概要

マクロジェンでは、Agilent、illuminaおよびAffymetrixのシステムを用いた遺伝子発現解析サービスを提供します。また、バイオインフォマティクス分野に精通したスタッフによる高品質なデータを提供します。

各社アレイの特長

	Agilent	affimetrix
対応可能な種	Human, Mouse, Rat, Arabidopsis, Cotton, Zebra Fish, etc	Human, Mouse, Rat, Arabidopsis, etc
アレイにスポットされた オリゴの長さ	60mer	25mer
特長	SurPrint 技術を使用 カスタム作製可能 様々な種モデルで対応可	包括的な発現アレイを使用 ほぼすべての遺伝子情報をカバー バイオインフォマティクスが組み込まれたアレイデザイン

解析内容

• 発現量比較解析（fig.1）
  ・標準的な統計解析（Fold change、群平均、SD 等）
  ・異なる発現遺伝子の同定（T-test、LPE test、ANOVA 等）
  ・多重検定補正（FDR、Bonferroni 等）
  ・発現変動遺伝子（DEG）のクラスタリング分析（階層的クラスタリング、k-平均法等）


• 機能解析（fig.2）
  ・Gene Ontologyアノテーション
  ・Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）


• カスタム解析（fig.3）
  ・統合解析（mRNA-miRNA、methylation-mRNA、mRNA-CNV 等）
  ・追加プロッティング、アノテーション

＊ KEGG 解析は別途費用がかかりますので、ご希望の場合はお問い合わせください。

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RNAのQC基準

プラット フォーム	サンプル タイプ	純度 (A260/280)	純度 (A260/230)	濃度 (ng/μL)	必要量	総量 (μg)	rRNA比	RIN	その他
Agilent	トータルRNA	>1.5	>1.0	>70ng/μL	>10μL	>0.7μg	>1.0	>7.0	DNAの混入無し
Affymetrix