日本ジェネティクス / 日本ジェネティクス ID: J01810

PacBio SequelⅠ& Sequel Ⅱ シーケンシングサービス ID: J01810

サービスについて

PacBio SequelⅠバクテリア全ゲノムシーケンス(相乗りプラン)

  • サービス仕様
    ・シーケンサー:PacBio SequelⅠ(本サービスはSequelⅠのみ対応)
    ・納品データ:BAMファイル形式
    ・納品方法: HDD納品

    本サービスは、サンプル種限定の相乗りシーケンスとなります。
    別サンプル種等では、対応出来ないサービスとなりますので、ご留意ください。
  • サンプル要件
    ライブラリー調製に使用するKitをご確認の上、下記条件のDNAをご準備ください。
    GQNは40 kb以上を基準にしており、2.0の場合は全体の20%以上のDNAが40 kb以上であることを示します。

    ライブラリー調製キット サンプルの状態 サンプル量 GQN
    PacBio Sequel Microbial Library Construction gDNA 4.1µg >2.0
  • データ解析
    ・データ解析1(De novo Assemble)
    ・データ解析2(Gene Prediction/Annotation)
    * データ解析2を実施する場合、データ解析1の実施が必須となります。
  • デモレポート
    De novo Assembly+Annotationに関して以下をご参照ください。

    - 真核生物
    PacBio De novo Eukaryote sample report

    - 原核生物
    PacBio De novo Prokaryote sample report

PacBio SequelⅠ& Sequel Ⅱ RNAサンプル

  • サービス仕様
    ・シーケンサー:PacBio SequelⅠ/Sequel Ⅱ
    ・納品データ:BAMファイル形式
    ・納品方法: HDD納品

    本サービスは、Cellを買い取っていただき、シーケンスを行うサービスとなります。
    相乗りシーケンスは対応できません。

    【取得データ量について】
    以下データ量は、Polymerase Read Bases(シーケンスされたすべてのベース数)での表記となります。
    また、サンプルの状態、生物種によっても取得できるデータ量は異なりますので、参考値であることご留意ください。

    ・SequelⅠの場合:30 Gb前後
    ・SequelⅡの場合:300 Gb前後
  • サンプル要件
    ライブラリータイプ ライブラリー調製キット サンプルの状態 サンプル量 RIN rRNA ratio
    PacBio Sequel Library PacBio Sequel Iso-Seq Library Construction Total RNA 0.600µg 7 1
    PacBio Sequel Iso-Seq Library Construction (+4 kb) Total RNA 3.000µg 7 1
  • データ解析
    ・リファレンスあり
    ・リファレンスなし Setting
    ・リファレンスなし Analysis

PacBio SequelⅠ& Sequel Ⅱ DNAサンプル

  • サービス仕様
    ・シーケンサー:PacBio SequelⅠ/Sequel Ⅱ
    ・納品データ:BAMファイル形式
    ・納品方法: HDD納品

    本サービスは、Cellを買い取っていただき、シーケンスを行うサービスとなります。
    相乗りシーケンスは対応できません。
    * DNAサンプルでは、SequelⅡの場合のみCLR Modeと、CCS Mode(HiFi)が選択できます。

    【取得データ量について】
    以下データ量は、Polymerase Read Bases(シーケンスされたすべてのベース数)での表記となります。
    また、サンプルの状態、生物種によっても取得できるデータ量は異なりますので、参考値であることご留意ください。

    (SequelⅠの場合)
    ・WGS実施時:6-9 Gb/sample

    (SequelⅡの場合)
    ・CLR Mode:100 Gb以上 *最大で150 Gb程度
    ・CCS Mode:Hi-Fiリード15-25 Gb (Polymerase Read 300 Gb以上)
  • サンプル要件
    ライブラリー調製に使用するKitをご確認の上、下記条件のDNAをご準備ください。
    GQNは40 kb以上を基準にしており、2.0の場合は全体の20%以上のDNAが40 kb以上であることを示します。

    ライブラリータイプ ライブラリー調製キット サンプルの状態 サンプル量 GQN
    PacBio SequelⅠLibrary 20 kb SMRTbell Express gDNA 8.1 µg >2.0
    10 kb SMRTbell Express gDNA 8.1 µg >2.0
    PacBio Amplicon Library Construction
    (1 kb~5 kb)
    Amplicon etc. 1.000 µg
    PacBio SequelⅡ Library 20 kb SMRTbell Express gDNA 8.1 µg >2.0
    10 kb SMRTbell Express gDNA 8.1 µg >2.0
    HiFi (10 kb~25 kb) gDNA 8.1 µg >3.0
  • データ解析
    ・データ解析1(De novo Assemble)
    ・データ解析2(Gene Prediction/Annotation)
    ・データ解析A(Mapping、Variant call)
    ・データ解析B(SV/CNV)

    * データ解析2を実施する場合、データ解析1の実施が必須となります。
    * データ解析Aは、CCS mode(Hi-Fiリード)のみ対応です。
    * データ解析Bを実施する場合、データ解析Aの実施が必須となります。
  • デモレポート
    De novo Assembly+Annotationに関して以下をご参照ください。

    - 真核生物
    PacBio De novo Eukaryote sample report

    - 原核生物
    PacBio De novo Prokaryote sample report

    - illuminaシーケンサーのデータと併せてエラー補正を行う場合(*)
    PacBio Error Correction sample report
    *こちらの解析をご希望の場合は、別途ご相談ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
PacBio SequelⅠバクテリア全ゲノムシーケンス(相乗りプラン) お問い合わせ 解析なし:6週間前後
解析あり:解析なしの6週間前後に加えて、以下の解析期間を要します。
     ・De novo Assembly:ゲノムサイズに依存します。
     ・バクテリアの場合:+1週間程度
PacBio SequelⅠ& Sequel Ⅱ RNAサンプル お問い合わせ 解析なし:6週間前後
解析あり:解析なしの6週間前後に加えて、+2週間(計8週間前後)
PacBio SequelⅠ& Sequel Ⅱ DNAサンプル お問い合わせ 解析なし:6週間前後
解析あり:解析なしの6週間前後に加えて、以下の解析期間を要します。
     ・De novo Assembly:ゲノムサイズに依存します。
     ・バクテリア:+1週間程度
     ・真核生物(ゲノムサイズがGb単位の場合):+1~2ヶ月程度
     ・SV解析:+1~2週間程度

関連サイト