GridION を使用した16S rRNA 全長アンプリコンシーケンス解析

• 特徴
  GridION X5はロングリードを取得できるシーケンサーです。
  本解析サービスは、illumina社のMiSeqでは区別できない近縁な細菌叢を解析する場合のように、16S rRNAほぼ全長のデータを取得したい方にお勧めです。
• サービス内容
  
  

  ご提供サンプル	抽出DNA（>5ng/μL、>20μL） ＊ DNA抽出からご依頼いただくことも可能です。DNA抽出料金￥32,000/8サンプル（税抜）が別途かかります。
  ご提供情報	サンプル送付時に、下記2点をご提出ください。 1. サンプル情報提供用紙　2. オーダーシート
  作業内容	・送付サンプル（DNA溶液）のクオリティチェック ・16S Barcoding Kit (Oxford Nanopore Technologies) を用いてライブラリー調製 ・GridIONを用いたシーケンシング解析 ・データ解析（出力されたシーケンスデータを、長さとクオリティーでフィルタリング後、各サンプル最大100,000配列程度を個別シーケンスごとに系統推定し、結果をまとめ可視化したデータまで納品いたします。）
  納品物	以下のデータをUSB等の記録媒体に保存して納品します。 ・作業報告書 ・シーケンス生データ（fastq形式） ・フィルタリング配列データ ・系統推定結果（系統推定結果生データと出現頻度表） ・可視化データ（サンバーストチャート） ・DDBJのデータベース登録に必要なデータ

• よくある質問：GridIONを用いた解析における塩基配列の読み取り精度はどれくらい？
  
  Oxford Nanopore Technologies社の継続的な技術開発によって、解析の性能が常に向上しています。（fig.1）は、Nanopore 16S Barcoding Kitを使用してシーケンスデータを取得後、品質の良い5万配列をNCBI 16S Microbial Databaseに対してBLAST検索を行った結果です。ヒットした配列に対する配列一致率の平均値は94.2%から97.0%にアップしました。

fig.1 ヒットした配列に対する配列一致率の平均値は94.2%から97.0%にアップしました。