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株式会社薬研社

ID: J01746
ID: J01746
タカラバイオ / タカラバイオ

ロングリードRNA-Seq解析(Iso-Seq)

ロングリードシーケンサーによる網羅的な全長アイソフォームの検出


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ロングリード シーケンス (1分子シーケンス)】 > 一分子リアルタイムDNAシーケンス
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > RNA-Seq解析・TruSeq(微量)トランスクリプトーム解析

サービスについて

特長

  • ロングリードシーケンサーによるRNA-Seq解析
  • 新規アイソフォームの配列取得、アイソフォームごとの発現解析が可能

概要

ロングリードシーケンサーPacBio Sequel II(パシフィックバイオサイエンス社)を用いて、遺伝子配列の取得を行います。ショートリードのシーケンスでは難しかったアイソフォームの配列決定、アイソフォームごとの遺伝子発現解析にご利用いただけます。

サービス内容

total RNAまたは組織・細胞等のサンプルを提供いただき、ライブラリー作製後、PacBio Sequel IIを用いてシーケンス解析を行います。得られたシーケンスデータを参照配列に対してマッピングすることで、アイソフォームごとの発現量解析や、新規アイソフォームの検出を行います。

作業の流れ(fig.1
【オプションサービス】
細胞・組織からのRNA調製

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 解析データ一式(マッピング結果ファイル、発現情報・アノテーション結果ファイル)(fig.2)(fig.3

受入サンプル

  • total RNAなど
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

    サンプル量 濃度 液量(目安) 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    total RNA(*1) 1μg以上 100ng/μL以上 10μL以上 1.6以上
    組織・細胞(オプション) お問い合わせ(*2)

    *1 polyA+ RNAが無い原核生物の解析は別途ご相談ください。
    *2 送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。
    ・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
    ・電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。
    ・DNase処理を実施してください。
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
    ・ご希望の作業に応じて、以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
      - ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2200 TapeStationなどを用いて検定を行います。
      この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
      - お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、
      業務終了後3ヶ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。


ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
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※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。