることで生存率が向上するため、血中のCTC数は、がんの治療反応の予測因子として使用することができます。このことから、XNAテクノロジーは、がんの変異を発見し、がん治療のために有用な情報を集める効果的な手段になる可能性を持っています。
がんの精密医学においては、成長経路や腫瘍抑制遺伝子などのがんドライバー変異を見つけえることで、これらの変異が事なる種類のがんの早期発症に寄与することが一般に知られており、重要となっています。これらの変異の検出は、早期がん検出に不可欠なだけでなく、付随する診断ツールとしてのがん治療のための戦略を提供するためにも不可欠です。

特長

  • 超高感度:0.1%以下の変異検出能力
  • サンプルフォーマット:血液サンプル(cfDNA、ctDNAなど)に反応
  • 素早い解析スピード:サンプル調整からレポートまで、7~10日程度の合理化されたワークフロー
  • 正確:変異対立遺伝子のリード強化によるエラーの減少
  • 高い再現性:独自技術のXNAテクノロジーにより、ばらつきを最小化
  • 高い費用対効果:リード深度を100倍削減することで実現

OptiSeq遺伝子リスト(65遺伝子)

ABL1 AKT1 ALK APC ATM BRAF BRCA1
BRCA2 CDH1 CDKN2A CSF1R CTNNB1 DDR2 DNMT3A
EGFR ERBB2 ERBB3 ERBB4 EZH2 FBXW7 FGFR1
FGFR2 FGFR3 FLT3 FOXL2 GNA11 GNAQ GNAS
HNF1A HRAS IDH1 IDH2 JAK2 JAK3 KDR
KIT KRAS MAP2K1 MET MLH1 MPL MSH6
MTOR NF1 NF2 NOTCH1 NPM1 NRAS PDGFRA
PIK3CA PIK3R1 PTCH1 PTEN PTPN11 RB1 RET
SMAD4 SMARCB1 SMO SRC STK11 TERT TP53
TSC1 VHL - - - - -

サービスに関するサポートデータ

【PCRアンプリコンの融解プロファイル】
OptiSeqTM は、XNAテクノロジーを採用種ることで、胚珠用サンプルからKRASコドン12変異アレルを主に濃縮し、高分解能融解プロファイルの単一ピークで示されるように純粋な変異型OCRアンプリコンをもたらします(左側)。
一方で、XNAテクノロジーを使用しない従来のNGSのPCRでは、プロファイル内の変異アレルシグナルが不明瞭になります(右側)。(fig.2

【BRAF V600変異の高感度検出】
rare変異およびactionabie変異をディプシークエンスなしに検出化のです。OptiSeqTM は、全血中のctDNAからBRAF V600E変異を迅速に、正確にそして効率よく検出します。5%、11%および0.1%の変異体DNAの検出レベルが示されています。(fig.3

【バックグラウンドノイズの減少】
ctDNA変異部分からくるデータは、変異DNAシグナル’(点線上の逆三角形)から分離された野生型DNA(点線下の黒丸)からの高いバックグラウンドノイズを示しています。
変異型DNAの場合、変異型DNA鋳型配列のみが配列決定 / 分析されます。(OptiSeq500リード=XNAテクノロジーなしの5万リード)
野生型の場合、野生型アレルは解析されないため、時間が短縮されますが、それでも高品質のリード深度が得られます。(fig.4

ご依頼方法とサービスの流れ

  1. お見積り
    ご希望されるサンプル数をお知らせください。本サービスは、3サンプルから受注受付となっております。
    ご依頼いただいた内容を基に、お見積りをご案内します。
  2. ご注文およびサンプル送付
    フィルジェン社宛にサンプル、サンプルチェックシートおよび免責事項同意書をお送りください。
    ご送付いただいた内容物をフィルジェン社で確認し、フィルジェン社から業務提携先へサンプルを送付します。
  3. 解析作業の実施(海外提携先)(fig.5
  4. 納品
    解析終了後、CD / DVD-ROM、USBなどにより、納品いたします。なお、納品物は、プロジェクトに依存して変更される場合があります。

    【納品物】
    本サービスは、サンプル調整から解析までがフルパッケージとなっております。基本的には簡易レポートまではクリニカルレポートの形式で納品いたします。ただし、ご依頼がある場合は生データのご提供が可能です。(FastQ形式のシークエンスデータおよびVCF形式の解析データ)
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ご注文に関して

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製品カタログ・リーフレット

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参考価格・納期

サービス項目 生物種 価格 納期 Cat.#
OptiSeqTM Pan-Cance Panel Service(65-Gene) ヒト(全血) お問い合わせ お問い合わせ F-DC-OPT-(サンプル数)

* 本サービスは、最低3サンプルからの受注受付となります。本サービスでは、サンプル調整からデータ解析までがすべて含まれています。
  また、上記の料金は、解析サービスのみの金額となります。サンプル輸送費および記録メディア費は別途発生します。

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関連サイト

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※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。