概要

シングルセルレパトア解析では個々のT細胞 / B細胞のmRNAにそれぞれ異なるバーコードを付けることで、1細胞単位のTCR / BCR 発現を調べることができます。
標準的なレパトア解析では全細胞のTCR/BCR発現を包括的に解析しますが、シングルセルレパトア解析では、細胞ごとに高感度にレパトア発現を検出することができ、TCR / BCR 二量体配列の組み合わせも検出可能です。
なお、シングルセルレパトア解析に加え、シングルセル 5’RNA-Seqも実施可能です。

KOTAI バイオテクノロジーズ社は日本で唯一の10x Genomics社認証プロバイダーであり、高品質かつスピーディーなシングルセルライブラリー作製サービスを、リーズナブルな価格でご提供いたします。
お客様から細胞をご送付いただき、シングルセルレパトアライブラリーを作製します。ご要望に応じて、シーケンスやバイオインフォマティクス情報解析も行います。

特徴

• 希少なTCR / BCR（Ig）発現を検出
• 細胞ごとのTCR / BCR（Ig）が同定可能
• BCR(Ig)のH鎖 / L鎖または、TCRのα鎖 / β鎖 配列のペア解析が可能
• TCR / BCR解析と併せてシングルセル 5’RNA-seqも実施可能

サービスの流れ（fig.1）

バイオインフォマティクス解析

LoupeBrowser（10x Genomics社製ソフト）等を用いた解析（fig.2）（fig.3）（fig.4）（fig.5）

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サンプル調整のフロー

10x Genomics社のChromium Single Cell V(D)J Reagent Kitsを使用し、以下のフローでサンプルを調整します。

細胞凍結	細胞分散した後、40μmのフィルターを通しセルバンカー等の凍結溶液で凍結保存してください。凍結融解後に以下の条件を満たすことを事前にご確認ください。 ・細胞数100万細胞以上 ・生存率80%以上 ・細胞サイズは直径30μm以下
細胞溶解・セルカウント	細胞受領後、セルカウンターによる細胞数・生存率測定
シングルセル単離	オイルと水のドロップレットにより細胞を1つ1つに単離 細胞1つにつき1種類のバーコード配列がドロップレットに含まれる
ライブラリー作製	cDNA合成・PCR増幅
シーケンス	5,000細胞以上解析・リード数5,000/細胞以上（レパトア）、リード数2万/細胞以上（5’RNA-Seq。5’RNA-Seqも同時に行う場合）を基準にしてシーケンス
データ解析	Cell RangerでFastq解析 ・Estimated Number of Cells ・Mean Reads per Cell ・Number of Cells With Productive V-J Spanning Pair ・Cells With Productive V-J Spanning Pair (%) ・Paired Clonotype Diversity ・Cells With CDR3-annotated Contig (%) ・Cells With V-J Spanning Contig (%)