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株式会社薬研社

ID: J01546
ID: J01546
KOTAI バイオテクノロジーズ / KOTAI バイオテクノロジーズ

シングルセルRNA-Seq

細胞にそれぞれ異なるバーコードを付与することで、細胞個々のmRNA遺伝子発現を調べることができます。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > RNA-Seq解析・TruSeq(微量)トランスクリプトーム解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【RNAシーケンス】 > Single cell-Seq解析

サービスについて

概要

シングルセル 3’RNA-seq解析では個々の細胞にそれぞれ異なるバーコードを付与することで、細胞ごとの遺伝子発現を調べることができます。標準的なRNA-Seqでは全細胞における平均的な遺伝子発現を検出するのに対し、シングルセル 3’RNA-seqでは、細胞ごとのmRNA遺伝子発現を高感度に検出することが可能です。

KOTAI バイオテクノロジーズ社は日本で唯一の10x Genomics社認証プロバイダーであり、高品質かつスピーディーなシングルセルライブラリー作製サービスを、リーズナブルな価格でご提供いたします。
お客様から細胞をご送付いただき、シングルセルRNA-seqのライブラリーを作製します。ご要望に応じて、シーケンスやバイオインフォマティクス情報解析も行います。

シングルセルRNA-seqの特徴

  • 同一細胞内のmRNA発現を同定可能
  • 希少な細胞腫やmRNA発現を検出
  • 細胞の不均一性を解析

サービスの流れ(fig.1

バイオインフォマティクス解析

LoupeBrowser(10x Genomics社製ソフト)や独自パイプライン等を用いた解析(fig.2)(fig.3)(fig.4

サンプル調整のフロー

10x Genomics社のChromium Next GEM Single Cell 3ʹ Reagent Kitsを使用し以下のフローでサンプルを調整します。

細胞凍結 細胞分散した後、40μmのフィルターを通しセルバンカー等の凍結溶液で凍結保存してください。凍結融解後に以下の条件を満たすことを事前にご確認ください。
・細胞数100万細胞以上
・生存率80%以上
・細胞サイズは直径30μm以下
細胞溶解・セルカウント 細胞受領後、セルカウンターによる細胞数・生存率測定
シングルセル単離 オイルと水のドロップレットにより細胞を1つ1つに単離
細胞1つにつき1種類のバーコード配列がドロップレットに含まれる
ライブラリー作製 cDNA合成・PCR増幅
シーケンス 5,000細胞以上解析・リード数5,000/細胞以上(レパトア)、リード数3万/細胞以上を基準にしてシーケンス
データ解析 Cell RangerでFastq解析
・Estimated Number of Cells
・Mean Reads per Cell
・Median Genes per Cell
・Reads Mapped Confidently to Genome (%)
・Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions
・Fraction Antibody Reads (%)
・Reads Mapped Confidently to Intronic Regions (%)
・Reads Mapped Confidently to Exonic Regions (%)
・Reads Mapped Confidently to Transcriptome (%)
・Reads Mapped Antisense to Gene (%)

ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。


参考価格・納期

受託内容 価格(税抜) おおよその納期
ライブラリーの作製 お問い合わせ 3週間
ライブラリーの作製
+シーケンス
+ Cell Ranger解析有り
お問い合わせ 6週間
ライブラリーの作製
+シーケンス
+より高度なバイオインフォマティクス情報解析
お問い合わせ 3ヶ月~

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。