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フィルジェン / Arraystar(アレイスター)

tRF&tiRNA-Seq 受託解析サービス

次世代シークエンスからデータ解析まで対応することにより、この新分野の研究を支援します。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > RNA-Seq解析・TruSeq(微量)トランスクリプトーム解析
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シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析 > 次世代データマイニング

サービスについて

概要

tRF及びtiRNAは、tRNAから産生され、small non-coding RNAとして、様々な機能を有することから、多くの疾患と関連しています(fig.1)。また、tRFとtiRNAは、RNA干渉において、microRNAとして機能することが知られています。(タンパク質との結合によるmRNAの安定性の制御;シトクロームcとの相互作用によるアポトーシスの制御;代謝性疾患の世代間遺伝における父性エピジェネティック因子である胚性転写カスケードの変更;ストレス環境に対するストレス顆粒の産生)
tRF&tiRNAの組成・量は、細胞の種類や疾患状態に高度に依存しているため、優れたバイオマーカーとなっています。例えば、tRF&tiRNAの比率は、がんの無増悪生存期間の良き指標であり、また予後マーカーの候補となっています。また、tRNA及びtRF&tiRNA集団は、microRNAよりも非常に多く生物液中に存在しています。
ArrayStar社のtRF&tiRNAのシークエンシングサービスは、次世代シークエンスからデータ解析まで対応することにより、この新分野の研究を支援します。

特長

  • 最適化されたtRF&tiRNAシークエンス法
  • 正確なアノテーション及び分類システム
  • 様々なデータベースから収集したtRF&tiRNA情報
  • tRF&tiRNAにフォーカスしたバイオインフォマティクス及び統計解析

サービス内容

ご送付頂いたRNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)、次世代シークエンス及びバイオインフォマティクス解析を実施いたします。バイオインフォマティクス解析では、tRF&tiRNAに加え、microRNAの発現解析も行います。これらの作業は、フィルジェン海外提携先であるArrayStar社にて実施されます。

[ワークフロー]
  1. RNAのQCチェック
  2. ライブラリー作製及びQCチェック
  3. illuminaプラットフォームによるシークエンス
  4. データ出力及びバイオインフォマティクス解析
  5. プロジェクトレポートの作成

[バイオインフォマティクス解析](fig.2)(fig.3)(fig.4
  • シークエンスデータのQCチェック
  • tRF/tiRNA及びmiRNAリファレンスデータベースへのアライメント
  • tRF/tiRNAの同定及びアノテーション
  • tRF/tiRNA発現のプロファイリング
  • tRF/tiRNAの発現変動解析
  • 発現変動tRF/tiRNAの解析・プロット作成: 階層的クラスターヒートマップ、スキャッタープロット、ヴォルケノプロット
  • 既知microRNAの発現解析及び発現変動microRNAの解析
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納品物

  • サンプルQCレポート
  • FASTQ形式のシークエンスデータ
  • バイオインフォマティクス解析データ
  • プロジェクトレポート
  • 次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア「CLC Genomics Workbench」の2週間試用ライセンス
* USB等の記録メディアにて納品します。 ページ先頭へ戻る

サンプル条件

サンプルタイプ 濃度 RIN値 28S:18S rRNA
ピークスコア
O.D.260/280 O.D.260/230 ゲルイメージ
推奨量 最少量
Total RNA 5μg以上 2μg以上 20ng/μL以上 7以上 2:1 >1.8 >1.8 視認可能な28Sおよび18S rRNAバンド;
28S:18S濃度比が~2

  1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
    * 電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
  2. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
  3. Total RNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
  4. DNase処理を行うことを強く推奨いたします。
  5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。(UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多くのRNAを準備してください。)
  6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。

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ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス内容 対応生物種 サンプル数 価格 納期 Cat.#
tRF&tiRNA-Seq受託解析サービス Human/Mouse/Rat 2以上 お問い合わせ お問い合わせ F-AS-tRF_tiRNAseq-(サンプル数)
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関連サイト

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※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。