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株式会社薬研社

ID: J01689
ID: J01689
レリクサ / レリクサ

PacBio / Nanoporeロングリードシーケンス・ゲノムアセンブルサービス

非モデル生物や作物近縁種の研究に


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ロングリード シーケンス (1分子シーケンス)】 > 一分子リアルタイムDNAシーケンス
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > de Novoシーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代データマイニング

サービスについて

概要

PacBio Sequel II(Pacific Biosciences社)またはPromethION(Oxford Nanopore Technologies社)を用いてロングリードシーケンスからゲノムアセンブルまで実施します。

特長

  • 丁寧なビフォア・アフターサポート
    15名以上のPh.D.が在籍しており、技術サポート体制に力を入れています。
  • 目的に応じたカスタムメイド解析
    基本解析からオーダーメイドの高次解析・統合解析まで幅広く対応します。
  • 追加費用ナシ
    データ転送費などの付帯費用はサービス価格に含まれています。

サービスの流れ

  1. DNAサンプル受入
  2. ライブラリ調製およびシーケンシング
    ・PacBio Sequell II CCS (Hifi read) シーケンス
    ・PacBio Sequell II CLR シーケンス
    ・Oxford Nanopore Technologies PromethIONシーケンス
     * CCSシーケンス以外をご希望の場合、エラー補正のためショートリードシーケンスを併せて実施することを推奨します。
  3. ロングリードアセンブル
    ゲノムサイズやヘテロ接合性に依存しますが、レリクサの経験上、コンティグのN50が800kb~10Mb、BUCO値が95%以上のアセンブルを取得しています。
  4. 遺伝子構造予測
    ・近縁種の遺伝子情報に基づく遺伝子構造予測
    ・RNA-seq データを用いた遺伝子構造予測オプション
    ・近縁種の遺伝子情報およびRNA-seqデータを統合した遺伝子構造予測オプション
  5. 遺伝子機能予測
    ・相同性検索
    ・ドメイン検索
    ・相同性に基づいたGO term付与
  6. [オプション]下流解析
    ・ゲノム構造比較
    ・遺伝子発現解析
    ・各種エピゲノム解析その他多用なニーズに対応します

その他

シーケンシングは原則として国内外のレリクサ社提携先(Illumina社のService Provider認証取得済み)での実施となります。バイオインフォマティクス解析は全てレリクサ社で実施し、納品いたします。

ご注文に関して

下記いずれのパターンをご希望か記載いただき、生物種の情報とともにお問い合わせください。

  1. シーケンシング(データ取得)のみのご依頼
  2. シーケンシングおよびゲノムアセンブルのご依頼
  3. fastqデータをお預かりし、ゲノムアセンブルのみのご依頼


参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
PacBio Sequell II CLR DNAシーケンス ¥580,000~ サンプル受領から8~10週
PacBio Sequell II(e) CCS(Hifi read)DNAシーケンス ¥700,000~ サンプル受領から8~10週
Nanopore PromethION DNAシーケンス お問い合わせ お問い合わせ
ゲノムアセンブル+アノテーション お問い合わせ お問い合わせ

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。