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株式会社薬研社

ID: J01547
ID: J01547
KOTAI バイオテクノロジーズ / KOTAI バイオテクノロジーズ

シングルセルレパトア解析

1細胞単位のTCR / BCR発現を調べることができ、TCR α鎖 / β鎖あるいはBCR H鎖 / L鎖のペアを検出することができます。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > レパトア解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > Single cell-Seq解析

サービスについて

概要

シングルセルレパトア解析では個々のT細胞 / B細胞のmRNAにそれぞれ異なるバーコードを付けることで、1細胞単位のTCR / BCR 発現を調べることができます。
標準的なレパトア解析では全細胞のTCR/BCR発現を包括的に解析しますが、シングルセルレパトア解析では、細胞ごとに高感度にレパトア発現を検出することができ、TCR / BCR 二量体配列の組み合わせも検出可能です。
なお、シングルセルレパトア解析に加え、シングルセル 5’RNA-Seqも実施可能です。

KOTAI バイオテクノロジーズ社は日本で唯一の10x Genomics社認証プロバイダーであり、高品質かつスピーディーなシングルセルライブラリー作製サービスを、リーズナブルな価格でご提供いたします。
お客様から細胞をご送付いただき、シングルセルレパトアライブラリーを作製します。ご要望に応じて、シーケンスやバイオインフォマティクス情報解析も行います。

特徴

  • 希少なTCR / BCR(Ig)発現を検出
  • 細胞ごとのTCR / BCR(Ig)が同定可能
  • BCR(Ig)のH鎖 / L鎖または、TCRのα鎖 / β鎖 配列のペア解析が可能
  • TCR / BCR解析と併せてシングルセル 5’RNA-seqも実施可能

サービスの流れ(fig.1

バイオインフォマティクス解析

LoupeBrowser(10x Genomics社製ソフト)等を用いた解析(fig.2)(fig.3)(fig.4)(fig.5

サンプル調整のフロー

10x Genomics社のChromium Single Cell V(D)J Reagent Kitsを使用し、以下のフローでサンプルを調整します。

細胞凍結 細胞分散した後、40μmのフィルターを通しセルバンカー等の凍結溶液で凍結保存してください。凍結融解後に以下の条件を満たすことを事前にご確認ください。
・細胞数100万細胞以上
・生存率80%以上
・細胞サイズは直径30μm以下
細胞溶解・セルカウント 細胞受領後、セルカウンターによる細胞数・生存率測定
シングルセル単離 オイルと水のドロップレットにより細胞を1つ1つに単離
細胞1つにつき1種類のバーコード配列がドロップレットに含まれる
ライブラリー作製 cDNA合成・PCR増幅
シーケンス 5,000細胞以上解析・リード数5,000/細胞以上(レパトア)、リード数2万/細胞以上(5’RNA-Seq。5’RNA-Seqも同時に行う場合)を基準にしてシーケンス
データ解析 Cell RangerでFastq解析
・Estimated Number of Cells
・Mean Reads per Cell
・Number of Cells With Productive V-J Spanning Pair
・Cells With Productive V-J Spanning Pair (%)
・Paired Clonotype Diversity
・Cells With CDR3-annotated Contig (%)
・Cells With V-J Spanning Contig (%)

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

受託内容 価格(税抜) おおよその納期
ライブラリーの作製 シングルセル 5’TCRseq or BCRseq お問い合わせ 3週間
シングルセル 5’TCRseq+BCRseq
シングルセル5’RNA-seq+TCRseq or BCRseq
シングルセル5’RNA-seq+TCRseq+BCRseq
ライブラリーの作製
+シーケンス
+Cell Ranger解析
6週間
ライブラリーの作製
+シーケンス
+より高度なバイオインフォマティクス情報解析
3ヶ月~

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
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※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。