概要
疾患を惹起するメカニズムの解析・関連する薬物の特定
オミックスデータから薬物ターゲットとなる主要制御因子を同定するサービスです。自動解析パイプラインであるGenome Enhancerを使用し、臨床試験で利用/試験中の薬物の中からの治療薬候補の選別、影響を与える可能性のある小分子の予測を行い、科学論文の形式に則ったレポートを返却いたします。
- 遺伝子発現量の変動の上流にあるキーとなる因子とパスウェイを推定
- キーとなる因子に対する薬剤候補の予測
- 結果は論文形式のレポートにまとめて返却
- バイオインフォマティクスの知識は不要
Genome Enhancerとは
Genome Enhancerは、統合型プロモーター/パスウェイ解析であるUpstream Analysisを用い、既存の研究結果に基づき潜在的な薬物ターゲットを同定します。この解析にはTRANSFAC
®、TRANSPATH
®、HumanPSD
™ データベースを使用しています。
- TRANSFAC®：転写因子結合部位のデータベースであり、発現または変異した遺伝子を調節する転写因子の特定を行う
- TRANSPATH®：哺乳類のシグナル伝達と代謝経路のデータベースであり、 TRANSFAC® で特定された転写因子の一般的なマスターレギュレーターを検索する
- HumanPSD™： 臨床試験および医薬品のデータベースを含むヒトタンパク質のデータベースであり、膨大な文献をもとに臨床試験が実施された薬物を特定する。
さらに化学情報ツールPASSを用い、特定されたターゲットに影響を与える可能性のある小分子を予測する
解析の対象となる疾患
発注時、サンプルの疾患と組織をリストから選択していただきます。リストに無い疾患は基本的に癌として解析いたします。
リストは、
対象疾患/組織リストをご確認ください。
納品物
論文形式レポートのPDFファイル（デモレポートは
こちらをご覧ください）
受け入れ可能なデータ
- プロメガ社受託サービス（NGS解析、マルチオミックス解析）で取得したデータ
ー 生データのままでご利用いただけます。
- 他社NGS受託サービスもしくはご自身で取得されたデータ
ー fastqファイルの場合：リードQC・フィルタリングおよびトリミング処理済みのデータをお送りください。
これらの処理はオプションメニューでも承ります。価格は下記価格表をご参照ください。
ー カウント値（RPKM、FPKM）、あるいは発現量比較結果の場合：そのままお送りいただけます。
ファイルフォーマット
Transcriptomics (RNA-seq, microarrays)
*.txt, *.csv, *.xls (table with gene identifiers)
*.CEL (affymetrix)
*.txt (special agilent format)
*.txt (special illumina format)
*.fastq
NGSデータにプロテオミクスデータを追加して解析することも可能です（プロテオミクスデータ単独での解析はお受けできません）。
Proteomics
*.txt, *.csv, *.xls (table with protein identifiers)
お申込みの前に
- お預かりしたデータはドイツ国内のサーバにアップして解析を行います。
- 解析においてパラメーターの変更はできません。
- 納品物は論文形式レポートのPDFファイル（CD-ROM）になります。
リンクは公的データベースへアクセスできますが、GeneXplain社のデータベースにアクセスするためには別途契約が必要となります。
- 受託作業は研究目的とし、診断業務については受託いたしません。
