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株式会社薬研社

ID: J00661
ID: J00661
DNAチップ研究所 / DNAチップ研究所

16S rRNA解析(細菌叢解析)

サンプル内にどのような種類の細菌がどれだけいるのかについて、次世代シークエンサーを用いた手法により解析します。


カテゴリ
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代シーケンス解析
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【ゲノムDNAシーケンス】 > 16S-rRNA アンプリコン解析(細菌叢解析)
シーケンス(塩基配列)解析 > 次世代シーケンス(NGS)解析【データ解析・その他】 > 次世代データマイニング

サービスについて

特長

  • 糞便、皮膚、唾液などのサンプル内にどのような種類の細菌がどれだけ存在しているのか、細菌の多様性について、次世代シーケンサーを用いた手法により解析します。
  • サンプルからDNAを抽出して、リボソーム16Sサブユニット領域をPCRで増幅した後、次世代シーケンサーを用いて高速かつ大量にDNA配列を読み取ります。
  • 16S rRNA配列データベースに対する相同性解析により、菌種の帰属を行います。

概要

1DNA抽出/サンプルのクオリティチェック(QC)
DNA抽出およびサンプルのクオリティチェック(QC)を行います。
2PCR増幅、定量
PCRベースのプロトコールに従って増幅します。
3シーケンス
MiSeqによるシーケンス解析を行います。
4データ解析(オプション)
データベースによる相同性検索、検体の菌叢を構成する帰属分類群の推定を行います。

データ解析

1プライマー配列の除去、ペアエンド配列アセンブル
2データベースによる相同性検索、検体の菌叢を構成する帰属分類群の推定
3オプション解析
α多様性解析および統計解析
β多様性解析および統計解析
ヒートマップ・クラスター分析
4最終結果レポートの作成

納品物

  • サンプルのクオリティチェック(QC)結果
  • シーケンスデータ(fastaファイル、 fastqファイル)
  • ドーナツグラフ(csvファイル、htmlファイル)
  • 検体間比較グラフおよび対応表(csvファイル、htmlファイル)
  • 主成分分析(csvファイル、pngファイル、htmlファイル)
  • クラスター解析結果(pngファイル)

サンプルについて

検体の種類 必要量 送付方法・その他
糞便、腸内容物 採便容器(保存液なし) 0.2~0.5g 冷凍保存
採便容器(保存液あり) 冷蔵保存
唾液 スワブ 0.2~1mL 冷凍保存
皮膚拭取物 お問い合わせ 綿棒などで広範囲を拭い、
少量のPBSなどに移し冷蔵保存
FFPE由来組織 お問い合わせ 冷蔵輸送
DNA抽出物 200ng以上 冷凍または冷蔵輸送
分解が進んでいるサンプルは
解析できない場合があります。

・サンプル量が上記に満たない場合はお気軽にご相談ください。
・抽出時に使用している有機溶媒が混入していないDNAをご送付ください。
・FFPEスライド等は、DNA / RNA抽出をご確認いただくか別途お問い合わせください。
・送付方法はサンプル送付方法をご確認ください。


ご注文に関して

お問い合わせフォーム よりお問い合わせください。

製品カタログ・リーフレット

参考価格・納期

サービス項目 価格(税抜) 納期
16S rRNA解析(細菌叢解析) お問い合わせ サンプルQC通過後、約2ヶ月
(データ解析を含む場合は約2.5ヶ月)

関連サイト



※価格及び、サービスの仕様・内容などにつきまして、予告なしに変更されることがあります。
※表示している参考価格は消費税等は含まれておりません。
※受託サービスは、すべて研究目的として作業を行います。その他の目的(医療品・食品の製造・品質管理や医療診断など)には使用しないで下さい。
※納期は参考納期です。諸事情により、前後する場合がございます。納期の詳細については個別にお問い合わせください。
※会社名・サービス名などは、各社の商標・登録商標です。
※納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合があります。
※ヒト臨床サンプルの場合はインフォームドコンセントを得ていることをご確認ください。
 ヒト由来のサンプルの場合、ご所属の組織の倫理委員会などで承認が得られたものが受領されます。
※人間への感染性が疑われるサンプルに関しては、お受けできない可能性がございます。
※サンプルの保管および返却を行っていない場合があります。お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後、廃棄される場合がございます。