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株式会社薬研社

ID: J01532
ID: J01532
フィルジェン / Novogene

ナノポアシークエンシング受託解析サービス

群集規模のシークエンスや植物ゲノミクスのような大規模プロジェクトに最適です


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析

サービスについて

概要

本サービスは、Oxford Nanopore社製のPromethIONを採用した次世代シークエンスサービスです。PromethIONは、同社製品であるMinIONやGridIONの様にリアルタイム、ロングリード、ダイレクトなDNAおよびRNAシークエンスを行う技術を採用し、それらをより大規模に行うことのできる、最も高出力な装置です。群集規模のシークエンスや植物ゲノミクスのような大規模プロジェクトに最適です。

【ナノポアシークエンスについて】fig.1
PromethIONの採用するシークエンステクノロジーは、電気泳動により一分子ずつナノポアを通過させるシークエンス技術です。ナノポアは超微細なサイズであるため、一度に1つの核酸重合体しか通過することができません。
並んだ塩基がナノポアを通過する際、ポア内に置かれた2つのナノ電極対の間を通る電流が1塩基ずつ異なるため、その違いを測定し、シークエンスを行っていきます。

特長

リードが少ない場合や、大きな構造変異の検出が困難な場合、ゲノムが複雑でアセンブリが難しい場合などにナノポアシークエンスが有用なツールとなります。(fig.2

  • 統合計算により、リアルタイムのベースコール、およびそれ以降の解析が可能
  • 48個のフローセルを搭載し、ハイスループットな実験が可能
  • 最大1メガバイトまでの超ロングリードが可能
PromethION
チャンネル数 144,000
サンプル量 10pg~1μg
データ出力 6.2Tb(理論値)
リード長 最大1Mb(サンプル品質に依存)
所要時間 48時間(平均時間)
【ライブラリーの構築について】fig.3
本サービスでは、1D Ligation Sequencing Kit(Oxford Nanopore Technologies)を使用し、ライブラリー調製を行います。この方法はバーコードの有無で2つのライブラリー構築方法に利用することができます。

サービス内容

ご送付いただきたDNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。

【シークエンスプラットフォーム】
PromethION

【シークエンス量】
1サンプルあたり1Gb単位でご指定いただけます。
※海洋生物、水生生物、昆虫サンプルは、データ量の保証対象外となりますこと、ご了承ください。

【作業内容】
  1. サンプルQCチェック
  2. ライブラリー作製
  3. シークエンス作業
  4. バイオインフォマティクス解析(ご希望の場合のみ)

納品物

・FASTQ形式のシークエンスデータ

サンプル条件

サンプルタイプ 必要量 濃度(Qubit) 純度(NanoDropTM
推奨量 最少量
HMW Genomic DNA
(メインフラグメント>40K)
≧20μg ≧10μg ≧100ng/μL O.D.260/280=1.8~2.0
O.D.260/230=2.0~2.2
no degradation or RNA contamination
    * NC=Nanodrop Concentration, QC=Qubit Concentration
      NC/QC=NC÷QCで算出された濃度比。Nanodropの測定値は、塩分などの影響を受けやすく、NanodropとQubitの両方の測定結果を用いて
      コンタミを予測しています。

  1. EDTA、Mg2+、変性剤(グアニジン塩、フェノールなど)、洗浄剤(SDS、Triton-X100など)、組織からのコンタミ(ヘム、フミン酸、ポリフェノールなど)が無いものをご準備ください。
    * TrisAc、Tris-HCl、またはddH2Oは問題ありません。
  2. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
    * 電気泳動は、次の条件を推奨します。1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
  3. RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
  4. DNase、RNaseフリーの1.5mL又は2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
  5. DNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferにて保存してください。
    * 長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。
  6. UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの測定を強く推奨します。
    * UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いサンプルを準備してください。
  7. サンプル送付先及び注意事項につきましては「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
  8. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、あらかじめご了承ください。
  9. プロジェクト内容によって、条件が変わる培委があります。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス名 価格(税抜) 納期
ナノポアシークエンシング受託解析サービス お問い合わせ お問い合わせ

*価格はプロジェクトごとに異なりますので、詳しくはお問い合わせください。
お見積りの際は、以下の情報が必要です。
・生物種
・サンプル数
・データ量
・ご希望のインサートサイズ
・抽出方法
・解析をご希望の場合、解析目的をお知らせください。


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。