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株式会社薬研社

ID: J01679
ID: J01679
Cancer Precision Medicine(キャンサープレシジョンメディシン) / Cancer Precision Medicine:CPM

リキッドバイオプシー

血液を用いて、がん遺伝子パネル解析やデジタルPCRを用いた解析を行います。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス用ライブラリー作製
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > クリニカルシーケンス

サービスについて

概要

血液等の体液を用いて診断や治療法の選択や治療効果の予測等を行う手法をリキッドバイオプシーといい、従来の組織生検に比べて体に負担をかけることなく、くり返し行うことができる解析として近年注目されています。CPMの「リキッドバイオプシー」では、血液を用いて、がん遺伝子パネル解析やデジタルPCRを用いた解析を行います。組織生検では採取したがんの情報しか得られないのに対し、リキッドバイオプシーでは全身での遺伝子変異をリアルタイムに把握することができます。

特長

  • 日本国内完結型の受託解析サービス
  • Ion GeneStudio S5 Prime SystemおよびTruSight Oncology(TSO)500パネルをプラットフォームとした次世代シーケンス解析
  • デジタルPCRを用いた低価格で高感度のモニタリング
  • 非侵襲性でリアルタイムな遺伝子変異検出

Oncomine Pan-Cancerパネル


ご提供いただいたサンプル(血漿もしくは血液)より、がん組織から遊離したDNA/RNA(cell-free DNA/RNA;cTNA)*を用い、がん遺伝子パネルOncomine Pan-Cancer Cell-Free Assay(Thermo Fisher Scientific)を用いて遺伝子変異を検出します。
* サンプルが血漿の場合はcfTNA、血液の場合はcfDNAのみ

核酸抽出 ・血液サンプルから血漿を分離後、核酸(血漿の場合はcfTNA、血液の場合はcfDNA)を抽出し、
 品質を確認します。
ライブラリー作製 ・がん遺伝子パネルOncomine Pan-Cancer Cell-Free Assay(Thermo Fisher Scientific)を用いて
 シーケンスライブラリーを作製します。
シーケンシング ・次世代シーケンサーIon GeneStudio S5 Prime System(Thermo Fisher Scientific)を用いて、
 塩基配列を取得します。
データ解析 ・取得した塩基配列を用いて、遺伝子変異情報を解析します。
標的遺伝子
900以上の変異箇所(ホットスポット、挿入・欠失等)やがん抑制遺伝子を含む全52遺伝子

ホットスポット遺伝子
(1塩基変異,短い挿入・欠失)
がん抑制
遺伝子
コピー数
変異遺伝子
融合遺伝子 METエキソン
14スキッピング変異
AKT1 FGFR3 MTOR APC CCND1 ALK MET
ALK FGFR4 NRAS FBXW7 CCND2 BRAF
AR FLT3 NTRK1 PTEN CCND3 ERG
ARAF GNA11 NTRK3 TP53 CDK4 ETV1
BRAF GNAQ PDGFRA CDK6 FGFR1
CHEK2 GNAS PIK3CA EGFR FGFR2
CTNNB1 HRAS RAF1 ERBB2 FGFR3
DDR2 IDH1 RET FGFR1 MET
EGFR IDH2 ROS1 FGFR2 NTRK1
ERBB2 KIT SF3B1 FGFR3 NTRK3
ERBB3 KRAS SMAD4 MET RET
ESR1 MAP2K1 SMO MYC ROS1
FGFR1 MAP2K2
FGFR2 MET
サンプルが「血液」の場合、検出可能な遺伝子変異 cfRNAを用いて検出
サンプルが「血漿」の場合、検出可能な遺伝子変異
 解析の利用例
  • がん治療効果のモニタリング
  • がん再発の早期検出
  • がんの遺伝子変異情報に基づいた薬剤情報の取得 等

バフィーコートを用いた偽陽性確認
血漿や血液を用いたパネル解析では、クローン性造血(CHIP: clonal hematopoiesis of indeterminate potential)に由来する変異も、がん由来の遺伝子変異と同様に検出される場合があります(偽陽性)。バフィーコートを用いて同様にパネル解析を実施することで、検出された変異がクローン性造血に由来する変異である可能性を確認することができます。偽陽性確認をご希望の場合は、同一症例のバフィーコートによる解析を別途ご依頼ください。

TSO500パネル


TruSight Oncology(TSO)500 ctDNAパネルを用いたリキッドバイオプシーでは、血液検体から523遺伝子を対象にした包括的ゲノムプロファイリングを行うことができます。血漿中のセルフリーDNAを抽出し、次世代シーケンサーNovaSeq6000システムを用いて、1塩基変異(SNV)、挿入・欠失(Indel)、コピー数多型(CNV)および融合遺伝子(Fusion gene)を解析し、腫瘍免疫バイオマーカーとなるマイクロサテライト不安定性(MSI)および腫瘍変異負荷(TMB)の測定を行います。さらに、DRAGEN TSO 500 ctDNA Analysis Softwareにより、データ解析およびレポート作成を迅速に行います。

主要ガイドラインや臨床試験に準じたバイオマーカーを含んでいるため、個々のバイオマーカー解析を複数実施することなく、さまざまながん種に関連する523遺伝子および腫瘍免疫バイオマーカーを包括的に解析することができます。

* TSO500パネルでは、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織などの腫瘍検体を用いた解析も可能です。
* 詳細はお問い合わせください。

デジタルPCR法

ご提供いただいたサンプル(血漿もしくは血液)より抽出したcfDNAを用い、デジタルPCR(Droplet Digital PCR:ddPCR)により対象の遺伝子変異を検出します。対象の遺伝子変異については、お問い合わせください。

核酸抽出 ・血液サンプルから血漿を分離後、核酸(cfDNA)を抽出し、品質を確認します。
ddPCR ・任意の遺伝子変異に対応したプロープを用いて、QX200 Droplet Digital PCR System(Bio-Rad Laboratories)
 によるddPCRを実施します。
データ解析 ・ddPCRの結果を解析して標的となる遺伝子変異の有無を判定します。

ご提供いただくサンプル

以下の条件を満たさない場合や、ウイルス等による感染性が疑われるサンプルの場合は事前にご相談ください。CPM社にて品質確認を実施し、品質を満たさない場合はご連絡いたします。

             
解析項目 材料 必要量 保存容器 保存方法 備考
Oncomine Pan-Cancerパネル 血漿(*) 5 mL×2本 5 mLチューブ -80℃
バフィーコート(*) 血漿分離時に採取した全量 2 mLチューブ -80℃ 偽陽性確認用
cfTNA/DNA 液量 22.5 µL以上、
濃度 2.0 ng/µL以上
(核酸量 45 ng以上)
1.5~2 mL
低吸着チューブ
(可能であれば)
-80℃
gDNA 25~50 µL程度
濃度 10.0 ng/µL以上
(核酸量 250 ng以上)
-80℃
TSO500パネル 全血 7.5 mL×4本 リキッドバイオプシー専用採血管 18℃~25℃
血漿(*) 5 mL×3本 5 mLチューブ -80℃
バフィ―コート(*) 摂取した全量 2 mLチューブ -80℃ 偽陽性確認用
デジタルPCR法       血漿(*) 5 mL×2本 5 mLチューブ -80℃
バフィーコート(*) 血漿分離時に採取した全量 2 mLチューブ -80℃ 偽陽性確認用
cfTNA/DNA 液量 22.5 µL以上、
濃度 2.0 ng/µL以上
(核酸量 45 ng以上)
1.5~2 mL
低吸着チューブ
(可能であれば)
-80℃
gDNA 25~50 µL程度
濃度 10.0 ng/µL以上
(核酸量 250 ng以上)
-80℃

* サンプル採取方法は「解析依頼書」をご確認ください。


サンプルのご送付

解析に必要なサンプルを、CPMクリニカルラボまでご送付ください。月~金曜日(祝祭日を除く)着にて手配をお願いいたします。解析内容により、送付日の調整をさせていただく場合がございます。

  • サンプルには、解析依頼書別紙「サンプルリスト」を同梱してください。
  • 各サンプルチューブに、解析依頼書別紙「サンプルリスト」に記入したサンプル番号もしくはサンプル名を明記してください。
  • サンプルは、以下の輸送条件にて着払いでご送付ください。
  • 専用業者による輸送も承っております。ご希望の場合は事前にご相談ください。
サンプルの保存条件 輸送条件
室温(18℃~25℃) 通常便 * 専用採血管は立てた状態で梱包し、ワレモノ、天地無用にてご送付ください。
冷凍(-20℃)、超冷凍(-80℃) ドライアイス梱包・冷凍便

納品物

以下のデータを納品いたします。

Oncomine Pan-Cancerパネル ・解析結果報告書
・シーケンスデータ(Fastq)
・マッピングデータ(BAMファイル)

納品方法:納品方法:以下のいずれか
   ・Ion reporter(Thermo Fisher Scientific)へアップロード
   ・USBメモリもしくはHDD(別途費用をいただきます)
   ・クラウド
    * シーケンスデータおよびマッピングデータはUSBメモリ/HDDもしくはクラウドのみ
TSO500パネル 詳細はお問い合わせください
デジタルPCR法 ・解析結果報告書
・生データ(.qlpファイル)
・解析データ(CSVファイル)

納品方法:USBメモリ(またはHDD、別途費用をいただきます)

ご注文に関して

以下のファイルをご利用の上、お問い合わせフォーム からご送付ください。

専用注文書類

参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
リキッドバイオプシー お問い合わせ お問い合わせ

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。