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株式会社薬研社

ID: J01506
ID: J01506
生物技研 / 生物技研

16S rRNA全長アンプリコン解析

16S rRNAほぼ全長のデータを取得したい方にお勧めです。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > 16S-rRNA アンプリコン解析(細菌叢解析)

サービスについて

GridION を使用した16S rRNA 全長アンプリコンシーケンス解析

  • 特徴
    GridION X5はロングリードを取得できるシーケンサーです。
    本解析サービスは、illumina社のMiSeqでは区別できない近縁な細菌叢を解析する場合のように、16S rRNAほぼ全長のデータを取得したい方にお勧めです。
  • サービス内容

    ご提供サンプル 抽出DNA(>5ng/μL、>20μL)
    * DNA抽出からご依頼いただくことも可能です。DNA抽出料金¥32,000/8サンプル(税抜)が別途かかります。
    ご提供情報 サンプル送付時に、下記2点をご提出ください。
    1. サンプル情報提供用紙 2. オーダーシート
    作業内容 ・送付サンプル(DNA溶液)のクオリティチェック
    ・16S Barcoding Kit (Oxford Nanopore Technologies) を用いてライブラリー調製
    ・GridIONを用いたシーケンシング解析
    ・データ解析(出力されたシーケンスデータを、長さとクオリティーでフィルタリング後、各サンプル最大100,000配列程度を個別シーケンスごとに系統推定し、結果をまとめ可視化したデータまで納品いたします。)
    納品物 以下のデータをUSB等の記録媒体に保存して納品します。
    ・作業報告書
    ・シーケンス生データ(fastq形式)
    ・フィルタリング配列データ
    ・系統推定結果(系統推定結果生データと出現頻度表)
    ・可視化データ(サンバーストチャート)
    ・DDBJのデータベース登録に必要なデータ
  • よくある質問:GridIONを用いた解析における塩基配列の読み取り精度はどれくらい?

    Oxford Nanopore Technologies社の継続的な技術開発によって、解析の性能が常に向上しています。(fig.1)は、Nanopore 16S Barcoding Kitを使用してシーケンスデータを取得後、品質の良い5万配列をNCBI 16S Microbial Databaseに対してBLAST検索を行った結果です。ヒットした配列に対する配列一致率の平均値は94.2%から97.0%にアップしました。

ご注文に関して

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参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
16S rRNA 全長アンプリコンシーケンス解析 ¥50,000/サンプル
3サンプル以上のご依頼の場合、3サンプル目以降は¥25,000/サンプル
例)4サンプルの場合は、合計¥150,000
15営業日

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。