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株式会社薬研社

ID: J01787
ID: J01787
フィルジェン / Arraystar

Small RNA Modification Array 受託解析サービス

o8G、m7G、m6A、ψ、または m5C を含む small RNA 修飾の検出および定量化を行うことが可能です。


カテゴリ
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > small RNA・miRNA発現解析
遺伝子発現解析 > マイクロアレイ解析 > メチル化解析

サービスについて

概要

本サービスは、miRNA、pre-miRNA および tRNA由来の small RNA(tsRNA、tRNA-derived fragments(tRFs)および tRNA halves(tiRNAs)を含む)における、8-オキソグアニン(o8G)、7-メチルグアノシン(m7G)、N6-メチルアデノシン(m6A)、シュードウリジン(ψ)、または 5-メチルシチジン(m5C)の修飾を定量化します。

特長

  • o8G、m7G、m6A、ψ、または m5C を含む small RNA 修飾の検出および定量化を行うことが可能です。
  • miRNA、pre-miRNA、および tsRNA(tRFs および tiRNAs)を含む複数の small RNA クラスをカバーしています。
  • RNAを直接ラベリングすることができるため、RNA-seq のライブラリー調整中に、修飾によるcDNA合成阻害などの影響を受けることがなく、修飾された small RNA をより正確に解析することができます。
  • 少量サンプルでの解析が可能で、1μg の total RNA から解析が可能です。

マイクロアレイデータベース

本サービスで使用するマイクロアレイのスライドコンテンツは以下の通りです。解析を希望される修飾の内容にかかわらず、同じ構成のアレイスライドを使用いたします。本サービスは、ヒト、マウスに対応しています。

Human Small RNA Modification Array V1.0
プローブ総数 14,706
プローブデザイン すべてのプローブは、5’キャップ断片、small RNA 特異的、および3’リンカー配列から構成されています。
プローブの結合部位 5-p-miRNA および 5’tsRNA: small RNA の3’領域
3-p-miRNA および 3’tsRNA: small RNA の5’領域
pre-miRNA: pre-miRNA のループ領域
プローブの特異性 small RNA 特異的
miRNA のカバレッジ 2,628(1,319 の 5-p-miRNA と 1,309 の 3-p-miRNA)
Pre-miRNA のカバレッジ 1,745
tsRNAのカバレッジ 5,128
small RNA ソース miRNA: miRBase(v22)
pre-miRNA: miRBase(v22)
tsRNA: tRFdb, GtRNADb(Updated to 18.1 2019.08)
Literatures: Scientific publications up to 2019[1-40]
アレイフォーマット 8x15K

Mouse Small RNA Modification Array V1.0
プローブ総数 14,895
プローブデザイン すべてのプローブは、5’キャップ断片、small RNA 特異的、および3’リンカー配列から構成されています。
プローブの結合部位 5-p-miRNA および 5’tsRNA: small RNA の3’領域
3-p-miRNA および 3’tsRNA: small RNA の5’領域
pre-miRNA: pre-miRNA のループ領域
プローブの特異性 small RNA 特異的
miRNA のカバレッジ 1,949(966 の 5-p-miRNA と 983 の 3-p-miRNA)
Pre-miRNA のカバレッジ 1,122
tsRNAのカバレッジ 1,809
small RNA ソース miRNA: miRBase(v22)
pre-miRNA: miRBase(v22)
tsRNA: tRFdb, GtRNADb(Updated to 18.1 2019.08)
Literatures: Scientific publications up to 2019[1-40]
アレイフォーマット 8x15K

解析の流れ

本サービスは、免疫沈降、RNA標識、アレイ実験、アノテーションおよびデータ解析まで、フルパッケージされています。

【ワークフロー】

  1. RNAサンプルの受け取り
  2. RNAのQCチェック
  3. ご選択いただいた抗体(o8G、m7G、m6A、または m5C)による免疫沈降
  4. 2色標識(IP-RNA(修飾された small RNA)、および上清RNA(未修飾RNA)のラベリング)
  5. アレイハイブリダイゼーション、洗浄、およびスキャニング
  6. データ抽出、アノテーション、解析および要約

サンプル条件

品質条件 詳細
対応生物種 ヒト、マウス
サンプルタイプ total RNA
必要量 推奨量:>10μg、最低量:>5μg
濃度(Nanodropに基づく) 推奨>100ng/μL、最低>20ng/μL
純度(Nanodropに基づく) O.D.260/280: >1.8
O.D.260/230: >1.8
RNA Integrity ゲル電気泳動: 18S および 28S rRNA のバンドが確認でき、28S および 18S rRNA のバンド比が2:1程度であること。
BioAnalyzer: RIN>7.0
* 血清、血漿、エクソソームおよびFFPEなど、分解や断片化による品質低下がよく知られているサンプルに由来するRNAについては、解析結果の品質が低い可能性があります。お客様の同意があれば、ご提出いただいたサンプルで解析を行うことは可能ですが、データ品質が悪い、あるいはデータが取得できない可能性もあり、データ取得の保証はできませんので、予めご注意ください。

* DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨)
* ヌクレアーゼフリーの分子生物学グレードの水に溶解し、-80℃で保存してください。
* サンプルは、DNase処理を行うことを推奨いたします。
* UVスペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの測定を強く推奨します。
* UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いRNAを準備してください。


ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

サービス名 生物種 価格(税抜) カタログ#
N6-メチルアデノシトシン(m6A)修飾
Small RNA Modification Array
(m6A)受託解析サービス
ヒト ¥190,000 F-AS-RMH1-[サンプル数]
マウス ¥190,000 F-AS-RMM1-[サンプル数]
7-メチルグアノシン(m7G)修飾
Small RNA Modification Array
(m7G)受託解析サービス
ヒト ¥190,000 F-AS-RMH2-[サンプル数]
マウス ¥190,000 F-AS-RMM2-[サンプル数]
8-オキソグアニン(o8G)修飾
Small RNA Modification Array
(o8G)受託解析サービス
ヒト ¥190,000 F-AS-RMH3-[サンプル数]
マウス ¥190,000 F-AS-RMM3-[サンプル数]
シュードウリジン(ψ)修飾
Small RNA Modification Array
(ψ)受託解析サービス
ヒト ¥190,000 F-AS-RMH4-[サンプル数]
マウス ¥190,000 F-AS-RMM4-[サンプル数]
5-メチルシチジン(m5C)修飾
Small RNA Modification Array
(m5C)受託解析サービス
ヒト ¥190,000 F-AS-RMH5-[サンプル数]
マウス ¥190,000 F-AS-RMM5-[サンプル数]

* 納期はお問い合わせください。
* この他、サンプルの海外輸送費が別途必要となります。


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。