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株式会社薬研社

ID: J01674
ID: J01674
Cancer Precision Medicine(キャンサープレシジョンメディシン) / Cancer Precision Medicine:CPM

全エクソームシーケンス解析・RNAシーケンス解析

日本国内完結型の受託解析サービス


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス用ライブラリー作製
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > RNA-Seq解析・TruSeq(微量)トランスクリプトーム解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > エクソーム解析

サービスについて

概要

全エクソームシーケンス解析では、ゲノム上のタンパク質をコードするエクソン領域(エクソーム)を選択的にキャプチャーし、効率的に解析することができます。疾患を引き起こす多くの変異はヒトゲノムの2%に満たないエクソン領域に位置することが知られており、全エクソームシーケンス解析を行うことで疾患に関わる遺伝子変異の情報を効率的かつ低コストで取得することができます。

RNAシーケンス解析は、細胞中に存在する既知の遺伝子転写産物(トランスクリプトーム)を網羅的に配列・発現解析し、定量化することができます。従来のマイクロアレイ等の手法に比べて新規の転写産物やスプライシングバリアント、融合遺伝子等を高精度に検出することができます。

特徴

  • 日本国内完結型の受託解析サービス(一部キット利用の場合を除く)
  • イルミナシーケンサー(NovaSeq、NextSeq)を用いた低価格・短納期のNGS解析
  • がん領域に特化したデータ解析サポート

全エクソームシーケンス解析

ご提供いただいたゲノムDNAより、SureSelect Target Enrichment(Agilent Technologies)およびHuman All Exon V6/V7を用いて解析対象となるエクソーム領域を濃縮したライブラリーを作製し、NextSeq 550もしくはNovaSeq 6000 (Illumina)を用いて網羅的にシーケンスを行います。レーン貸切でのシーケンスやシーケンスのみのご依頼も承っております。

  1. ご提供いただいたゲノムDNA
  2. DNA断片化
  3. ハイブリダイゼーション(ターゲットキャプチャー)
  4. シーケンシング
  5. データ解析
対象
生物種
サンプル 使用試薬(*) シーケンサー データ量
ヒト DNA ・SureSelect XT Human All Exon V6
・SureSelect XT Human All Exon V7
(国外にて実施)
・NovaSeq 6000
・NextSeq 550
・ご指定のデータ量
・レーン貸切

* その他のキットをご希望の場合はお問い合わせください。

RNAシーケンス解析

ご提供いただいたRNAより、TruSeq Stranded mRNA、TruSeq RNA Exome(Illumina)等を用いてライブラリーを作製し、NextSeq 550もしくはNovaSeq 6000 (Illumina)を用いて網羅的にシーケンスを行います。レーン貸切でのシーケンスやシーケンスのみのご依頼も承っております。

  1. ご提供いただいたRNA
  2. ライブラリー作製
  3. シーケンシング
  4. データ解析
対象
生物種
サンプル 使用試薬(*) シーケンサー データ量
ヒト
マウス
Total RNA ・TruSeq Stranded mRNA
・TruSeq Stranded Total RNA
・TruSeq RNA Exome(ヒトのみ)
・NovaSeq 6000
・NextSeq 550
・ご指定のデータ量
・レーン貸切

* その他のキットをご希望の場合はお問い合わせください。

データ解析オプション

がん領域に特化した、以下のデータ解析オプションを追加いただけます。

①体細胞遺伝子変異解析(全エクソームシーケンス解析)
腫瘍および正常サンプルの全エクソームシーケンスデータを比較し、体細胞遺伝子変異の検出とアノテーションの付加を行います。

②薬剤選択情報(全エクソームシーケンス解析)
腫瘍および正常サンプルの全エクソームシーケンスデータを比較し、体細胞遺伝子変異の検出とアノテーションの付加を行い、さらに検出された遺伝子変異に対応する分子標的薬の情報をご提供します。

ご提供する情報には以下が含まれます。
・体細胞遺伝子変異解析結果
・ミスマッチ修復遺伝子における遺伝子変異
・遺伝子変異に対応する分子標的薬の情報

③遺伝子発現解析(RNAシーケンス解析)
RNAシーケンスデータから遺伝子発現量(FPKM)を解析します。

ご提供いただくサンプル

以下の条件を満たさない場合や、ウイルス等による感染性が疑われるサンプルの場合は事前にご相談ください。「ライブラリー作製およびシーケンス」の場合は、CPM社にてQCを実施し、品質を満たさない場合はご連絡いたします。

全エクソームシーケンス解析
解析項目 材料 必要量 保存容器 保存方法 備考
全エクソーム
シーケンス解析
ライブラリー作製
およびシーケンス
DNA 1 μg以上
濃度 40 ng/μL以上、液量 20 μL以上
1.5~2 mL
チューブ
-20℃ 推奨純度:
OD(260/280)1.7~2.0
DIN 6.0以上
シーケンスのみ DNAライブラリー
プール
2 nM、
200 μL以上
ライブラリープールの
状態でご提出ください。

RNAシーケンス解析
解析項目 材料 必要量 保存容器 保存方法 備考
RNAシーケンス解析 ライブラリー作製
およびシーケンス
RNA 1 μg以上 1.5~2 mL
チューブ
-80℃ 推奨純度:
OD(260/280)1.8~2.2
RIN 6.0以上
100 ng以上 TruSeq RNA Exomeの場合
DV200* 70%以上
* 200ヌクレオチド以上の
RNA 断片の割合
シーケンスのみ DNAライブラリー
プール
2 nM、
200 μL以上
-20℃ ライブラリープールの
状態でご提出ください。

サンプルのご送付

解析に必要なサンプルを、CPMクリニカルラボまでご送付ください。月~金曜日(祝祭日を除く)着にて手配をお願いいたします。解析内容により、送付日の調整をさせていただく場合がございます。

  • サンプルには、解析依頼書別紙「サンプルリスト」を同梱してください。
  • 各サンプルチューブに、解析依頼書別紙「サンプルリスト」に記入したサンプル番号もしくはサンプル名を明記してください。
  • サンプルは、以下の輸送条件にて着払いでご送付ください。
サンプルの保存条件 輸送条件
冷凍(-20℃)、超冷凍(-80℃) ドライアイス梱包・冷凍便

納品物

以下のデータを納品いたします。
全エクソームシーケンス解析 シーケンス結果報告書
シーケンスデータ(Fastq)
RNAシーケンス解析
データ解析オプション 体細胞遺伝子変異解析 マッピングデータ(BAMファイル)
遺伝子変異リスト(SNV/InDelを含む、Excel)
薬剤選択情報 マッピングデータ(BAMファイル)
遺伝子変異リスト(SNV/InDelを含む、Excel)
遺伝子変異に対応する分子標的薬リスト(Excel)
ミスマッチ修復遺伝子における遺伝子変異リスト(Excel)
遺伝子発現解析 マッピングデータ(BAMファイル)
発現遺伝子リスト(Excel)

納品方法:以下のいずれか
    ・USBメモリもしくはHDD(別途費用をいただきます)
    ・クラウド


ご注文に関して

以下のファイルをご利用の上、お問い合わせフォーム からご送付ください。


参考価格・納期

相乗りシーケンスプラン
全エクソームシーケンス、RNAシーケンスを、他サンプルとの相乗りで実施するプランです。
取得データ量はご指定いただけます。既定の解析内容にて実施することで、より低価格、短納期にてご提供いたします。

工程 ライブラリー作製試薬 対象生物種 シーケンス条件 価格(税抜) 納期
全エクソームシーケンス ・ライブラリー作製および
 シーケンス
・シーケンスのみ
SureSelect XT All Exon V6 ヒト 100PE(*)
150PE
お問い合わせ ライブラリー作製から
:1ヶ月
シーケンスのみ
:2週間
RNAシーケンス
Truseq Stranded mRNA
TruSeq RNA Exome
ヒト
マウス

* 100PEをご希望の場合は、150PEでシーケンスを実施後、データ解析時にトリミングいたします。


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。