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株式会社薬研社

ID: J01421
ID: J01421
コスモ・バイオ / マクロジェン・ジャパン

PacBio RS II / Sequel ロングリードシーケンシング

1分子リアルタイムシーケンサーであるPacBio RS IIは、他社シーケンサーに比べ正確ではるかに長いリードを得ることができます。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ロングリード シーケンス (1分子シーケンス)】 > 一分子リアルタイムDNAシーケンス
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析

サービスについて

概要

1分子リアルタイムシーケンサーであるPacBio RS IIは、他社シーケンサーに比べ正確ではるかに長いリードを得ることができます。シーケンスは SMART Cells 上にある数千個のZero-Mode Waveguides(ZMWs)内で行われます。ZMWs 内には1分子のDNAポリメラーゼが固定されており、蛍光を用いてDNA合成反応を検出することでシーケンスデータが得られます。バクテリア等のde novoアセンブリにご利用頂けます。

アプリケーション

  • Generate Finished Genomes
    •Resolve mobile elements and structural variation events
    •Generate complete, accurate, and contiguous genome assemblies
    • Annotate more genes
  • De novo assembly
    • Hierarchical assembly
    • Hybrid assembly
    • Scaffolding
    • Gap filling
  • Discover the Epigenome
    The PacBio® RS II detects DNA base modifications using the kinetics of the polymerization reaction during sequencing.
  • Characterize Genomic Variation
    •Isoform sequencing
    •Repeat expansions
    •Structural variation and copy number variants
    •Full-length 16S rRNA sequencing
    •Compound mutations and haplotype phasing
    •Minor variants and Quasispecies
    •SNP detection and validation

サンプル調製方法

PacBioの場合は他の次世代シーケンス機器よりもサンプル状態が結果に大きく影響します。
gDNA抽出は以下にご注意ください。

- gDNA抽出はQiagen DNeasy kitまたはPromega Wizard kit などを推薦致します。(他のkitも使用可能です。)
- elution bufferはEDTAなどが入ってないTris-HCl(PH8) bufferを推薦致します。
- 不純物(腐植酸、phenol類など)が入らないようにしてください。

gDNA量:16µg以上
濃度:50ng/µL以上
A260/A280:1.8以上
A260/A230:1.8以上
電気泳動でsmearなし (写真を事前にご送付ください)。

以上がサンプルの条件です。
ただし、マクロジェン社の定量方法(picogreen方法)と nanodrop などの方法は2倍以上の差がある場合もあります。
可能であれば基準より量は多く準備して頂きたく存じます。
* サンプルQCは3回目から追加料金が発生致しますのでご了承ください。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス項目 PacBio RS II Sequencing Sequel Sequencing
使用機種 PacBio RS II Suquel system
対象生物 全生物 全生物
データ量 1 SMRT Cell あたり 700 Mb~800 Mb(非保証) 1 SMRT Cell あたり 6Gb ~ 9Gb(非保証)
リード長 ~50 Kbp ~50 Kbp
シーケンス方法 1 SMRT Cell, P6C4 系 1 SMRT Cell, P6C4 系
必要サンプル量
  • gDNA量:16μg以上
  • 濃度:50ng/μL以上 A260/A280:1.8以上
  • A260/A230:1.8以上
  • 電気泳動でsmearなし(写真を事前にご送付下さい)。
  • gDNA量:16μg以上
  • 濃度:50ng/μL以上 A260/A280:1.8以上
  • A260/A230:1.8以上
  • 電気泳動でsmearなし(写真を事前にご送付下さい)。
データ解析 なし なし
価格(税抜) ライブラリ作製費用:¥64,000
1 SMRT Cell のラン費用:¥105,000
オプション:
1. Assembly (bacteria):¥49,000
2. Annotation:¥49,000
ライブラリ作製費用:¥97,000(4kb未満)、¥161,000(4kb 以上)
1 SMRT Cell のラン費用:¥291,000
オプション:
1. Assembly (bacteria):¥82,000
2. Annotation:¥49,000
納期(QC合格後) 4~6週間 4~6週間
納品物
  1. シーケンシング結果(fastq)
  2. bas.h5
  3. metadata.xmlなど
  1. シーケンシング結果(fastq)
  2. subreads.bam/phi
  3. scraps.bam/pbi
  4. xmlなど

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
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※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。