タカラバイオ / タカラバイオ ID: J02035

シングルセル空間解析 ID: J02035

サービスについて

特長

  • CosMx SMI(Bruker Spatial Biology社)またはXenium In Situ(10x Genomics社)を用いた空間マルチオミックス解析
  • サブセルラーレベルの高解像度空間解析データを取得
  • 組織中での細胞の動態や細胞間相互作用の解析に最適
  • FFPEブロックを送付いただくだけで情報解析までの全工程をサポート

サービス内容

  • CosMx SMI
    FFPEブロックから解析用の切片スライドを作製し、cyclic in situ hybridization技術(*1)により6,000以上のRNAまたは64以上のタンパク質を検出します。出力データは専用の解析プラットフォーム(AtoMx Spatial Informatics Platform (SIP) :Bruker Spatial Biology社)で解析します。

    *1 対象のRNAまたはタンパク質(タンパク質の場合は抗体に付与したオリゴ)にハイブリダイズさせたプローブを検出する際に、「レポーターのハイブリダイズ」と「蛍光色素の遊離」を繰り返すことで、大量の分子を識別することが可能な技術。詳細は下記の解析フロー概略図をご確認ください。
    *スライド作製等の一部作業は病理会社へ委託します。
    *FFPEスライドでの受付も可能です。
    *対応生物種はヒト・マウスのみ

    ・解析フロー概略図
  • Xenium In Situ
    FFPEブロックから解析用の切片スライドを作製し、padlock probeとrolling circle amplificationケミストリー(*2)により約5,000のRNAを検出します。出力データは専用の解析プラットフォーム(Xenium Onboard Analysis:10x Genomics社)で解析します。
    *2 5’末端側と3’末端側に標的となる遺伝子の相補配列を、またその間に蛍光物資が結合する配列を持つ南京錠型のプローブ(Padlock probe)を標的mRNA配列にハイブリダイズさせ、その両端をライゲーションすることで環状のプローブを形成させます。環状プローブをRolling circle amplificationによって何度も増幅することで、蛍光物資が結合する配列を多数持つDNA配列を合成し、これを蛍光によって検出します。

    * スライド作製等の一部作業は病理会社へ委託します。
    * FFPEスライドでの受付も可能です。
    * 対応生物種はヒト・マウスのみ

タカラバイオの空間解析プラットフォーム比較


納品物

  • CosMx SMI

    ・作業報告書
    ・解析データ(解析結果、ビューアー)

    【納品データ例】

    AtoMx解析結果例
    AtoMxの解析結果を納品します。

    - 細胞アノテーション表示(fig.1
     細胞腫などで細胞を色分けして表示します。
    - 転写産物表示(fig.2
     細胞内の分子の局在を確認できます。

    タカラバイオ・オリジナルビューアー解析結果例fig.3
    異なる細胞アノテーション情報や複数の遺伝子発現量を同時に並べて表示することが可能です。
  • Xenium In Situ

    ・作業報告書
    ・解析データ

    【納品データ例】
    Xenium Explore解析結果例fig.4
    遺伝子発現情報から推定した細胞種ごとに異なる色で塗分けて表示します。
    また、検出された遺伝子が細胞中のどの局在で発現していたかをドットで表示します。

【クラウド納品について】
Boxによるクラウド納品を行います。共同研究者様とのデータの共有を簡単に行っていただけます。

*クラウド納品ご選択時の注意事項
  • シーケンスデータはサイズが大きいためダウンロードに時間を要する場合がございます。
    事前に回線速度を測定し、ご確認の上、ご依頼ください。
    推奨回線速度計測サイトはこちらから
  • 回線速度が110Mbpsの場合:500GByteのダウンロードに10時間、50Mbpsの場合:23時間が目安です。
  • シーケンスデータサイズの目安は以下となります。
    エクソームシーケンスやRNA-Seq
    (シーケンスデータ量 5~6Gbase / サンプル)
    約5GByte / サンプル
    全ゲノムシーケンス
    (シーケンスデータ量 90Gbase / サンプル)
    約70GByte / サンプル
  • 150GByteを超える大量のデータをダウンロードする際にはBox Drive(デスクトップ用アプリ)をインストールしてご利用ください。
  • ご依頼内容によっては対応が難しい場合がございます。その場合は、メディア納品(HDD等)への変更をご案内します。
  • 事前のテストをご希望の場合はご連絡ください。

受入サンプル

FFPEブロック / スライド
* スライドで送付いただく場合は、解析領域の指定方法や指定スライドについてご説明します。まずはご相談ください。

ご注文に関して

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