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株式会社薬研社

ID: J01563
ID: J01563
プロメガ / かずさDNA研究所

オミックスデータ解析サービス

マルチオミックス等で得られたデータに解釈を加えて、論文形式のレポートで提出いたします。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代データマイニング
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > RNA-Seq解析・TruSeq(微量)トランスクリプトーム解析

サービスについて

概要

疾患を惹起するメカニズムの解析・関連する薬物の特定
オミックスデータから薬物ターゲットとなる主要制御因子を同定するサービスです。自動解析パイプラインであるGenome Enhancerを使用し、臨床試験で利用/試験中の薬物の中からの治療薬候補の選別、影響を与える可能性のある小分子の予測を行い、科学論文の形式に則ったレポートを返却いたします。

  • 遺伝子発現量の変動の上流にあるキーとなる因子とパスウェイを推定
  • キーとなる因子に対する薬剤候補の予測
  • 結果は論文形式のレポートにまとめて返却
  • バイオインフォマティクスの知識は不要

Genome Enhancerとは
Genome Enhancerは、統合型プロモーター/パスウェイ解析であるUpstream Analysisを用い、既存の研究結果に基づき潜在的な薬物ターゲットを同定します。この解析にはTRANSFAC®、TRANSPATH®、HumanPSD データベースを使用しています。

  1. TRANSFAC®:転写因子結合部位のデータベースであり、発現または変異した遺伝子を調節する転写因子の特定を行う
  2. TRANSPATH®:哺乳類のシグナル伝達と代謝経路のデータベースであり、 TRANSFAC® で特定された転写因子の一般的なマスターレギュレーターを検索する
  3. HumanPSD: 臨床試験および医薬品のデータベースを含むヒトタンパク質のデータベースであり、膨大な文献をもとに臨床試験が実施された薬物を特定する。

さらに化学情報ツールPASSを用い、特定されたターゲットに影響を与える可能性のある小分子を予測する

解析の対象となる疾患

発注時、サンプルの疾患と組織をリストから選択していただきます。リストに無い疾患は基本的に癌として解析いたします。
リストは、プロメガ社HPにてご確認ください。

納品物

論文形式レポートのPDFファイル(デモレポートはこちらをご覧ください)

受け入れ可能なデータ

  • プロメガ社受託サービス(NGS解析、マルチオミックス解析)で取得したデータ
    ー 生データのままでご利用いただけます。

  • 他社NGS受託サービスもしくはご自身で取得されたデータ
    ー fastqファイルの場合:リードQC・フィルタリングおよびトリミング処理済みのデータをお送りください。
      これらの処理はオプションメニューでも承ります。価格は下記価格表をご参照ください。
    ー カウント値(RPKM、FPKM)、あるいは発現量比較結果の場合:そのままお送りいただけます。

ファイルフォーマット

Transcriptomics (RNA-seq, microarrays)

*.txt, *.csv, *.xls (table with gene identifiers)
*.CEL (affymetrix)
*.txt (special agilent format)
*.txt (special illumina format)
*.fastq

NGSデータにプロテオミクスデータを追加して解析することも可能です(プロテオミクスデータ単独での解析はお受けできません)。

Proteomics

*.txt, *.csv, *.xls (table with protein identifiers)

お申込みの前に

  • お預かりしたデータはドイツ国内のサーバにアップして解析を行います。
  • 解析においてパラメーターの変更はできません。
  • 納品物は論文形式レポートのPDFファイル(CD-ROM)になります。
    リンクは公的データベースへアクセスできますが、GeneXplain社のデータベースにアクセスするためには別途契約が必要となります。
  • 受託作業は研究目的とし、診断業務については受託いたしません。

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

メニュー 対象生物種 使用ソフトウェア 納期   価格(税抜)
Genome Enhancer ヒト(*1) 約2週間 1比較解析(*2) ¥200,000~(*3)

*1 マウス、ラットのデータ解析をご希望の場合、ヒトのホモログに置き換えての解析となります。まずはご相談ください。
*2 1群の検体数がいくつでも料金に影響はありません。2群間の比較であれば1比較となります。
  例)疾患群10検体と対照群5検体の比較でも1比較
  解析の信頼性を高めるため、最低各群2検体以上をお勧めします。
*3 2解析目以降は ¥ 150,000~(税抜)/比較解析となります。


関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。