アメリエフ / アメリエフ ID: J01984

空間的遺伝子発現解析 ID: J01984

サービスについて

概要

「空間的遺伝子発現解析」は、組織における遺伝子発現を、細胞の位置情報を保ったまま捉えることができる技術です。組織切片画像と組み合わせて解析することで、従来のシングルセルRNA-seq解析では不明瞭であった組織中の細胞動態を、一細胞レベルで検出できます。特に、がんをはじめとする疾患の深い理解に繋がることから、病理学の分野で注目を集めています。

サービス内容

【WET】空間的遺伝子発現解析
  • Stereo-seqTM 技術(STOmics®)を用いた空間座標バーコーディングと遺伝子発現測定
  • MGI社 DNBSEQ-G400、またはT7によるシーケンシング(10-15M paired-end reads / 検体)
【DRY】バイオインフォマティクス解析
  • 解析レポート、中間報告および最終報告(手法解説、結果解釈のディスカッション)
  • 発現定量解析(クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化・空間座標上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化(Feature plot, Violin plot)
  • サンプル間比較解析(各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析)
  • 擬似系譜解析(Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化)

データ解析内容(fig.1


空間的遺伝子発現解析 サンプル要件 / 注意事項

サンプルタイプ:OCT凍結包埋新鮮組織
  • 生物種:ヒト、マウス(それ以外は要相談)
  • 組織溶解条件の確認
     凍結切片 (厚さ10μm) の作成と専用チップChip Pへのマウント
     別途切片3~5枚程度を凍結保管(RNA抽出して品質を確認)
  • 転写物解析用の実験
     凍結切片 (厚さ10μm) の作成と専用チップChip Tへのマウント

  • 納品物

    下記に加え、目的に応じて実施した高次解析の結果を納品いたします。
    • 解析結果の中間報告資料(PDF)
    • 解析結果の最終レポート(PDF)
    • データ解析結果(PDF、Excel)

ご注文に関して

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参考価格・納期

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