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マクロジェン・ジャパン / コスモ・バイオ ID: J01421

PacBio® Sequel Ⅱ ロングリードシーケンシング ID: J01421

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1分子リアルタイムシーケンサーであるPacBioは、他社シーケンサーに比べ正確ではるかに長いリードを得ることができます。

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サービスについて

概要

PacBio® のシーケンサーは1分子リアルタイム（SMRT®）シークエンシングテクノロジーを基盤としており、他社のシーケンサーに比べ高精度ではるかに長いリードを得ることができます。 シーケンスは SMRT Cells 上にある数千個の Zero-Mode Waveguides（ZMWs）内で行われます。ZMWs 内には 1分子の DNA ポリメラーゼが固定されており、蛍光を用いて DNA 合成反応を検出することでシーケンスデータが得られます。バクテリア等の de novo アセンブリにご利用頂けます。(fig.1)

fig.1 PacBio® Sequel Ⅱ

アプリケーション

  • Generate Finished Genomes
    •Resolve mobile elements and structural variation events
    •Generate complete, accurate, and contiguous genome assemblies
    • Annotate more genes
  • De novo assembly
    • Hierarchical assembly
    • Hybrid assembly
    • Scaffolding
    • Gap filling
  • Characterize Genomic Variation
    •Isoform sequencing
    •Repeat expansions
    •Structural variation and copy number variants
    •Full-length 16S rRNA sequencing
    •Compound mutations and haplotype phasing
    •Minor variants and Quasispecies
    •SNP detection and validation

サンプル調製方法

PacBio®の場合は、他の次世代シーケンサーと比較し、サンプル状態が結果に大きく影響します。

・gDNA抽出：Qiagen DNeasy kitまたはPromega Wizard kit 等（他のkitも使用可能です。）
・elution buffer：EDTAなどが入ってないTris-HCl(PH8) buffer等
・不純物（腐植酸、phenol類など）が入らないようにしてください
・電気泳動で確認した際に分解がなく、スメアが見られないこと

また、サンプルQCで2～3µL使用致しますので、サンプル量は10µLを目安に多めにご準備ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

参考価格・納期

サービス項目 Sequel Ⅱ (HiFiリード)
使用機種 PacBio® Sequel Ⅱ
対象生物 全生物
データ量 約100Mb/サンプル、約200Mb/サンプル　※目安量となります。
リード長 15～18kb（Insert peak）
シーケンス方法 HiFiリード(SMRT Cell 8M)
必要サンプル量 gDNA量：4.1μg以上
Average Size：20,000bp 以上
＊Average SizeはFemto Pulse System(Agilent社)を使用し、DNA断片を測定した際の平均の長さとなります。
価格（税抜） ライブラリ作製費用：￥67,000/サンプル
シーケンス費用：約100Mb/サンプル　￥43,000
　　　　　　　　約200Mb/サンプル　￥57,000
データ解析費用：原核生物で推定ゲノムサイズ10Mb以下の場合
De novo Assembly　￥49,000/サンプル
Annotation　 ￥49,000/サンプル
納期（QC合格後） 4～6週間
納品物 1.Raw data（fasta等）
2.Assembly Data
3.Annotation Data

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  • ※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
  • ※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
  • ※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的（医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など）には使用しないで下さい。
  • ※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
  • ※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
  • ※納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合があります。
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